1963年，杜平从沈阳军区副政委的职位晋升为南京军区政委，位居第七。那时的南京军区设有七位政委，这让人不禁产生疑问，杜平的调动是不是显得多余。然而，实际上，在这七位政委中，有四人同时担任着上海、江苏、浙江和安徽的第一书记，专注于军区工作的政委只有三位。而第二政委唐亮因健康问题，军区的日常事务主要由萧望东和杜平共同负责。到了1964年和1965年，唐亮因身体原因离休，萧望东也被调离，杜平便完全承担起了军区的主要工作。

尽管杜平暂时离开了职务，他也因此免去了一些复杂的事务，不再受到批评。由于工作负担减轻，他的身体恢复得更加明显。直到1977年，身体好转的杜平前往北京体检，偶遇了总政治部副主任梁必业。梁必业认为杜平的身体状况恢复良好，符合重新担任职务的条件，于是建议上级考虑将他调到福州军区担任政委。福州的气候宜人，杜平对此表示考虑。见到叶帅时，叶帅问他有什么要求，杜平表示，考虑到自己已经在南京军区工作生活了十多年，他希望能继续留在原地。最终，杜平被重新任命为南京军区政委，恢复了原职。 然而，当他重新上任时，廖汉生已被任命为军区的第一政委。廖汉生于1975年从军科院调任政委，而那时杜平已经处于赋闲状态。两年后，军区司令员更换为聂凤智。或许由于身体原因，杜平的工作强度有所限制。到了1980年，廖汉生被调往沈阳军区，随之上级任命新疆军区司令郭林祥为第一政委，而杜平依旧担任政委直到1982年。随着干部年轻化的趋势逐渐明显，再加上杜平的身体状况越来越差，最终他决定离开一线岗位。