司马奕，字延龄，东晋王朝第七任皇帝，为晋成帝司马衍的次子，晋哀帝司马丕的同母弟，其母周氏为晋成帝司马衍的贵人。

东晋成帝咸康八年（壬寅，342年），司马奕出生，封为东海王。

同年，其父晋成帝司马衍驾崩，因为司马奕与同母兄尚在襁褓，其叔（晋成帝司马衍的同母弟）司马岳继承皇位，是为晋康帝。

东晋康帝建元二年（甲辰，344年），晋康帝司马岳在位两年亦崩，却将皇位传与自己两岁的儿子司马聃，是为晋穆帝。

东晋穆帝永和八年（壬子，352年），11岁的司马奕拜为散骑常侍，不久加任镇军将军。

东晋穆帝升平四年（庚申，360年），司马奕19岁时，任车骑将军。

东晋穆帝升平五年（辛酉，361年），晋穆帝司马聃驾崩，因其没有子嗣，司马奕同母兄司马丕继承皇位，是为晋哀帝。

同年五月二十七日，司马奕改封为琅邪王。

东晋哀帝隆和元年（壬戌，362年）七月，司马奕任为侍中、骠骑大将军、开府仪同三司。

东晋哀帝兴宁三年（乙丑，365年）二月二十二日，晋哀帝司马丕因为服食丹药，中毒驾崩，没有留下子嗣。崇德太后褚蒜子于次日下诏：司马奕德才兼备，又是皇帝同母弟，应当继承皇位。于是，百官至琅邪王府迎奉司马奕即位，是为晋废帝，成为东晋唯一一位在位期间被废黜的皇帝。

同年三月二十九日，葬晋哀帝司马丕于安平陵。时值，前燕攻陷洛阳，擒东晋冠军长史沈劲，并且斩之。

七月，晋废帝司马奕徙会稽王司马昱仍为琅邪王。当月，晋废帝立妃庾氏为皇后。

十月，东晋梁州（今陕西汉中）刺史司马勋反叛，自称成都王，率军入剑阁南下，攻打成都。

东晋废帝太和元年、前凉悼王太清四年、前燕幽帝建熙七年、前秦天王建元二年（丙寅，366年）

三月，东晋荆州刺史桓豁使督护桓罴攻南郑，讨伐司马勋。

同年五月，东晋废帝司马奕的皇后庾氏薨，谥曰‘孝皇后’，葬于敬平陵。当月，东晋鹰扬将军朱序击擒司马勋，执送大司马桓温，下令斩之，传首建康。

七月，前秦辅国将军王猛、前将军杨安、杨武将军姚苌等帅众二万寇荆州，攻南乡郡；荆州刺史桓豁救之，军于新野。

八月，前秦军掠安阳民万余户而还。

九月，晋废帝司马奕诏令特赦梁、益二州。时值，东晋大将桓温欲废司马奕，因其循规蹈矩、谨小慎微，不犯过错，致使桓温无法采取行动。

十月，东晋朝廷诏以前凉悼王张天锡为大将军、大都督、督陇右关中诸军事、护羌校尉、凉州刺史、西平公。于是，张天锡遣使至前秦边境，告知与之断绝外交关系。

东晋废帝太和二年、前凉悼王太清五年、前燕幽帝建熙八年、前秦天王建元三年（丁卯，367年）

三月，张天锡亲自征讨叛凉割据的陇西人李俨，任别驾杨遹为监前锋军事、前将军，进攻金城；晋兴相常据为使持节、征东将军，进攻左南；游击将军张统出白土。张天锡亲率3万，进驻仓松，进攻李俨。李俨大败，退守枹罕，遣其子李纯向前秦苻坚求救。苻坚遂派部将王猛救援，张天锡大败，死者十分之二、三。于是，王猛致函张天锡，劝其退兵；接到书函，张天锡撤兵而回。

