在正史中，刘备与刘璋之间的矛盾早在荆州出兵增援庞统身亡之前便已经显露。刘备与刘璋于葭萌关翻脸之际，刘备就下令诸葛亮、张飞和赵云从荆州出发，沿着北方的河流一路进入川地，目的在于协助他镇压不安的益州。

在这三位重要人物中，诸葛亮的职位当时是军师中郎将，而张飞则担任宜都太守以及征虏将军，号称新亭侯。赵云则以牙门将军的身份参与此次行动。夺得益州后，诸葛亮被提升为军师将军，赵云则升任为翊军将军，不过张飞在这次的官职变动中并没有获得晋升。

其中提到的官职，如军师中郎将、军师将军以及牙门将军，皆是刘备所设立，并不具备直接的历史参考标准。但征虏将军和翊军将军则属于杂号将军的范畴。若从官衔来看，中郎将的等级低于杂号将军，因此在入川的时候，张飞的职务是三人中最高的。

尽管如此，“军师”一词本身就带有参谋和军事统筹的意思。虽然诸葛亮的官衔低于张飞，但在刘备的集团内，他的地位却是不可小觑的。例如，在刘备成功奪取荆州后，他便令诸葛亮以军师中郎将的身份负责督管零陵、桂阳和长沙三郡，结合刘备当时仅拥有五个郡的情况，可以看出诸葛亮的重要性。

根据《三国志·先主传》的记载，刘备在入川之际，诸葛亮与关羽同样负责镇守荆州，文中并未提及张飞的身影。这一细节表明，诸葛亮与关羽的地位相当，甚至可能高于张飞。

此外在《三国志·赵云传》中也有提及，刘备出征时特意召诸葛亮前往川地，诸葛亮随后带领赵云和张飞沿江而进，在攻占江州后，才开始分兵行动。从这个描述来看，诸葛亮的确是此次援军的统帅。

因此，综合各方面的证据来看，从荆州出发的援军指挥官应当是诸葛亮，而非张飞。