洪武元年（公元1368年9月10日），明朝的大将徐达和常遇春攻占了通州，距离大都已经不远，大都面临着严峻的危机。元顺帝在大都城内紧急召集朝廷大臣，向他们宣布自己将要逃离大都的计划。作为成吉思汗的后代，元朝的统治集团并非没有血性的大臣。

面对明军的强大压力，哈剌章首先站出来反对元顺帝的逃跑计划，他指出：“如果车驾一离开，大都就会失守。可以参考金宣宗南逃的历史经验，死守大都，等待援兵。”另外，中书左丞相庆童也已经做好了死守的准备，他对大臣们说：“我已知道自己死在哪里，还有什么好说的？”

尽管有大臣们建议坚守大都，元顺帝却显得异常果断。他冷静地回应：“现在已经到了这种地步，我难道还要像宋徽宗和宋钦宗那样成为俘虏吗？（今天难道还能做徽、钦一样的事情吗？）”于是，在当晚，元顺帝在惊慌中决定逃出大都，北上前往上都。到了八月十五日，他才终于松了口气，逃到了上都。

上都，位于今天的内蒙古锡林郭勒盟，是一个地理上非常有优势的地方。北有龙岗丘陵，南有砧子山，上都河横贯其中，四面都是天然屏障。从忽必烈时代开始，这里就是蒙古的重心，元朝的两都制中，大都控制了中原和南方，而上都则掌控漠北与蒙古地区。只要上都得以坚守，元朝在漠北的根基便可以继续延续。

尽管元顺帝是元朝在位时间最长的皇帝，历史上他却被称为“亡国昏君”。然而，他并不是一个懒政享乐的帝王。元顺帝原名妥帖睦尔，他的父亲元明宗被弟弟文宗所杀，年仅十岁的妥帖睦尔被流放到高丽。文宗死后，妥帖睦尔被立为新帝，登上了皇帝宝座。

元顺帝继位时，文宗的遗留势力仍然强大。他在右丞相伯颜的帮助下除掉了这些权臣，然而伯颜随后开始专权，元顺帝又联手丞相脱脱，清除了伯颜的势力，最终掌握了朝中的权力。元顺帝在脱脱的辅佐下，改革暴政，恢复科举选才，加强了国家的治理，并推行“文治”和“汉化”政策，大力整治水患、发展农业，疏浚黄河，缓解了民族矛盾。

尽管元顺帝本人有才智，他亲自设计的宫殿和自动报时器都堪称“科技奇才”，但由于改革中的失误和官员腐败，元朝逐渐步入了衰退的道路。元顺帝在内外压力下逐渐陷入了荒宴享乐的状态，忽视了政务，最终导致了元朝的灭亡。

在元朝暴政加剧、民众起义四起的背景下，元顺帝北逃至上都后，开始了长达十个月的观望时期。在这段时间内，元顺帝面临了巨大的抉择：他能否再度夺回失去的大都？他还想着通过争取蒙古的支持，恢复大元帝国。

尽管扩廓帖木儿等将领试图收复失地，但在明军的强力反击下，他们未能成功。明军以常遇春为首，连续打败了元军的进攻，迫使元顺帝再次做出逃亡决定。至洪武二年六月，元顺帝在明军逼近的情况下，决定再次逃往应昌——一个距离上都100多公里的地方。

应昌附近虽然能暂时隐蔽，但随着明军的逼近，元顺帝的处境愈发艰难。他听到明军即将进攻，应昌成为了他和蒙古人老巢和林之间的选择点。元顺帝最终决定继续向北逃往和林，但此时，明军又在前方阻止了他。

随着元军的一次次失败，元顺帝在应昌病倒，不久去世，享年44岁。其子爱猷识理达腊继位，建立了北元政权。然而，北元政权最终未能恢复元朝的盛况，仅在明朝与北元的对峙中存续了几十年，直到1402年被鞑靼所取代。

历史上对北元政权的看法一直不一。有人认为，虽然元顺帝在逃亡后失去了对中原的控制，但他为蒙古民族保存了政权的种子，北元政权一直维持着与明朝的对峙。朱元璋则巧妙地承认北元的合法性，通过这种方式稳固了自己的统治，并与北元在法理上达成了“共存”的局面。

最终，元顺帝的逃亡为历史留下了深刻的印记。在他出逃后，北元虽然与明朝对峙，但无论是北元的存续，还是两国间的矛盾，都未能彻底消除，直到后金的崛起，才将这一历史阶段结束。