同年五月，前燕太原王慕容恪患疾，因为担忧幽帝慕容暐不能将政权控制在手，又虑慕容评性格多疑，大司马地位不能受到众人瞩望，遂召慕容暐之兄乐安王慕容臧，并对他说：“现在强秦飞扬跋扈，强吴尚未顺服，两方敌寇皆怀攻掠之心，只是找不到理由。安危在于得到胜任其职之人，国家兴旺在于有贤能之才辅佐，如能推举贤良、任用忠臣，加之家族和睦，那么天下不足我们图谋，二方贼虏怎能作乱！吴王慕容垂谋略超越，司马职责是统领兵权，不可任非其人，我病终之后，定要将此职位授予他。如论亲疏关系，不授予你，就应授予慕容冲。你们虽然才识聪明，但未经历灾难，不可被私利蒙住双眼而忘忧患，招致终身悔恨。”亦将同样之话，对太傅慕容评说了一遍。

然而，慕容恪卒后，慕容评未依其意，以慕容暐之弟慕容冲接替大司马之职。

十月，前秦并州刺史苻柳据蒲阪（今山西永济）、秦州刺史苻双据上邽（今甘肃天水）、洛州刺史苻廋据陕城（今河南三门峡）、雍州刺史苻武据安定（今甘肃泾川），同时起兵反叛。

东晋废帝太和三年、前凉悼王太清六年、前燕幽帝建熙九年、前秦天王建元四年（戊辰，368年）

正月，前秦苻坚正式遣军平叛，派杨世成、毛嵩、邓羌、王猛、张蚝等，分攻四地。时值，杨世成、毛嵩分别败于苻双、苻武叛军，逼使苻坚再遣王鉴、吕光等率兵进攻。最终，王鉴、吕光、王猛等先后斩杀4公，平定叛乱。而在苻坚进攻苻廋之时，苻廋主动献州治陕城（今河南陕县），归降前燕，并且请兵接应。此举震动前秦，苻坚只得派大军至（陕西）华阴，以作防备。后因前燕太傅慕容评拒绝迎降，这才避免更大危机。

这一年，前秦苻坚日渐强盛，常常进攻前凉，几乎没有停息之日。凉王张天锡恐惧，筑坛杀牲，率典军将军张宁、中坚将军马芮等，与东晋三公遥相盟誓，献书信给大司马桓温，约定于前凉太清九年（371年）夏，共同大举进兵。

同年三月，出现日食。

东晋废帝太和四年、前凉悼王太清七年、前燕幽帝建熙十年、前秦天王建元五年（己巳，369年）

五月，东晋大司马桓温、江州刺史桓冲、豫州刺史袁真，率领5万士卒讨伐姑孰。

同年六月，桓温遣建威将军檀玄攻胡陆，擒获前燕宁东将军慕容忠。于是，前燕主慕容暐派征讨大督都慕容厉，由步骑二万逆战于黄墟，慕容厉军队大败，单骑逃回，高平太守徐翻举郡以降。时值，桓温前锋朱序又于林渚战胜前燕将领傅颜。

七月，前燕慕容暐惧怕，谋划逃往和龙（今辽宁锦州），慕容垂劝止：“请允许我攻打他们，如果不能战胜，再跑不迟。”遂任慕容垂为使持节、南讨大都督，慕容德为征南将军，率领5万士众，前往抵御桓温，再遣散骑侍郎乐嵩向前秦苻坚求援。

八月，苻坚派将军苟池率领二万士众从洛阳出兵，驻兵颍川，表面增援，实际观察间隙，有兼并前燕势力的打算。时值，前燕征南将军慕容德驻兵石门，从水路断绝桓温运粮渠道。豫州刺史李邦领本州5000士兵，截断桓温给养输送道路。

九月，桓温多次出兵不利，粮食运输断绝，加之听说苻坚军队到来，遂焚舟船，丢弃鉴甲撤退。慕容德领4000强悍骑兵，赶在桓温之前到达襄邑以东，埋伏山涧之中，与慕容垂前后夹击。晋军大败，死3万余人。苟池听说桓温班师，遂于谯拦击，桓温士众再次失败，死者数以万计。

