秦琼到底有没有参与玄武门之变呢？很多人习惯性地认为他没有参与，因为他忠心于大唐而非单独偏向李世民，所以在凌烟阁二十四功臣中排在最后。但事实真的是这样吗？其实并非如此。 首先必须明确一点，秦琼是秦王府的护军，他的首要职责就是效忠李世民。作为秦王府的一名猛将，如果不忠于李世民，李世民也不会容得下他，这是显而易见的事实。

而且，历史上明确记载了秦琼参与了玄武门之变。《旧唐书·太宗本纪》记载：（武德）九年，皇太子建成、齐王元吉谋害太宗。六月四日，太宗率长孙无忌、尉迟敬德、房玄龄、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之。《旧唐书·秦叔宝传》记载：六月四日，从诛建成、元吉。事宁，拜左武卫大将军，食实封七百户。《旧唐书·长孙顺德传》也记载：武德九年，与秦叔宝等讨建成余党于玄武门。《新唐书·秦琼传》则写道：及平隐、巢，功拜左武卫大将军，实封七百户。 也就是说，秦琼参与玄武门之变有明确史料记载。另一个佐证是变后秦琼得到的封赏：正三品的左武卫大将军，实封七百户，这与程知节的待遇相似。程咬金是右武卫大将军，实封七百户。

既然秦琼确实参加了玄武门之变，为什么他会排在凌烟阁二十四功臣的最后呢？原因很简单：凌烟阁二十四功臣的排名，并不是以是否参加玄武门之变为标准。 例如，河间王李孝恭没有参加玄武门之变，却排在功臣第二位；东宫旧臣魏征没有参加，也排在第四位；唐初名将李靖同样未参加，排在第八位；萧皇后的弟弟萧瑀未参加，排在第九位；武德五年就去世的殷开山，也排在第十三位。而刘师立、宇文士及、张士贵等参与玄武门之变的，却未必进入凌烟阁。

那么凌烟阁功臣的选择标准是什么呢？主要考量三个方面：平定天下、玄武门之变以及贞观之治，也就是跟随李世民从平天下到治天下过程中立下汗马功劳的功臣。李世民从众多功臣中选出24位立功最多者，让阎立本为他们画像，安置于凌烟阁。 至于排名，并非单纯以功劳高低决定，因为功劳难以精确衡量。有人已去世，有人仍在为大唐盛世努力，如何判定谁更功高？因此凌烟阁功臣排名是以官职高低为主要依据。现任官职以在世时为准，已故则按追赠官职，并遵循死者为大的原则。

排名的时间节点为贞观十七年（643年）二月二十八日，诏图画司徒、赵国公无忌等勋臣二十四人于凌烟阁。长孙无忌以正一品司徒当之无愧排第一，房玄龄虽为正一品司空，但因李孝恭、杜如晦、魏征三人死后追赠司空，他排在第五。之后的官职都在正一品以下。 秦琼于643年前已病逝于638年，追赠为正三品徐州都督。正三品在唐朝虽高，但在二十四功臣中只能排在最后。秦琼确实是李世民身边勇猛的将领，立下无数战功，但也因勇猛而频繁受伤，他自己曾说：吾少长戎马，所经二百余阵，屡中重疮。计吾前后出血亦数斛矣，安得不病乎？

玄武门之变后，秦琼已是正三品左武卫大将军，但因病常年卧病在家，无法像尉迟敬德、程知节等猛将继续为大唐征战。他主要在京城守卫长安，无法参与其他军事行动和国家大事，贞观年间几乎是个透明人，直至638年病逝。 尽管如此，李世民仍非常看重秦琼。秦琼去世后，李世民特意在墓前设石人马，以彰显其战功，堪称独一无二的荣誉。五年后，李世民又将秦琼画像置于凌烟阁，既缅怀又供后人景仰。 之所以秦琼参与玄武门之变却常被误认为未参加，很大程度上受到《说唐全传》《隋唐演义》等作品对秦琼描写偏爱的影响。