1937年全面抗战爆发之前，东北军进行了大规模的整编。除了少数投靠中央军的部队，绝大部分的主力被重新编组为第49军、第51军、第53军、第57军、第67军（每个军辖两个步兵师），以及骑兵第2军（下辖三个骑兵师）。这些调整旨在加强抗战时的军力。

随着抗日战争的进行，东北军的一些军、师番号逐渐撤销，其余的部队因战争消耗，除了部分长官还保持东北人的身份外，其他的官兵几乎都来自关内。尤其是因为师级单位的频繁调动，很多原东北军的师级单位与它的关联也逐渐削弱，部队逐渐转变为中央军的组织架构。

以第49军为例，该军最初由东北军卫队改编的第105师扩充而来，最早包括第105师和第109师。第109师在全面抗战初期几乎全员战损，后经过补充，整编为预备第5师，并配备了东北军的库存武器。然而，这支部队在更换装备后，核心军官被替换为黄埔系将领，这导致了原本隶属于第49军的指挥系统失去了掌控，最后被调往胡宗南的指挥下。尽管如此，第49军在战后逐步向中央军化发展，虽然军长仍是出自东北军的老将王铁汉。

与此同时，第49军的师级编制也发生了频繁变化。直到抗战胜利，该军所辖的三个步兵师分别是第26师、第79师和第105师。其中，第26师最初隶属于川军，在抗战中逐渐转为中央军系统；第79师属于中央军旁系部队；而第105师则由东北军的原部队转型为中央军旁系。可以说，到抗战胜利时，第49军已经变成由多个来源组成的中央军旁系部队，但其军长王铁汉，作为一位资历深厚的东北军将领，仍保有对部队的影响力。

抗战胜利后，国民党对军队进行统一整编，第49军被改为整编第49师，原有的三个步兵师改为整编第26旅、第79旅和第105旅。整编后的旅采用两团制，使得整编第49师的兵力大致为两万余人。1946年，解放战争爆发，整编第49师是最早参战的部队之一，主要参与了华东的苏中地区战斗。

在解放战争初期，苏中七战七捷中，第二战便重创了整编第49师的主力。在战斗中，整编第49师的师部和第26旅大部被歼灭，而第79旅也在杨花桥被击溃。此外，第99旅和第105旅也损失惨重，总计伤亡人数超过一万人。特别是在李堡战斗中，整编第49师尚有战力的第105旅旅部及一个团也被消灭，至此，整编第49师在苏中战役中几乎丧失了大部分作战能力。

尽管折损严重，蒋中正仍然认为整编第49师的出力不小，因此战后对其进行了大规模兵员补充。尤其是王铁汉，作为一位资历老道的将领，在国民党军高层中有一定话语权，因此，几个整编旅和团的编制得以保留，尽管部分损失的重型武器并未完全补齐。

1947年，国民党军对整编旅的编制进行了调整，将原本的两团制改为三团制。由于当时战斗需要，部分部队通过增设一个团来满足编制需求。然而，整编第49师的命运很快发生了变化。1947年7月初，陈诚下令将整编第83师的第55团划拨给整编第49师，作为其直属步兵团。此外，整编第49师还被增加了一个团，使得其编制达到了7个团。

这一调整背后有特殊背景。1947年夏季，国民党在东北战场遭遇了巨大损失，蒋中正计划让陈诚取代熊式辉、杜聿明成为东北最高指挥官。为了增强东北战场的兵力，陈诚决定将整编第49师调往东北。由于整编第49师的原始编号来自东北军，且王铁汉是东北军出身的将领，因此他对陈诚指令的服从度较高。陈诚决定为增强该师的战力，增加其编制并赋予其更多兵力。尽管如此，整编第49师在抵达东北战场后遭遇了惨重的损失。