十月，东晋将领袁真在桓温北伐失败后，因被桓温委以战争失利罪责，愤而据寿春（今安徽寿县）叛变，联结前燕、前秦。

十一月，前燕吴王慕容垂立下大功，威严恩德声名愈震，前燕太傅慕容评平素就对之不服气，遂对慕容垂提出部将孙盖等摧锋折锐，应当论功越级授官之事，搁置不予办理。慕容垂多次谈及，并与慕容评当廷争论。然而，太后可足浑氏亦一惯不喜欢慕容垂，于是诋毁其战功，与慕容评合谋算计。慕容垂恐惧，只得逃往前秦，任为冠军将军、封宾徒侯。

十二月，前秦向前燕索经虎牢（今河南荥阳西北）以西地，慕容评悔之，不与。前秦天王苻坚大怒，遣辅国将军王猛攻前燕（河南）洛阳。

东晋废帝太和五年、前凉悼王太清八年、前燕幽帝建熙十一年、前秦天王建元六年（庚午，370年）

二月，袁真卒，其子袁瑾仍然坚守寿春，并在前燕亡后继续向苻坚求救。

同年六月，前秦苻坚再命司徒王猛等出兵前燕，在潞州（今山西长治西南）击溃率领30余万大军的前燕太傅慕容评，乘胜直取前燕首都邺城（今河北临漳县西南）。苻坚在王猛围攻邺城时，亲自率军前往助战。拿下邺城之后，出奔辽东的前燕主慕容暐为前秦追兵生擒，其辽东残余反抗力量亦遭消灭，前秦正式吞并前燕。至此，历经3帝、立国34年的前燕灭亡。

十二月，前秦天王苻坚将慕容暐及其王公以下臣僚族人与鲜卑人四万余户迁徙至长安，封慕容暐为新兴侯，署任为尚书。

这一年，名义上臣服于前秦的仇池公杨世卒，其子杨纂袭位，只受命于东晋，断绝与前秦的臣属关系。

东晋废帝太和六年、前凉悼王太清九年、前秦天王建元七年（辛未，371年）

正月，袁瑾、朱辅求救于前秦，秦王苻坚派武卫将军王鉴、前将军张蚝率步骑二万，前往救援。围城的东晋大司马桓温遣淮南太守桓伊、南顿太守桓石虔等击败王鉴，逼其退屯慎城（今安徽颖上县）。不久，寿春为东晋军攻陷，桓温执袁瑾、朱辅，并其宗族送往建康，斩之。

同年十一月，东晋大司马桓温欲以杀立威，乃诬晋废帝司马奕阳痿不可生育，称其男宠相龙、计好、朱灵宝等于宫廷参侍，后宫所生3子皆非皇帝亲子，逼迫崇德太后褚蒜子下诏，废司马奕为东海王，立会稽王司马昱（晋元帝司马睿第6子）为帝，是为东晋简文帝。当日，桓温遣散骑侍郎刘亨入宫，收缴国玺，并逼司马奕离宫。时值仲秋，天气还算暖和，司马奕着单衣步出西堂，乘牛车出神兽门，群臣哭着拜别，桓温命部下率数百兵士，押其回至原东海王府。

东晋简文帝咸安二年（壬申，372年）正月，降封司马奕为海西公。

同年四月，司马奕迁往吴县（今江苏苏州吴中区、相城区一带）西柴里居住，由吴国内史刁彝、御史顾允领兵监管。时值，不少人假其名义，声称奉诏，聚众起事，反对朝廷。司马奕得知之后，深居简出，闭门谢客，小心谨慎度日，尽量避免嫌疑。

十月，彭城（今江苏徐州）人卢悚自称‘大道祭酒’，聚信徒800余家。

十一月初一清晨，卢悚遣弟子许龙秘密来到海西公司马奕居处，自称奉太后密诏迎其回京复辟。司马奕听后心动，家眷极力劝阻，这才拒绝出门，并且斥退许龙。司马奕知道复辟无望，害怕再遭祸端，有意表现出平庸，整日在家沉迷酒色，这才避免杀身之祸。

东晋孝武帝太元十一年（丙戌，386年）十月十六日，司马奕病卒于吴县，时年45岁，葬于吴陵。