洪武三十一年，七十一岁的朱元璋病逝了。按照封建社会嫡长子继承制，应由皇太子继位。但早在洪武二十五年，太子朱标就已病逝，朱元璋立了朱标的儿子朱允炆为皇太孙，这就明确向世人昭示他就是皇位的当然继承人。如今太祖去世，朱允炆名正言顺地登上了皇位，史称惠帝，因其年号建文，故又称建文帝。

朱允炆称帝后，原来的那些藩王虽然政治身份没有变，但血缘身份却起了很大变化，由洪武时的皇子一跃而为当今的皇叔了。朱允炆虽为皇帝，但作为侄子，对这些叔叔们是放心不下的，更何况北方一些藩王手中都握有重兵，有的甚至一直在觊觎着九五之尊的宝座呢。

为了消除来自皇室内部的威胁，朱允炆与心腹大臣齐泰、黄子澄等经过密谋，决定采取西汉晁错之策，进行削藩。按照齐泰的主张，削藩之举首应解决燕王。因为洪武时北方诸王中以秦王朱椟晋王朱钢、燕王朱棣、宁王朱权这几个藩王势力较强，但朱核、朱烟已在太祖之前相继病逝。这样，燕王朱棣不仅在诸王中年龄最长势力也最大，可谓强藩之首。齐泰认为，只要能够先将燕王翦除，其余诸藩便可迎刃而解。

然而黄子澄却认为，燕王势大，难于猝成，应先翦除燕王手足然后再一步步指向燕王。他认为周、齐、湘、代、岷诸王在先帝时就有不法之事，削之有名。尤其是周王朱橚与燕王朱棣乃同母兄弟，削夺周王既师出有名，又翦除了燕王手足，建文帝采纳了这一主张就这样，在建文朝的削藩计划中，朱橚仅因是朱棣的同母兄弟竞首当其冲。

朝廷的用意，朱橚也敏锐地觉察到了。为了避免一朝被灭，他要有所防范，有所准备。而这又不能不犯下大忌。周王府长史王翰也觉察到朝廷的意图，现在又看到朱橚的一系列防范措施，深深感到自己陷进了一个是非之地。他预料在这场斗争中，朱橚决不可能胜利，而一旦失败，自己必然身首异处。所以他反复劝谏朱橚不要轻举妄动，而朱橚却又不愿束手待毙。所以王翰为了尽早脱身，保全自己，就用刀砍断了自己的一个手指，佯狂而去。

再说，朱橚的第二个儿子朱有坳是个无赖之徒。他早就想袭周王爵号，处心积虑要借机除掉父兄，如今看到父亲在府内的一些防范措施，认为机会来了。他首先向朝廷告发父亲有反叛企图。这无异给朝廷提供了一个对朱橚开刀的极好借口。于是，削藩的第一个行动开始了。

不久，周王接到建文帝通知，曹国公李景隆奉命率兵往北方备边，届时将取道开封，希望周王给予方便。

李景隆的军队来到了开封。对于朝廷命臣，周王自然热情款待，哪里知道，李景隆突然率兵包围周王府，宣布皇帝诏旨，将朱橚父子及王府官属统统逮捕，押送京师。事出仓猝，朱橚毫无防备，只得束手就擒。朱橚一行被带到京师，朱允炆当即做出决定，将其谪遣到云南蒙化(今云南巍山县)。

千里之外的云南，当时号称烟瘴之地。这里人烟稀少，荆棘丛生。朱橚被谪遣至此，景况十分悲惨。他衣不暖体，食不饱腹，妻子异处，难得相见。当时王妃刚刚分娩，没有乳母，只得买头奶羊以羊奶哺育幼子。

朱橚被谪以后，燕王朱棣作为他的同母兄弟曾写了一封奏疏，为周王求情，恳请建文帝能够“幸念至亲，曲垂宽贷，以全骨肉之恩。”虽然朱允炆看了后颇有点动心，但在齐泰、黄子澄的极力劝阻下，很快打消了怜悯的念头。

继周王被逮之后，代齐、岷诸王也接二连三地被削夺王爵，降为庶人，流窜他处。湘王朱柏被人告发，无以自明，阎宫自焚而死。下一步的矛头就要指向朱棣了。

朱棣不像上述五王那样束手待擒，而是积极做好准备，在建文元年(1399年)七月初七以“诛齐黄，清君侧”为名，起兵“靖难”，从北平南下。一场皇室内部的战争爆发了。

战场上的硝烟给朱橚带来了希望。皇室内部矛盾的激化，极大地震动了建文帝。他决定采取一些补救措施来缓解叔侄之间的矛盾。于是，将流放的朱橚召回京师，与齐王朱博禁锢在一起。朱橚虽然没有获得自由，但境况总比在千里之外的云南要好得多了。

“靖难之役”打了三年多。建文四年六月三十日燕军兵临京师城下，当时受命戍守金川门的曹国公李景隆和谷王朱穗看到建文帝大势已去，打开金川门，迎接燕军入城。就在燕师入城之日，皇宫中燃起大火，建文帝不知所终。

朱棣入城，立刻遣兵千余前往营救二王。周、齐二王喜出望外，立即去见朱棣。“朝中奸恶屠杀我兄弟，赖大兄救我，今日相见，真再生也。朱橚回想起这几年的遭遇以及今日的获救，不禁悲喜交加，放声大哭起来，“天生大兄，勘定祸乱，社稷保全，不然，骨肉皆落奸臣之手了。”

朱棣以胜利者的姿态登上皇位，史称成祖。他以藩王起兵，夺取皇位，自然更知设藩的危险。但他总结了建文削藩的教训，没有急于削藩，朱橚又恢复了周王爵号。

永乐元年(1403年)，成祖命朱橚就国。对于这位同胞兄弟，成祖表现出空前的慷慨。不仅事先派人将周府修缮一新，而且一而再再而三地给予大量赏赐，其优厚程度大大超过其他诸王。

朱橚临行时，成祖又考虑到他刚刚复国，“用度无备”，特命户部于其常禄之外再将河南仓库的储备粮拨出二万石以资用度。朱橚怀着大难不死的喜悦，带着优厚的赏赐，再度以周王的身份来到离别四年的开封。