1966年，十年浩劫正式拉开帷幕，北京的红卫兵阵营中有五位非常显眼的人物，他们分别是北京大学的聂元梓、清华大学的蒯大富、北京航空学院的韩爱晶、北京师范大学的谭厚兰和北京地质学院的王大宾。这五位头目中，聂元梓的名字无疑最为早期被大众熟知。1966年5月25日，聂元梓与北大哲学系的其他六名教师共同在北大的食堂张贴了一张内容激烈的大字报，猛烈批判了教育系统的三位领导干部。这张大字报很快被媒体转载，并被称为“全国第一张大字报”，从而让聂元梓的名声迅速传遍全国。

成名后的聂元梓成为了北大校园内的风云人物，频繁参与各地的“串联”活动，并逐步成为红卫兵的核心人物之一。在那个动荡的时代，她参与了大量的政治运动，甚至亲自迫害了不少干部。例如，她在“串联”至上海时，曾参与到上海市市长曹荻秋和市委第一书记陈丕显等老革命家的迫害中。

随着时光进入1967年，北京市革命委员会成立，聂元梓被纳入其中，担任了副主任的职务，这使她迅速从一名大学生变成了副省级干部。然而，随着她权力的不断上升，聂元梓的心态也发生了变化。在北大，围绕她的“武斗”事件频发，社会影响力极大。到了1968年，随着“军宣队”和“工宣队”的进驻，聂元梓和其他几位红卫兵领袖逐渐失去了权力。最终，她被下放到江西进行劳动改造，并在1971年开始接受隔离审查。

在粉碎“四人帮”后的1978年，聂元梓被正式逮捕，并被关押在北京市公安局看守所长达五年。1983年，北京市中级人民法院判决她有期徒刑17年，随后她被保外就医，安置在北京生活。两年后，聂元梓获得了假释，但她的生活状况极为艰难。尽管曾是高级干部，她在假释后的生活几乎一无所有——没有生活费，没有医药费，也没有住房。她唯一能依靠的就是来自学生和亲友的救济，才得以勉强维持生计。

晚年的聂元梓饱受多种疾病的困扰。她曾表示，出狱后身体极度虚弱，差点因病去世。由于没有足够的钱接受治疗，她只能通过自我锻炼来维持身体健康。她的腰椎因为在江西劳动时摔倒未及时治疗，最终形成了严重的错位，这一疾病深刻影响了她晚年的生活质量。为了缓解病痛，她几乎每天都进行锻炼，尤其是加强腿脚部位的运动。

虽然生活困难，聂元梓仍然不甘心就此安于现状。当她的身体稍微好转时，她便尝试做一些小生意，希望能改善经济状况，但由于生意未能成功，她反而因此支付了大量交通费和电话费。最终，她放弃了做生意的打算，转而专心撰写自己的回忆录。

自1999年起，聂元梓每月能从街道办事处领取600元的生活费，这让她的生活有所保障，但她依然没有固定的住所。在日常生活方面，她并不奢侈。作为一位河南人，她习惯了简单的饮食，平日里常吃豆腐。如果有朋友来访，她会做上一锅丸子汤来招待客人。也许正是因为饮食清淡，加上坚持锻炼，聂元梓活得相对较长。2019年，聂元梓在北京去世，享年98岁。