明朝崇祯帝朱由检登基后，做出了一个标志性的决定：清除宦官魏忠贤及其党羽，彻底拔除阉党的权力。此举成为了明末历史上的一件大事，许多人都认为这是崇祯为恢复朝政正道、清明政治所作出的重要措施。朱由检对宦官专权的危害有了深刻认识，因此，他不仅将魏忠贤除掉，还加强了对宦官的管理，严防他们再度插手政务。从表面上看，朱由检似乎对宦官采取了极为严厉的限制措施。然而，随着时间的推移，尤其是从崇祯二年起，他却又开始频繁地派遣大量太监进入军队系统担任监军。这些监军太监虽然并非完全无能，但由于他们大多数并不懂军事，甚至还有不少人因贪功怕死，造成了负面影响。

在崇祯七年（1634年），陈奇瑜奉命围剿农民军，战局一度看好，农民军的首领如高迎祥、李自成、张献忠等被逼至车厢峡内，局势危急。然而，在这个关键时刻，李自成通过贿赂陈奇瑜的部下，假意投降。监军太监杨进朝和总兵王朴因贪图金钱与功劳，竟然对李自成的投降表示接受，尽管他们明知农民军的投降可能只是诈降。结果，李自成趁机带领部队冲破了包围，成功反击，势力大增。此时，明军错失了对农民军的最后打击机会。

而农民军善于假投降的策略屡屡得手，张献忠就曾多次采用这一手段。在崇祯时期，杨嗣昌指挥军队采取了“四正六隅，八面撒网”的战术，逐步压缩敌军的活动空间。然而，张献忠同样利用了“诈降”这一策略，他向熊文灿假装投降，熊文灿和监军太监刘元斌都表示接纳，刘元斌甚至上疏建议招抚张献忠，结果张献忠很快便重新反叛。此类太监监军不仅不懂军事，且常因贪图私利而做出错误的决策，未能在关键时刻发挥应有的作用。

类似的情况在崇祯九年（1636年）清军第三次入侵时再次发生。清军势如破竹，连克十二城，战功赫赫。面对严峻形势，崇祯命令太监高起潜带兵出征，然而高起潜不仅没有积极迎战清军，甚至只敢跟随清军后面行军，除了在涿州击退少数敌军外，几乎未能获得战果。尽管如此，他却向崇祯上报了所谓的“胜利”，以求功名。次年，清军再次入侵中原，崇祯调任宣大总督卢象升领兵抗敌，而高起潜则被派为后援。卢象升为了主战，决心迎战清军，但高起潜却主张和谈，甚至在战场上拖延、消极不作为。卢象升被清军围困时，高起潜近在50里，却没有出兵援助，最终导致卢象升全军覆没。这样的无能和懦弱，显然是明军失败的重要原因之一。

在李自成进攻北京时，监军宦官的背叛行为再次上演。宣府巡抚朱之冯为了保卫京师，亲自带队准备死守。然而，监军宦官杜勋与总兵王承允勾结，甚至在城外三十里迎接大顺军。类似的背叛行为还发生在居庸关，监军宦官杜之秩和总兵唐通竟然毫不抵抗，主动开城迎接李自成。如果这些关键防线像宁武关的周遇吉一样死守，北京或许能撑到援军的到来，局势也许会有所不同。

显然，太监监军的制度对明朝的军事产生了不小的影响。虽然偶尔有太监表现出军事才能，但整体来看，太监监军的弊端远大于其利。崇祯帝虽然试图改进这一制度，清除了宦官中的权力斗争者，但他并未根除宦官参与军事的根深蒂固的传统。而这一制度，事实上早在永乐年间便已成为惯例。

永乐帝朱棣在发动靖难之役时，得到了许多宦官的帮助，并在成功后进一步削弱权臣的权力，转而依赖一批忠于皇帝的宦官。为了应对当时复杂的军事局势，朱棣继承了唐宋时代宦官监军的制度，宦官们开始在军事事务中占据越来越重要的位置，甚至成为了皇权的代表。此后，宦官监军的制度被不断沿用，并且在明朝的多个军镇中设有专门的太监监军职务。

当然，并非所有太监都无能。明朝的著名太监郑和便是一个例外，他指挥庞大的舰队七下西洋，带领明朝走向了辉煌的海上扩张。而在成化年间，宦官汪直也是一位著名的军事人物，他在与蒙古的战争中发挥了关键作用，成为一位成功的监军宦官。

尽管如此，崇祯时代的宦官监军制度却开始逐渐失效，部分原因在于明朝的衰败。随着明朝末期皇权逐渐削弱，崇祯帝虽然勤政，却并未能有效控制文臣和武将，导致了政局的不稳定。尽管他力图削弱宦官的权力，但并未有足够的决心进行根本性改革，最终在内外压力下，明朝走向了灭亡。