嘉靖皇帝在位时，国家政治混乱，社会动荡不安，百姓疾苦。尤其是从嘉靖二十一年起，奸臣严嵩掌控了朝政，成为内阁首辅。严嵩在嘉靖二十七年通过阴谋害死了继任的内阁首辅夏言，重新担任了内阁首辅一职，长达十五年之久，成为明朝历史上任职时间最长的首辅。由于严嵩专权、结党营私，政治腐败，严重影响了国家的治理。他不仅迫害忠良官员，还通过贪污受贿、卖官鬻爵等手段，大肆敛财，导致朝政腐化，国力日益衰弱，民众生活困苦。

在严嵩的影响下，嘉靖皇帝沉迷于道教，追求长生不老的药物，远离了朝政。尤其是嘉靖二十一年后，他几乎不见朝臣，不参加早朝，长期躲在后宫里。嘉靖皇帝像前朝的许多皇帝一样，过着奢华的生活，沉溺于享乐，对国家事务漠不关心，甚至无视百姓的疾苦。而严嵩则通过对皇帝的谄媚取悦，使其忽视朝政，自己也趁机建立起了一个庞大的腐败集团，党徒遍布全国，形成了一个腐化堕落的官僚体系。

在军事方面，许多军队的高层都是严嵩的党羽，他们贪污腐化，导致军队战斗力下降，整个军事力量也日益薄弱。军饷被严重挪用，许多军卒遭受压榨，军队士气低落，缺乏应有的战斗力，特别是在边疆防守方面，情况更加严峻。南方的倭寇和北方的蒙古部族趁机肆虐，东南沿海的倭寇势力猖獗，许多地方的官员与海盗集团勾结，走私贼寇在沿海地区横行，造成了严重的社会动荡。

在北方，蒙古部族入侵河套地区，并以此为据点。然而，嘉靖皇帝和严嵩联合迫害了有志收复该地区的三边总督曾铣，还导致内阁首辅夏言在其中被牵连，最后致死。由于此时失去了收复河套的历史机会，清剿蒙古部族的势力更加困难。随着蒙古部族的力量逐渐壮大，套寇开始更加猖獗，掠夺横行，造成了更加严重的民生灾难，积累的财富和实力也让蒙古成为日后难以应付的强大侵略势力。

最终，发生了庚戌之变，蒙古的俺答部族从大同一路攻入，势如破竹，直逼京城。嘉靖皇帝对此感到十分害怕，甚至想通过珠宝财富来求和。然而，严嵩下令明朝军队完全不抵抗，任凭蒙古军队肆意烧杀抢掠长达八天之久。这一事件成为继土木堡事变后的又一重大屈辱，标志着蒙古部族的力量日益强大，成为了对明朝极大的威胁。

蒙古部族的军事实力远强于东南的倭寇，经过长期的军事训练，他们的骑兵部队战斗力极强，组织性也很强。相比之下，东南沿海的倭寇力量较弱，人数也不多。蒙古部族的游牧骑兵在平原地带作战时，攻势凶猛，且有着丰富的作战经验和强大的兵力。明朝军队在嘉靖时期的战斗力却日益衰弱，缺乏训练和统一指挥。随着财政的紧张和军费的不足，军队的战斗力大打折扣，逐渐失去了抵抗外敌的能力。

与蒙古部族的战斗屡屡失败，明朝的士气也因此受挫。蒙古鞑靼部族占领了河套地区，并逐渐建立了稳定的根据地，形成了有组织的军事力量。而在东南沿海，倭寇的数量相对较少，明朝在打击与倭寇勾结的海盗集团后，倭寇的力量受到了重创，不再敢深入内地。

在胡宗宪的指挥下，抗倭名将戚继光、俞大猷、刘显等人奋勇作战，最终取得了抗击倭寇的胜利，倭寇势力被有效遏制。