民国学历最高女性，扶丈夫跻身高层，自己晩年潦倒断臂郁郁而终
如前所述，中国历史上第一位女医生、第一女刺客郑毓秀有着传奇的一生，身份和角色也不断变化。故事高潮迭起，有赞扬与荣誉，也有质疑与批评。
富裕的家庭背景和万千宠爱培养出来的自信和勇气，使郑毓秀比常人更有能力做自己想做的事并取得成功。但她成功之后，可能是大获成功，也可能是有缺陷。她的事迹也受到质疑，她的行为也备受争议。
郑毓秀帮助丈夫魏道明成为高官后，她留言称自己“不保”。尤其是到了晚年，她更是“逃亡”，被迫远走他乡，更别说回不来了。
围绕郑毓秀声誉的争议主要有四点：
对晚清官僚的暗杀被夸大了；
博士论文代写者：
担任公职期间涉及角色冲突和腐败；
当她是高官夫人时，就有干涉政治、经商赚钱、生活奢侈的嫌疑。
刺杀晚清官僚被夸大
对于1912年1月16日刺杀袁世凯一事，一共有12人组成了刺杀小组，郑毓秀是联络人。然而，就在行动的前一天，她突然接到情报：“南北和平谈判”的真正阻力来自宗族社会党领袖梁亮。袁世凯可以拉拢的人物毕决定停止行动，并立即通知了八名战友。但另外三人张先培、黄志猛、杨宇昌没有接到通知，按照原计划行动，却失败了。三人立即被捕并被杀害。
对于刺杀良弼一事，虽然郑毓秀参与其中，但却是京津联军成员彭家桢以近乎自杀的方式炸毁了对方，自己当场死亡。至于1910年刺杀晚清摄政王载沣，则是汪兆明（汪精卫）、黄福生等人行动，郑毓秀只是协助。因此，当时就有声音认为，人们夸大了郑毓秀在刺杀事件中的作用。
博士论文被质疑要求代笔
1926年，郑毓秀带着“历史上第一位女法学博士”的学术称号回国。她成为不可多得的文武双全的人才。
不过，很多人质疑他的博士学位是代写的，其中包括当时任命的胡适。胡适似乎对郑毓秀印象不太好。他拒绝了郑毓秀出现的任何场合以及她联合创办的刊物，甚至还留下了“这群女人不太在意面子”的评论。
胡适在1930年10月11日的日记里有这样一段话：“……后来夏奇峰也来了，他最了解郑毓秀、王崇惠、魏道明等人的故事，而且故事很有趣。”考博士时，梁丑（又名王崇惠）、陈露、赵松南、夏奇峰等人都在欢呼，她无法回答任何问题，但她可以说：“从中国的角度来看，不是吗？ “（法文原文省略）后来在场的法国人都掩笑而逃，中国人都羞愧不已。这篇文章是梁丑写的，谢东发翻译成法文的。”
尽管有人指出胡适的指责并无根据。但文中提到的王崇惠确实是郑毓秀在法国时的好友。两人都是同盟会成员，也是广东同胞。王宠惠每次去巴黎都会去“郑家”，但比她大十岁的王宠惠却有家庭。
有了这样的背景，再加上两人的密切关系，按理说，王崇惠在学业上对郑毓秀有一点帮助。另外，胡适一向很讲究“说多少证据”，所以他不会那么郑重地写下废话。
夫妻俩官运亨通，但作风却让人不满意
1926年，郑毓秀回国后与魏道明共同创办律师事务所。不过，律师夫妇只当了一年左右的律师，仕途却是红红火火。 1927年，魏道明应邀加入南京政府，历任司法部主席秘书、副部长、部长。
同年，郑毓秀兼任上海临时法院院长、当地司法部门主任，其律师事务所也随之解散。 1928年，郑毓秀参与起草《民法典》。 1930年，魏道明出任南京特别市市长，郑毓秀又获得了另一个显赫的身份：市长夫人。
