清朝自建立以来，一直高度重视西部和北部地区的稳定。早在1635年，漠南蒙古就向清朝表示了臣服。到1688年，漠北蒙古也做出了同样的决定，唯一不太愿意臣服的是漠西蒙古。即使他们表示臣服，也只是敷衍了事，并没有真正认同清朝的统治。为了处理漠西蒙古的问题，清朝花费了整整80年的时间，康熙、雍正和乾隆三代皇帝都全力以赴地进行西征，几乎把这项工作当作头等大事来做。

漠西蒙古，或称瓦剌（又名卫拉特），是一个大家较为熟悉的名字。提到瓦剌，许多人会想到明朝的英宗朱祁镇，这个瓦剌正是当年俘虏英宗的那个瓦剌。瓦剌在明末清初的分部包括准噶尔部、和硕特部、杜尔伯特部和土尔扈特部，被统称为“瓦剌四部”。其中，和硕特部最为强大，因此和硕特的汗王多年来一直是瓦剌四部的盟主。

在1640年左右，和硕特汗的固始汗一度统一了青藏高原，显示出强大的实力。然而，到了1646年，固始汗宣布归顺清朝。理论上，和硕特部的归顺应该意味着准噶尔部也跟着归顺，但在1676年，准噶尔部的首领噶尔丹却击败了和硕特汗国的鄂齐尔图汗，彻底改变了瓦剌四部的格局，准噶尔部逐渐崛起。

从那时起，准噶尔部在噶尔丹的领导下迅速扩大势力。1678年，准噶尔部攻占了南疆的叶尔羌汗国，建立了准噶尔汗国。起初，清朝并未把准噶尔部视为威胁，毕竟康熙帝的主要精力在南方，忙着平定三藩之乱和收复宝岛，暂时没有时间关心西北。

然而，噶尔丹野心勃勃，他不仅要恢复和硕特汗国的领土，还要统一整个蒙古，包括漠北和漠南，以实现类似成吉思汗的辉煌。尤其从1688年起，在沙俄的煽动下，准噶尔部开始越过杭爱山，向漠北蒙古发起进攻，打得漠北蒙古纷纷向清朝求援。面对这一局面，康熙帝终于把准噶尔部当作了最重要的敌人。他急忙与沙俄签订了《尼布楚条约》，暂时解决了外东北的事务，然后开始了对准噶尔部的征讨。

从1690年到1696年，清军连续打了几场重要战役，最终迫使噶尔丹绝望自杀。然而，尽管康熙打败了噶尔丹，准噶尔汗国依然存在。更糟糕的是，为了应对噶尔丹，康熙帝在与沙俄的谈判中做出了大量让步，结果沙俄轻松占领了外兴安岭以北、勒拿河以东的大量土地。

康熙对准噶尔的征讨在三次大规模战役后才告一段落，但由于准噶尔的新领袖策妄阿拉布坦名义上归顺清朝，西北的局势暂时没有进一步恶化。尽管如此，策妄阿拉布坦仍心怀复国之志，并在1716年再次占领拉萨，恢复了准噶尔汗国的鼎盛局面。直到1720年，清军才从康熙帝的儿子胤禵手中收复了拉萨。

此后，策妄阿拉布坦并未善罢甘休，而是继续在中亚扩展势力，沙俄则在外贝加尔地区不断推进。为了破坏清朝的稳定，策妄阿拉布坦怂恿了罗卜藏丹津叛乱。罗卜藏丹津原本期望清朝能将青海作为封地，但由于清朝并不打算如此安排，他决定起事。1723年，青海之乱爆发，雍正帝刚刚登基，立即投入大量精力平定西北。经过一年多的时间，年羹尧终于平息了叛乱，罗卜藏丹津逃往准噶尔汗国。

此时，沙俄趁机在外贝加尔地区大肆扩张，最终在1727年与清朝签订了《布连斯奇条约》，划定了中部边界。在这一年，策妄阿拉布坦去世，准噶尔汗国迎来了新的领袖噶尔丹策零。虽然清朝准备在策妄阿拉布坦去世后出兵灭掉准噶尔汗国，但由于噶尔丹策零的反击，清朝暂时放弃了这一计划。

噶尔丹策零继位后，准噶尔汗国继续扩展势力，尤其在中亚取得了大幅度的领土扩张。准噶尔汗国的巅峰时期，其人口超过500万，军队达到30万，成为清朝最大的隐患。然而，随着1745年一场大瘟疫爆发，准噶尔汗国内部陷入混乱。噶尔丹策零死于瘟疫后，其两个儿子争夺汗位，导致汗国内部大乱。最终，乾隆帝看到这一机会，于1755年派兵攻打准噶尔，并在1757年彻底消灭了准噶尔汗国。

从此，准噶尔不再作为一个政治实体存在，成为了一个地名。经过长达80年的征战，清朝终于解决了准噶尔汗国的威胁。这也标志着清朝版图的巅峰。此前，准噶尔汗国虽名义上归顺清朝，但始终与清朝敌对。而在1757年以后，这个心腹之患彻底消失，清朝的边疆稳固了。

在这段时间里，沙俄多次利用准噶尔汗国的局势来挑战清朝，特别是在1685年的雅克萨之战后，尽管清军大胜俄军，最终谈判结果却让步较多，将外兴安岭作为边界。这一系列的让步，实质上是在沙俄的不断扩张压力下做出的战略选择。