东京审判是远东国际军事法庭对日本甲级战犯进行的国际审判，涉及到的甲级战犯包括东条英机、土肥原贤二、板垣征四郎、松井石根等，他们最终都被判处绞刑。 然而，关于这场审判，许多日本人提出了质疑，认为它并非一场公正的审判，反而充满了幕后操作，甚至是对日本的冤屈。那么，这些质疑的理由到底是什么呢？主要可以总结为以下三点。

首先，很多日本人认为，当年日本发动的那场战争，是一场光荣的战争，是为了建立大东亚共荣圈，帮助东亚各国摆脱西方的殖民侵略。他们认为，日本的目的是通过驱逐西方列强，帮助东亚、东南亚的国家恢复独立，摆脱西方的压迫。毕竟，这些地区的国家曾在古代有过辉煌的历史，直到近代，西方列强的侵略才让这些地区沦为殖民地。日本提出的大东亚共荣圈便是为了抵抗西方侵略，恢复东亚的尊严。 然而，这种说法无疑是对日本侵略行为的美化。实际上，日本发动战争并非是为了其他国家的独立，而是为了占领这些国家，以扩展其自己的领土和影响力。尽管如此，仍有一些日本人坚持认为，这场战争是正义的，是为了拯救东亚人民，甚至将像东条英机、土肥原贤二、板垣征四郎等人视为英雄，而不是战犯，认为他们应受到尊敬而非审判。这个观点在靖国神社中得到了体现，东条英机等人被供奉为神，受到崇拜。这些人认为，东京审判并不公正，东条英机等人不应站在被告席上。

其次，许多日本人认为，审判日本的美国和苏联等国，根本没有资格代表正义来审判他们。美国和苏联都曾长期对东亚、东南亚国家进行过侵略，给这些国家造成的伤害丝毫不比日本少。特别是美国，在与日本的战争中使用了原子弹，造成了几十万无辜日本平民的死亡，以及巨大的后续灾难，这些行为本身也应该受到审判。因此，这些日本人认为，真正需要被审判的是美国，而不是他们自己。 再看苏联，虽然日本与苏联有中立条约，但苏联却突然撕毁条约，出动百万红军进攻日本关东军，迫使日本无条件投降。日本人认为，苏联在这一过程中也违背了国际规则，因此，苏联同样没有资格审判日本。总的来说，这些日本人认为，美国和苏联并不干净，反而应该向日本道歉。正如东条英机在临刑前所说：这只是一场胜利者的正义而已。所谓胜利者的正义就是胜者为王，败者为寇，东京审判不过是胜利国——美国和苏联——为自己设定的正义，而不是日本所认为的正义。

第三，很多日本人认为，如果真要审判日本，最应该被审判的应是日本的天皇和官僚集团，而非东条英机等军人。在国际上有一个普遍的观点，那就是军事是政治的延伸，这意味着发动侵略战争的决策者是日本的天皇和其背后的官僚集团，而东条英机等军人只是执行这些决策的执行者。东京审判中，东条英机等人被判死刑，但日本天皇和官僚集团却没有受到任何审判，这让许多日本人感到不公。 至于为何日本天皇没有受到审判，原因并不复杂。美国对日本国情有着深入了解，他们知道天皇在日本民众心中拥有至高无上的地位，是神圣不可侵犯的。如果天皇也受到审判，必定会激起民众的强烈反应，对美国的占领政策不利，因此，美国选择放过天皇，以便稳住日本民众的情绪和政治局势。许多日本人因此认为，东京审判实际上是一场政治审判，是为了美国的政治利益，而非寻求正义。东条英机等人，只不过是日本天皇的替罪羊。

在《东亚三国的近现代史》一书中提到：（免去天皇责任）无论在实际上还是在象征性上，都大大削弱了东京审判的意义，表现出了东京审判具有的政治审判的性质……审判最终还是从属于美国的占领政策，为了实施占领政策，美国不惜无视最本质的问题，采取政治优先、权宜主义的政策。 这些日本人提出的观点，虽然有一定道理，但它们并不能改变日本当年发动侵略战争的非正义性。对于东京审判的质疑，最终只能算作是部分日本人自我安慰的言辞，不足以改变历史的真相。