郑毓秀个人风格张扬，非常愿意在报纸上曝光。 1931年，《民法典》颁布后，郑毓秀辞去立法院议员职务，回到上海，再次当律师。她经常以市长夫人的名义打官司，享有很高的声誉。以至于上海法律界流传着这样一句话：“医生一打电话，法官（法官）就震惊了！”这意味着他担心这个案子会很难办。
名气大，收费自然就高，难免讲究一件事，失去另一件事。曾有委托人状告律师协会“收钱不做事”，要求开除律师协会会员资格。虽然最终被保留了，但这件事对她的影响还是蛮大的。在后来的“高友堂弹劾郑毓秀案”中，报纸上经常提到这件事，报道对她非常不利。
人们对郑毓秀夫妇的独断作风也表示不满。革命者夏治石的妻子董竹君曾说：她住在南京，却要喝上海租界的自来水，吃上海“老大场”的面包，每天乘火车送来一次。当时《摄影画报》也报道称她“日常开支极其慷慨”。如果要等酒店，每天的花销往往会超过100元。
关于高友堂弹劾郑毓秀案
1932年，发生了轰动一时的“高友堂弹劾郑毓秀案”。时任中华民国政府监察院委员的高友堂，在当年10月出版的《监察院公报》上发表文章，弹劾上海审判处原处长郑毓秀等人。继任者杨兆轩犯串通诈骗罪，挪用法院公款22000余元。
高友堂发现，郑毓秀辞去院长职务时，多次花费22笔法院公款，共计22000余元。高友堂还一一列出了这22笔款项的名称和金额。弹劾文件一出，立即引起各界关注。 (北平)《法律评论》杂志全文转载，上海、南京多家报纸进行报道。
高友堂出生于满洲，与末代皇帝溥仪有过一些接触。民国成立后，在《民立日报》任编辑，撰写评论。他与该报创始人、国民党元老于右任关系密切。于右任出任监察院院长后，高有堂也加入了他的行列。他还弹劾了海军部长陈绍宽、外交部长王正廷、安徽省主席陈调元，闻名全国。
弹劾文章发表次日，郑毓秀、杨兆轩在上海报纸上发表爆料，质问高友堂，称原上海地方法院挪用存款案是书记员所为，郑毓秀不应成为对象案件的。而且，监事会的弹劾只能涵盖公务员的行为，而郑毓秀作为律师的非公务员行为并不属于弹劾范围，被认为是“诽谤”。不过，郑毓秀其实还是很担心被审判定罪的，因为高友堂手里有真凭实据。就算她身手再好，一旦在异地受试，那也是非常灾难性的。
于是，她决定贿赂高友堂。据说，她曾托人寄10万元给高友堂，希望他停止追查此案。然而，却遭到了高又堂彦慈的拒绝。他还将郑毓秀的信转发给监察院于右任，并回信郑毓秀：“应当注意，中国也有不爱钱的官员。”
1933年8月，江宁地方法院开庭审理“郑毓秀案”。虽然检察官的犯罪信息很详细，但当时郑毓秀已经借口养病南下香港。结果，庭审过程中，只派了书记员牛传春出庭。由于相关责任人未出庭，案件不得不延期审理。直到1935年，才传出撤诉的消息，此事才得以了结。
助夫上位，官妻却贪婪
郑毓秀不仅有能力，还用自己的能力帮助丈夫登上顶峰。 1947年，蒋介石原本想让重庆使团主任朱绍良出任东南某岛第一任省主席。不过，郑毓秀在宋美龄面前做了很多工作。最后，宋子文挺身而出，让魏道明出任省主席一职。不过这对夫妇在当地的名声并不是很好。魏道明的政绩几乎被她毁掉了。
曾有人评价：“慈禧太后毁了半个中华民族，某某夫人毁了整个东南岛省！”这里的“某某夫人”不是别人，正是郑玉秀。
当时他们想回大陆，但回不了；当他们返回台湾时，蒋介石“慢慢地发放”了通行证。于是，一代女侠只好聚在一起打麻将。 1954年，郑毓秀被诊断出左臂癌症，不得不切除整个左臂。这对她来说是一个巨大的打击。再加上贫穷，她终日郁郁寡欢。