朱元璋在明朝建立之际，于不久之后便做出了一个重大的决定，即废除了延续千年的宰相制度。这一举动在历史上具有深远的意义。1380年，朱元璋以谋反的名义将权臣胡惟庸处决，这个动作不仅仅是针对个别大臣，实际上他同时取消了中书省和丞相的职务，决定由六部来协同处理国家事务，皇帝则直接承担起治理国家的重任。他更是发出明文，禁止任何人企图恢复丞相制度，彻底将这一制度从历史的舞台上抹去。

朱元璋实施这一彻底改革的原因不仅仅是因为胡惟庸的事件，更在于当时丞相所拥有的巨大权力对于皇权构成了严重威胁。在明朝建立的初期，由于军事将领徐达长期驻守前线，朝中的丞相们，尤其是以胡惟庸为首的重要人物的前途并不明朗，这也显示了朱元璋早已埋下心思，准备了消除这些权臣之策。

在明太祖朱元璋鼎立后，他便开始了对中书省的整顿，1380年将胡惟庸这个潜在的威胁一举铲除，接着便将中书省和丞相职位一并废止。1395年，他继续削弱中书省的权力，甚至将其属官也全部撤掉。朱元璋开始全权掌握政务，无论是大事小情都由他亲自主持管理。待到朱棣即位之后，内阁辅政的体制也逐渐开始形成。

在朱元璋剥夺宰相的权力后，相关职称和权责变得变幻莫测。六部尚书、内阁以及司礼监等新组成的机构，均有身兼宰相的意味。但这些机构各自的功能并不完全相同，六部更专注于政策的执行，而内阁和司礼监则侧重于协助皇帝，主要负责讨论重大政务。实际上，宰相制度并非彻底消失，而是被六部、内阁与司礼监等单位共同承担起治理国家的重任。

到了万历十年，即1582年，张居正辞世，万历皇帝对内阁及各部的权利进行压制，但却未能建立起有效的中枢行政决策替代体制。朱翊钧在这样的局势下，选择对官僚的权力争夺采取放任的态度，虽然这种做法在短期内限制了权臣的影响力，巩固了自己的地位，但却极易导致中央决策机制的混乱和失效。

此时内阁的票拟权几乎形同虚设，外廷的行政目标也愈加混乱。万历皇帝将奏疏长期滞留不批，进一步削弱了内阁协助皇帝处理政务的权力，中央行政系统陷入一片纷扰与无序的局面。到了天启和崇祯年间，内阁的权力几乎被完全剥夺，皇帝开始独揽大权，管理国政，失去了有效的制约与协助，官僚之间的权力争夺愈演愈烈，使得明朝面临前所未有的危机。