1959年，在总后勤部进行了一次重要的人事调整，邱会作被任命为部长。刚上任时，他对总后的各个业务部门实施了较大幅度的改动。他深知，我军的后勤体系是从苏联军队中搬过来的，认为其架构并不符合我军的实际需求。他指出，业务分工过于细化导致问题处理起来牵扯的面幅广，结果不仅增加了各部门之间的相互扯皮，还降低了工作效率。

在60年代初，邱会作对总后勤机关进行了多次精简，试图从根本上优化组织架构。他把原有的十三个部门合并为九个，经过整编，人员也从2500多人锐减至1200多人。之前，指挥部门被称为参谋，政治部门称为干事，而后勤部门则称为助理员。邱会作决定将助理员的称谓改为参谋，并在1962年的全军装备编制会议上明确提出了这一计划。他认为，司令部的行政指挥部门和总后司令部的助理员都应统一称为参谋。

对此，主管全军装备及行政工作的副总长张爱萍提出疑虑，直接问道：“这样不会弄得一团糟吗？”他认为，过去打仗的部门称为参谋是容易理解的，而干事和助理员的称谓也代表着不同的领域，如果统统改成参谋，作战单位与非作战单位的区分就模糊了。邱会作毫不犹豫地回应：“乱什么套？难道后勤的人员改叫参谋就会陷入混乱吗？这也未免太小题大做了。”此番话语气激烈，身为副总长的对方显然并未料到邱会作会如此直言，实际上在职级上他是上级，理应就称谓的变更提出更有条理的方案，而不是直接反驳。尽管上级采纳了他的意见，但是提出的疑问让他显得颇为焦虑，这显然不是第一次发生这种情况。

在总政部安排老干部到总后勤部时，他也曾与肖华发生争执，而对方则是军委副秘书长兼总政副主任。邱会作直言不讳地表示：“如此优秀的干部，为什么不分配到总政工作呢？”在一次筹设后勤学校的过程中，当总政副主任徐立清提出他的看法时，邱会作依然没有留情；在干部的任免会上，他还曾对甘泗淇副主任表达过不满。他坚信自己所提的意见和建议是准确无误的，毫不容忍别人提出质疑。

关于将助理员改为参谋这件事情，作为主管干部的同事们也只能理解情况后给予反馈。而罗瑞卿总长在了解情况后支持了他的意见，认为应该统一称谓，将各种职务统一整合。此时，邱会作似乎已然觉得上级对他的支持就是对他决策的肯定。

此外，邱会作也考虑到司令部核心部门的名称问题，认为“计划处”这一名称显得与其实际功能不符。经过深思熟虑，他终于想出了一个更为贴切的名字——“作战勤务保障处”，更名后他自信其准确性，随即向刘帅请示并获得了认可。由此可见，他的思维极具前瞻性。

在供应部的命名上，他的主意也颇具特色，尽管有人建议叫“供给部”，他却并没有同意。他有着足够的自信，这不仅源于他身为军委办公会议成员的身份，能够参与到军委的日常工作当中，也因上级之前对他工作表现出的强大支持。被推荐担任部长的他，作为一名准兵团级干部，能够被中央首长任命，实属不易。