1948年8月，邱清泉正在徐州时，突然得知了一个令他颇感意外的消息——“飞将军”孙元良被任命为16兵团的司令官，同时兼任徐州“剿总”郑州前进指挥部副主任。邱清泉听后心头一紧，心想：“让孙飞将带兵，杜老总恐怕得头疼了。”他不由得为杜聿明的处境担心起来。

然而，除了邱清泉之外，另一个对孙元良被派来徐州带兵表示强烈不安的人，是宋希濂。原本，宋希濂有意接替杜聿明，成为徐州“剿总”副总司令，因杜聿明准备赴美治疗。但当他得知孙元良将要到徐州时，态度立刻发生了转变，他明确表示，绝不愿与孙元良在同一战场上并肩作战。最终，蒋中正不得不决定让杜聿明继续留任。

孙元良并非不懂得作战，事实上，他在黄埔一期时，凭借优秀的表现迅速晋升，反映了他对战场危险的敏锐感知。按照常理，像他这样的直觉通常是成就名将的基础。然而，孙元良的处理方式却并非如此。当他意识到战场上出现危险时，他并没有集中精力解决问题，而是首先考虑如何逃离。更让人不解的是，逃跑时，他选择独自一人悄悄溜走，而不是与其他人共同撤退，这让他显得格外自私。

比如在南京保卫战时，唐生智召集师以上的将领开会，决定实施突围。许多负责任的将领会立即返回部队组织指挥突围，少数不那么负责任的则通过电话指挥。然而，孙元良不仅没有回到部队，也没有电话指挥，而是悄悄地独自逃跑。在挹江门，他被宋希濂拦住。值得一提的是，宋希濂对孙元良的鄙视并非仅因为他逃跑，还有一件事让他更加反感，那就是孙元良的贪婪。

在淞沪会战期间，孙元良不仅挪用了军队的慰问品和战时纱场的棉纱，还将这些偷运出去，私自出售，所得款项当然进了自己的口袋。这些事后来由宋希濂的兄长、88师的军需主任宋尚鲁透露给了宋希濂，令他对孙元良的厌恶更加深了。后来，在挹江门被拦住后，孙元良迅速抛弃卫兵，自己悄悄逃跑，令宋希濂更为愤慨。

孙元良逃离南京后，在蒋中正面前编造了谎言，说自己带领着从南京突围出来的残部在栖霞山打游击。宋希濂和廖龄奇等人得知后愤怒举报，但孙元良最终不仅没有受到应有的惩罚，反而通过蒋中正的“宽容”获得了免于处分。蒋中正对孙元良的宽容，部分原因是孙元良得到了陈诚的支持，并写信表忠心，希望能得到更多的支持。

随着时间推移，孙元良逐渐得到了蒋中正的更多关注和升迁。虽然他在黄埔一期中的名声不佳，但由于黄埔系的背景，他最终得到了军职，甚至被任命为第16兵团的司令官。这一任命，让许多人感到不解，因为孙元良的行为并没有表现出他应有的责任感和领导能力。在16兵团的管理下，孙元良表现出典型的“贪”与“懒”的态度，当他被告知军饷不足时，他的解决办法竟然是把各师的存粮变卖，而不是上级拨发的装备。至于那笔被挪用的8万银元，具体去向谁也说不清。

尽管如此，孙元良依旧掌管着16兵团。战斗中，他的兵团依旧有着不少问题。比如装备虽然在表面上看起来有所增强，但实质上并没有改变士兵的战斗力。在淮海战役中，孙元良不仅没有有效指挥，还亲手将自己部队的装备摧毁，这一举动直接影响了战斗的结果。

在1948年11月28日，杜聿明前往南京开会，尽管他尽力保密撤退的计划，但到了徐州后，情况却已变得一团乱。他发现蒋中正早已暗中通知了徐州关键部门撤退，自己的一切计划遭遇了背叛和搅乱。在接下来的战斗中，孙元良再次表现出不负责任的态度。他在杜聿明未下命令时，擅自撤退，进一步加剧了混乱。

当孙元良决定逃跑时，他表现得格外坚决，甚至采取了极端手段来确保自己的安全。在撤退的过程中，他不仅炸毁了大炮和弾药，还切断了与杜聿明的联系，确保自己能顺利逃脱。这一次，虽然孙元良成功逃脱，但他逃离战场的行为也为自己赢得了“孙跑跑”的外号。