明朝建立之初，蒙古势力虽退居草原，却依旧是明朝的心腹大患。为稳固统治，朱元璋与朱棣两代帝王多次发动大规模北伐。在明军的持续打击下，蒙古实力锐减，内部陷入混乱，往昔的强盛之势一去不返。

直至明朝中期，达延汗横空出世，凭借卓越的领导才能与军事智慧，结束了蒙古长期的分裂局面，实现了再度统一。为更好地管理广袤疆土，达延汗将蒙古划分为左右翼两大阵营，共下辖六个万户，并采用分封制，将土地和民众分封给各部贵族。

然而，随着达延汗的离世，曾经被其强力压制的矛盾再次爆发。蒙古大汗的权威如日落西山般迅速衰落，对各部的掌控力大不如前。进入17世纪初，蒙古再度陷入分崩离析的困局。各部为争夺资源、牧场与人口，纷争不断，往昔的团结统一景象已然成为遥远的回忆。

这种分裂局面不仅削弱了蒙古自身的力量，也深刻影响了后续蒙古地区的历史发展进程，为日后内蒙古与外蒙古的分化埋下了隐患。

当时，蒙古大汗林丹汗试图重新统一蒙古，却触动了其他部族世袭贵族的利益。与察哈尔部不和的科尔沁部为保自身，投靠已崛起的清朝，其所在的通辽地区成为清朝领土。林丹汗西进，而右翼蒙古诸部担心被兼并，也投降清朝。

1634年，皇太极击败林丹汗，林丹汗逃至青海病死，成吉思汗创立的蒙古国灭亡，皇太极被内蒙古地区的蒙古诸部拥立为蒙古大汗，清朝在内蒙古确立统治，还将蒙古诸部改编为旗，实行旗长制，保障了人口和游牧产业稳定，也让蒙古贵族保住了利益。

达延汗去世后，喀尔喀部分裂，一部分南迁与其他部族投降清朝，留在内蒙古；另一部分占据外蒙古，称喀尔喀蒙古，清朝崛起时，他们未投降，而是成为清朝附属国。

康熙年间，噶尔丹企图以准噶尔部为基础重建大蒙古国，1688年，在俄国军事援助下，噶尔丹东征外蒙古的土谢图汗、车臣汗、扎萨克图汗获胜，并追击至距北京仅700里的乌兰布通。外蒙古大汗战败后南下投奔清朝。

康熙时期，噶尔丹在俄国军事支持下野心膨胀，悍然举兵东征外蒙古。土谢图汗等部难以抵挡，一路溃败，噶尔丹甚至追击至距北京仅700里的乌兰布通，京城震动。康熙深知，若要确保北京安全，维护与内蒙古的盟友关系，必须击败噶尔丹。

于是，他任命裕亲王福全、恭亲王常宁，与自己兵分三路出击。经激战，噶尔丹大败而逃。战后，外蒙古诸部为求生存，权衡利弊后，王公贵族们选择向清朝投降。康熙遂与他们订立盟约，划分牧场、设立盟旗，还拨款拨粮予以供养。

清朝时，内蒙古作为清朝入关前的重要根据地，与清朝联系紧密；外蒙古作为附属国，在面临危机时才接受清朝直接统治，双方利益捆绑不深，这是蒙古分裂的政治因素。清朝中期后，经济与社会因素加剧了内外蒙古的裂痕。

乾隆末年，清朝人口大增，华北汉人大量迁徙至内蒙古定居。同时，清朝大力推广黄教，大量蒙古男性出家为喇嘛，汉人在寺庙周边开荒。晋商也进入内蒙古交易，促使大量城镇兴起，这为后来设立察哈尔省、热河省、绥远省奠定基础。而外蒙古因地理位置偏远，汉人移民少，仍保留古老游牧习俗，与清朝离心力增强。

1912年清朝灭亡，在沙俄领事策划下，外蒙古宣布独立，驱逐办事大臣和衙门官员。1919年徐树铮虽收复外蒙古，但主要因俄国在一战中受创且忙于国内革命无暇东顾。1924年，苏联扶持外蒙古独立建国，成立蒙古人民共和国。

1945年，同盟国为争取苏联对日宣战，签订《雅尔塔协定》，规定维持外蒙古现状，国民政府为换取苏联出兵东北及支持，同意外蒙古公投。

内蒙古历经四百余年的历史变迁。政治上，清朝时外蒙古与中央的利益关联就不够深切；经济上，内蒙古因汉人涌入，经济模式改变，外蒙古却守着传统游牧经济，差距渐显；社会层面，二者发展也大相径庭，种种分歧，致使外蒙古走向独立。历史蒙古历史回眸

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