成为朱元璋的谋士后，刘基开始为未来的天子制定发展战略。他认为，想要统一天下，首先必须解决江南的各路诸侯，稳住后方，才能北上消灭元朝。他特别强调，尽管元朝内部动荡不安，但此时的朱元璋还不是元军的对手。不过，元朝的军队心怀鬼胎，无法集中兵力南下对抗南方的割据势力。而江南的各大势力都渴望合并或夺取天下，因此，刘基提出了先解决实力最强的陈友谅，再吞并张士诚和方国珍的地盘，只有这样，才能有机会掌控江南，进而与北方的元朝对抗。这一战略方案并非没有道理。在孛罗帖木儿兵临大都之际，他的对手察罕帖木儿刚刚大败了刘福通的红巾军部队。

察罕帖木儿是武侠小说《倚天屠龙记》中的赵敏之父察罕特穆尔的原型。他是成吉思汗名将木华黎的后代，因祖上囤军河南，自小出生在颖州（今安徽阜阳），并有一个汉族名字李廷瑞。李廷瑞虽然是贵族，之前虽然中过元朝进士，但并无显赫的官职。看到祖宗基业即将毁于元顺帝的治理，他在家乡组建了一支民兵，义无反顾地加入了元朝剿匪的行动。当时，刘福通领导的红巾军在颍州附近活动，且是红巾军中的核心力量。通过几番努力，刘福通发动北伐，斩杀了三十万精锐元军。红巾军也借着勇猛的气概，占领了中原，并收复了汴梁，建立了龙凤政权。虽然这支红巾军气吞万里，但李廷瑞的民兵部队战斗力也不容小觑。据史书记载，刘福通几乎未曾战胜李廷瑞。最终，刘福通失去了汴梁，并且在接下来的战斗中丧失了甘肃、辽阳、山东等地，红巾军也因此陷入困境。李廷瑞的军队强大到让朱元璋不得不派人前去议和，最终朱元璋通过两次派使者感谢李廷瑞的不杀之恩，才得以与他达成和解。

李廷瑞将朱元璋的情况向元廷汇报，并提议招安朱元璋，授予他行省平章事的官职。元顺帝同意了这一提议，并派遣使者与江南枭雄方国珍接洽，希望通过他来促成与朱元璋的和谈。然而，事情发生了变故。当方国珍出发时，李廷瑞却率兵攻打益都，行军过程中忘记放归朱元璋派出的使者。更糟的是，李廷瑞在围攻益都时被刺杀，最终战死。这一系列变故让朱元璋更加坚定了自己的独立之心，他认为察罕帖木儿不返使者，足见其伪。从此，朱元璋婉拒了方国珍的劝降，并加强了自己的实力。

朱元璋尽管此时势单力薄，但依然不放弃扩张的野心。他采取了广积粮的战略，即先稳住地盘，再图发展。他开始加大对百姓的征税，制定了比元朝政府和其他江南诸侯更为宽松的税收政策。农税仅征收十之一，商税和盐税也有合理的规定，所有税收用于军费。此外，朱元璋还设立了宝源铸币局，发行大中通宝钱，以此提高百姓的归属感，并允许与元朝的货币兑换。这些措施使得朱元璋在浙东地区积累了广泛的民望。

然而，朱元璋的扩张战略并不允许民众自由发展，他提倡种植经济作物，并对其征收额外的税款。这样一来，无论百姓种植何种作物，都不能少交税，以确保朱元璋的军队能够得到充足的补给。而与此同时，陈友谅看到朱元璋有一统天下的野心，迅速与张士诚结盟，准备对朱元璋发动攻击。

张士诚是江南的另一位枭雄，原本以贩卖私盐为生，起义后占据了常熟和平江等富庶重镇。虽然他的财富在江南诸侯中独占鳌头，但他对争夺天下并不热衷。相反，他宁愿坐观陈友谅与朱元璋之间的战争，不参与其中。

陈友谅发动进攻时，朱元璋早有准备。陈友谅的部队在前进过程中被徐达的部队伏击，三千人被俘。虽然徐达不想杀降，但他的副将常遇春在没有汇报给朱元璋的情况下，擅自命令将三千俘虏处决。这一事件激化了陈友谅与朱元璋的矛盾。随后，陈友谅集结了三十万大军，决定向朱元璋的老巢应天进攻。陈友谅擅长指挥水军，他通过围攻太平城迅速获得了胜利，并使太平沦陷，花云等人死于战斗。朱元璋虽然预料到最终必有一战，但未曾料到战争会来得如此迅猛。

刘基此时提出了应对策略，他认为陈友谅依靠强大的水军才能在短时间内占领太平城，朱元璋应当避开水军的锋芒，利用自己的优势来反击。于是，刘基推荐康茂才——一位曾效力过元朝的将领，他在多次与朱元璋交战后最终归顺。康茂才的归降成为了决定性因素。在朱元璋的指示下，康茂才假意投诚陈友谅，最终成功引诱陈友谅进入了朱元璋的口袋阵，在龙湾大败陈友谅的水军。陈友谅仅剩少数部队逃脱，龙湾战役的胜利使朱元璋能够重新夺回太平和安庆，为接下来的战略部署铺平了道路。 陈友谅在龙湾大败后，仍不甘心失败，于是趁机再次攻打洪都（今南昌）。但朱元璋经过精心部署，成功将陈友谅的水军引入不利的局面，并利用小舢板的灵活性，在鄱阳湖打败了陈友谅的大楼船。最终，陈友谅战死，朱元璋命人作《祭陈友谅文》来试图安抚陈友谅的部下，但陈友谅的残余势力仍顽抗到底，最终由张定边带着陈友谅的儿子逃到武昌。 通过这几场战争，朱元璋逐步消除了江南的威胁，并逐渐接近了统一天下的目标。