明朝两京都制度指的是明朝有两个首都，一个在南京，一个在北京。因此有人会疑惑这两套班子会不会造成当时明朝的混乱，在这里就讲一讲明朝这两京制历史的由来及两京职责：

两京制组织形式由来已久

两京制最早可以追溯到西周初期，最早周王室的都城是在镐京，地处关中，后来武王灭商之后，为了更好地管理中原地区，就在洛邑这个地方建了一座新城，就是现在的洛阳。后来的一些大一统王朝也延续了这种两京制的模式，比如汉朝、隋朝、唐朝都采取了两京制，西都长安，东都洛阳（陪都）。元朝除了大都（北京）是首都外，还有中都和上都；清朝除了北京是首都之外还有陪都--盛京。就连南宋严格意义上来说也是两京制，临安只不过是行在，也就是临时陪都，真正首都是开封。可见两京制模式历史由来已久。

明朝两京制

在元末明初的时候，朱元璋活动区域主要在以南京为中心的长江流域，所以在1368年，他称帝的时候自然就将南京作为当时都城，但是由于当时南京地处长江流域，对北方的控制不够，加之当时还未实现统一，所以朱元璋也想将都城迁到北方，以方便军事部署和管控。后来在徐达攻占了河南之后，他就实地去汴梁进行考察，最后选定将开封定位陪都，号称北京，重建开封城。但是由于开封这个地方无险可守，并不合适作为陪都，所以在洪武十一年，在天下大定以后，朱元璋就将撤销了开封“北京”的称号。另外朱元璋也在自己的老家凤阳建造宫殿准备作为中都，后来由于耗费太大，加之那个地方不适合作为陪都而放弃了。所以明朝初期的时候，两京指的是南京和开封。

后来朱棣在靖难之役后推翻了南京建文帝的政权，夺取皇帝宝座，由于北京是他的根基所在，当年被封为燕王的时候就一直待在北京，经常和元朝残余势力较量，知道北京战略位置的重要性，所以朱棣登基第二年就将北京作为行在。并在永乐十九年，朱棣将明朝中央政府文武百官迁到北京，南京作为留都，毕竟是太祖的龙兴之地。虽然朱棣将明朝中央政府迁到了北京，但北京一直都是以行在的名义，真正的首都名义上还是在南京。一直到了明英宗正统六年，英宗朱祁镇下令北京各衙署去“行在”二字，南京各衙署加“南京”二字。这时北京才真正意义作为首都，南京被称为留都。而留都也设置与北京一样的机构和官员，这样明朝一个政府两套班子的两京制正式形成。

明朝两京制度特点

明朝两京制度与其他朝代两京制度有所不同

一是明朝的两京制度，是两个首都，南京并不是陪都，地位也是和首都一样的。而像汉唐时期的长安、洛阳的两京制，洛阳就是作为陪都，陪都的意思就是首都以外的副都。而明朝的南京并不是副都。两者性质不一样。

二是行政机构设置不一样。其他朝代的两京制，除了首都有中央行政机构外，陪都不设中央六部的行政机构。而明朝除了北京有六部的设置和各部官员之外，在南京也同样设有六部和各部官员，而且职级和品级也都是一样的。不过南京的机构和官职都冠以南京两字以作为却别，比如户部，在北京就称为户部，在南京就称为南京户部。还有就是南京各部官员并无实权，大多都是虚职。而一般到南京就任的官员基本是政治上斗争失败的或者受到排挤的官员。

所以，综上所述，明朝实行的两京制虽然历史上由来已久，但也有自己的特点，而且北京是实权，南京是虚职，并不会产生混乱。