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在咸丰年间，随着太平军和捻军的崛起，陕西地方迅速组织了团练以做自卫准备。

自同治元年（1862）二月以来，太平军和捻军频繁扰乱关中地区，陕西的官府和绅民因此提高警惕，纷纷加强了团练的筹办与执行。这一时期，汉民强者借机武装自己，地方社会的军事化程度日益严重。在早期民族矛盾不断加剧的背景下，汉回之间的戒备之心愈发加深。

尤其在咸同年间，西北的团练规模庞大，陕西的团练尤为突出，形式最为完备，名目繁多，士绅与官府合作深入，战斗力强，随之带来的后果也最为严重。回顾咸丰初年，由于陕西的部分军队被调往其他省份参与镇压太平军，地方防务空虚，陕西的各地官府纷纷组织团练，增强自卫能力。

早在咸丰二年（1852年）九月，兴安府就率先成立团练。至咸丰三年（1853年）五月，清廷正式下令，要求山西、陕西和四川等地设立团练，旨在“无事以壮声威，有事以资助剿敌”。同年夏天，太平军攻陷山西平阳，大荔县也开始了团练的尝试。各乡村共组织了九个团，并为每个团配备了团长。

这一系列行动表明，陕西的团练并非一开始就是针对回民而设。然而，团练措施在一个本身就充满民族矛盾的地区，带来了远超预期的严重后果，它不仅引发了陕西及其周边地区的回民起义，还加剧了已经恶化的民族关系。

在团练的最初阶段，陕西的官员和士绅并未特别考虑是否招募回民或汉民，而是由于回民的风习强悍，特别青睐于回民的参与。咸丰十一年（1861年），河南巡抚严树森提议，通过团练吸纳回民，认为“回民的习战阵能提供强大战力”，并开始在陕西的团练中推广这一做法。从此，回民参与团练的规模逐渐增加，并形成了“回方市军器，缝旗帜，白布号头，踊跃用兵”的局面。

然而，尽管回民参与团练的情况并不普遍，但在同治元年（1862年），由于太平军和捻军的进犯，陕西的团练开始得到更加广泛的组织。巡抚英棨与团练大臣张芾共同推动乡绅招募更多的勇丁，防守南山要隘。然而，团练的推行虽然不是出于故意制造民族冲突，但在关中地区日益紧张的民族矛盾下，实际上却加剧了汉回之间的对立与冲突。

特别是在关中地区，汉族与回族之间的矛盾已深植人心，团练的出现无疑使这一对立更加显著。团练作为一种准军事组织，其存在使得汉民社会的对回民的排斥心理具象化，并逐渐形成了一股潜在的武力倾向。团练的进一步推进使得汉回之间的暴力冲突更加激烈，最初参与团练的回民逐渐被排挤，甚至转而加入了回民起义的队伍。

随着团练组织的发展，原本回汉混编的团练逐渐变成了以汉民为主的组织，这导致了更大的民族对立。当时的回民即便加入了团练，也难以避免与汉民的激烈冲突。例如，回民参加团练后发生的纠纷与冲突，最终演变成了广泛的民族冲突，最终回民纷纷反击，发起了大规模的起义。

从此，陕西的团练问题引发了更深层次的民族冲突，特别是在回民起义爆发后，陕西各地的暴力与冲突愈加剧烈，造成了极为惨重的人员和财产损失。此时，地方上的汉民团练也成为了官府打击回民的工具，回民的报复则直接瞄准了这些团练武装，造成了无数悲剧。

回民起义的高潮出现在同治元年春夏之交，回民在陕西各地的反抗力量逐渐壮大，并通过大规模的反击行动，展现出强大的军事威胁。西安等地的回民受到了团练的严重压迫，而在团练反击之下，局势变得愈加复杂。此时的陕西，不仅是官军与回民之间的战场，也是各方势力角力的地方。