乡贤祠的祭祀活动是明清两代的重要特色之一。“在明清时期，凡是品学兼优、受到地方推崇的贤人，死后常由地方官员提请将其祀奉于乡贤祠中，并于春秋季节举行祭祀仪式。”乡贤祠的祭祀，事实上属于文庙祭祀的一部分，明清时期乡贤祠祭祀与之前相比，展现出了质的变化。

在明代，河南的乡贤祠位置并没有固定，随着不同的时期和地方，乡贤祠的具体建址各有不同。直到弘治时期，河南府偃师县的乡贤祠才正式定址于文庙戟门西，知县魏津亲自负责建造。河南开封府临颍县的乡贤祠，则始建于嘉靖初年，最初设在文昌祠东，而在嘉靖十一年（1532年），改建至文庙西。河南府巩县的乡贤祠则位于嘉靖之前，建在玉川门里回，而嘉靖时期，南阳府邓州的庙学则分设了“戟门东日名宦祠，西日乡贤祠”。河南府洛阳县的乡贤祠在万历以前建于泮池西，万历年间进行了改建，并将名宦祠与乡贤祠并入学宫。上面这些例子显示了明代乡贤祠位置的逐渐固定化，并且与庙学紧密结合，从而形成了一个规范的结构，尤其是在嘉靖以后，乡贤祠的位置定于文庙中戟门两侧，与名宦祠并列。

明世宗继位后，便开始为其父献王兴建宗庙，发起了引发广泛关注的“大礼议”。这一举措对整个朝廷礼制产生了深远的影响，乡贤祠的位置和祭祀形式也因此发生了变化。乡贤祠的建置逐渐固定在文庙戟门的右侧，与儒学理念融为一体。

清代，河南的乡贤祠位置大致沿袭了明代的做法，继续建在文庙戟门的右侧。顺治六年（1649年），河南开封府阳武县知县姜光印重新修建了大成殿、东西庑、戟门、泮池和棂星门，并对乡贤祠和名宦祠进行了改建，乡贤祠依然设于戟门右侧。开封府中牟县的乡贤祠也是如此设置。乾隆四年（1739年），知县梁吱进行了修复；乾隆十六年（1751年），知县孙和相再次进行修缮。河南彰德府临漳县的乡贤祠也建在戟门右侧，且光绪二十年（1894年），知县周秉彝对其进行了重建。明清两代的乡贤祠建置，都与庙学结合密切，这与其崇德报功、教化民众的作用有着密不可分的关系。

仔细审视明代乡贤祠的历史变迁，可以发现正德至嘉靖之间的变化尤为显著。在正德和嘉靖之前，乡贤祠的设置通常继承了旧制，往往与名宦祠合祀在同一堂中。成化时期，文林进士曾任博平知县，他在该县东南建了三间祠堂，专门供奉乡贤和名宦。常典表明，这种“同堂合祀”的做法不仅在温州盛行，全国范围内也十分普遍。成化十六年（1480年）以前，南直隶宁国府的名宦和乡贤也合祀在学宫中，通常是将祠堂分成两部分，左侧祭祀名宦，右侧祭祀乡贤。然而，嘉靖以后，名宦和乡贤的祭祀分开，各自占据不同的祠堂，有的地方甚至有三到五间专门的祭祀空间。嘉靖时期，河南南阳府邓州的乡贤祠设于戟门西侧，包含四间。

万历三十年（1602年），河南卫辉府获嘉县的教谕陈禹谟依据旧制，在戟门左右分列了名宦和乡贤两祠，各自三间。顺治《胙城县志》记载了当时乡贤祠的情况：“乡贤祠三间，在戟门西，久废。”可以看出，乡贤祠在明末由于战乱的影响，已经残破不堪。明正嘉以后，乡贤祠的规模大大增加，至少比以前扩展了两倍，直到清朝灭亡这一传统依然存在。这一扩展不仅体现了统治者对乡贤祠的重视，也显示了乡贤祠在礼乐文化中的重要地位，导致清朝在建立初期便继续保持着对乡贤祠的关注，其修建规模通常为三间。

顺治十八年（1661年），河南汝宁府固始县的知县杨汝楫对乡贤祠进行了修建。知县杨朝观在乾隆十九年（1754年）也进行了一次重修。河南归德府商水县的乡贤祠共有三间，位于戟门右侧。河南彰德府临漳县的乡贤祠则有五间。明清时期，乡贤祠的修建得到了地方政府的大力支持，明弘治时期便规定各府州县必须修建乡贤祠和名宦祠，以此弘扬教化。这也使得各地官员纷纷以修建乡贤祠为重要任务。

在明清两代，乡贤祠不仅受到政府的支持，也得到了许多社会力量的资助。特别是清代，许多乡贤后裔和地方衿绅出资修建乡贤祠。例如，在顺治元年（1649年），河南开封府鄢陵县的郑二阳就带领乡贤后裔捐款修复了破败的乡贤祠。这种修建乡贤祠的现象在清代尤其前期比较普遍，顺治至乾隆时期，乡贤祠的修复和重建往往是通过地方士绅和乡贤后裔的捐资进行的，这样的做法可以看出，乡贤祠不仅仅是宗教性质的场所，更是承载着地方社会和文化荣誉的象征。

乡贤祠的建设和修复，深刻体现了乡贤精神对社会的影响，尤其是它在基层文化中所占据的重要地位。这种文化的传承不仅仅是通过政府的主导，更是通过地方民众、乡贤后裔以及士绅阶层的共同努力，形成了一种深厚的社会凝聚力。