清代将内蒙古、外蒙古、青海、新疆、西藏等地区统称为藩部，其中新疆天山以南地区特别称为回部。朝廷对这些地区的上层人物进行封爵，并设立了盟、旗等管理形式。爵位的等级一般分为六等，从亲王、郡王、贝勒、贝子、镇国公、辅国公等，到低于六等的台吉、塔布囊等，其中土默特左翼旗和喀喇沁三旗被称为塔布囊，其余各旗为台吉。下面还有额驸、固伦、和硕、郡主、县主、郡君、县君等等级。外蒙古等地的亲王之上，还设有汗爵，而所有封爵都由清政府颁发册诰作为凭证，且可世袭延续。爵位有职务与闲散之分，职务为札萨克，即蒙语旗主，一般是各旗的统领，相当于清廷的高级官员，管理旗内的户口、生产、教育等事务。若没有札萨克这一职务，则是闲散的爵位。

在伊犁和科布多地区，划分有8部蒙古族群，包括杜尔伯特、和硕特、土尔扈特、辉特等，并设有8个盟和32个旗。包括东、南、西、北乌讷恩素珠克图盟、巴图塞特奇勒图盟等，其中每个盟旗内会有一些亲王、郡王、贝勒、贝子等接受札萨克封号的人，数量从十多人到几人不等。例如，渥巴锡汗曾率部返国，受到乾隆皇帝接见，其后裔属于南乌讷恩素珠克图盟；另外，北路乌讷恩素珠克图盟的札萨克和硕亲王世系传承至1948年。

回部的维吾尔族头领也有获得札萨克头衔的，如哈密札萨克和硕亲王和吐鲁番札萨克多罗郡王。哈密札萨克和硕亲王的封号始于1697年，家族屡经封号，直至1867年追封殉国的哈密回王为和硕亲王；吐鲁番札萨克多罗郡王则由额敏和卓在1727年受封，其世系持续到1951年，最后一位因反革命罪被枪决。

除了这些，还有阿克苏郡王品级的多罗贝勒等。霍集斯在1758年降清后受封，并传至1934年，但名存实亡。库车王府的历史也很复杂，库车王府原本由1755年受封的库车郡王开始，之后经历多次变化，包括民国政府在1937年将王府充公，最后的库车王被废除，成为平民。后来，达吾提被委任为库车王，直到解放后经过劳动改造，成为社会建设的一份子。

此外，还有拜城辅国公、和田辅国公、乌什贝子等封号。新疆的札萨克制给了王公们完全的民众管理权，民众无需向省府缴纳税款，也不服役。直到清末，省府开始加强管理，逐渐收回这些王公的司法、民事和税收等权力，案件交由政府处理，王公的权力受到了限制。

进入民国后，新疆的治理愈加现代化，改革变得迫在眉睫。在北洋政府初期，新疆的封建制度依然得以延续，杨增新甚至批准了旧有的封爵制度。到了1932年，盛世才开始实行改土归流政策，废除盟旗制度，逐步加强政府管理。然而，由于大量财赋集中在王公手中，地方财政依赖田赋而非国库，这成为政府改革的重大障碍。最终，废除封建制度、实行改土归流成为不可避免的趋势。

这个时期，部落的权力斗争加剧，部分部落的政治力量开始并入省政府的现代化改革。1931年哈密乱事爆发后，甘肃军阀马仲英进驻新疆，南北疆陷入混乱，清代的封建世袭制度受到毁灭性打击。例如，在焉耆战乱中，郡王和辅国公等王公因饥荒死于非命，省府废除了哈密亲王世子等人的封号。

在封建制度衰败的同时，新兴力量开始从旧有的社会体系中诞生。镇西大红山蒙民在战乱后，事务逐渐由二混子主持，1937年，受到蒙古王公推荐的阿由希出任镇西蒙古监察委员长。哈密王族衰落后，尧乐博斯收回了旧王府的权力，将原王家族的成员驱逐。尽管这些新兴力量产生自旧势力，但它们依然带有封建腐朽性，直到解放战争期间，旧势力的余波才被彻底扫除。