抗战时，村上启作派三名军官侦察白河渡口地形，结果误把河中间的沙洲当作对岸，待日军大队渡河时，遭到中国军队的围歼，村上急火攻心。

村上启作于1937年8月晋升为陆军少将，后被任命为关东军司令部顾问，两年后晋升为陆军中将，由关东军顾问升任第三十九师团师团长，编入侵华日军中国派遣军第十一集团军。

1940年5月初，村上启作随日军第十一集团军，沿随县、枣阳以北地区展开攻势，企图消灭襄河以东的中国军队，把襄河以西的中国军队压迫于宜昌附近加以围歼。

村上启作派三名军官侦察白河渡口地形，结果误把河中间的沙洲当作对岸，以至在21日0时渡河时，遭到沙洲上中国军队的猛烈射击，联队长神崎哲次郎大佐以下300余人毙命河中，村上启作受到上司的痛责，他急火攻心。

5月25日，日军第十一集团军下达了强渡汉水的作战命令。5月31日午夜，村上启作率第三十九师团从王家集一带强渡汉水,攻击襄阳。

村上启作向对岸实施炮火准备，尔后命令联队长吉川资率部担任突击队，强渡汉水，于21时35分，强渡成功，并攻占襄阳城，对中国军民疯狂攻击。

战局对中国军队趋于不利，国民政府军事委员会决定：将第五战区分为左右两个作战地域，任命司令长官李宗仁兼任左兵团司令，军政部部长陈诚兼任右兵团司令，以确保宜昌、襄樊等地，从西北向东南对进犯襄河的日军侧后进行猛烈攻击，并将其压迫于襄河及湖沼地带而歼之。

村上启作指挥第三十九师团与第三师团协同，分别由宜城、襄阳地区西渡襄河（汉水），沿宜城、荆门、当阳及襄阳、南漳、远安之线，遥相呼应，攻击前进，相继攻占江陵、沙市、当阳等地。接着，

村上师团等部又与中国守军激战三日，于6月12日攻占宜昌。

数日后，国军展开反攻。村上启作考虑到战线过长，后方的襄阳、南漳、宜城已被中国军队陆续收复，侧后受到威胁，于是他率部撤出宜昌，收缩战线，中国军队乘势收复该城。

但是，日军参谋总部认为，占领宜昌有利于日军更有效地轰炸重庆，直接威胁国民政府，以促使其屈服。遂令村上启作第十一集团军务必确保宜昌。随即，村上启作率部再次发起对宜昌的进攻。

鬼子的这次“回马枪”，出乎陈诚意料。经激战，村上师团于24日第二次占领宜昌。

此后，日军第十一集团军主力集结于当阳、襄河附近地区，中国军队在江陵、宜昌、当阳、钟祥、随县、信阳以北地区，对日军形成包围态势，与日军相对峙，宜昌会战遂告结束。

此役,中国军队伤亡近2.6万人,毙伤日军约1.3万人。

1941年，侵华日军决定由驻武汉的第十一集团军发动第二次长沙会战,企图在汨罗江以南、长沙以北地区消灭中国第九战区部队主力，以解除中国军队对武汉地区的威胁。

9月7日，日军第十一集团军司令官阿南惟几中将指挥村上启作第三十九师团等4个师团共11.5万人，分两路向长沙发起进攻。

村上启作率第三十九师团参与了第二次长沙会战初期的作战，在新任师团长澄田睐四郎中将到任后,即乘专机返回日本担任日军“总力战”研究所所长，为继续和强化日本的侵略战争出谋划策，竭尽全力。

1943年12月后，村上启作又返回中国，在关东军任职，多次指挥对东北抗日联军游击小分队的“剿灭”作战，并参与策划和制定在中苏、中蒙边境修建防御工事的战略部署，杀害完成工程后的劳工，犯下种族灭绝的战争罪行。

村上启作的侵略魔爪沾满了中国人民的鲜血，是镇压和屠杀中国人民的刽子手。同年12月，村上启作再次调入关东军，任公主岭陆补遗学校校长，宣扬法西斯精神及神道教，为伪满洲军训练培养士官。1944年11月，任关东军第三集团军司令官。1945年8月9日后，他参与指挥对苏军的作战。

1945年9月初，村上启作被苏联军队以战犯嫌疑逮捕，关押在西伯利亚战犯监狱，并接受审判和劳改。1948年9月17日，恶贯满盈的村上启作，暴死于苏联伯力。

村上启作在中国各地犯下了严重的战争罪行，是中国人民不共戴天的死敌，死有余辜。