清朝时期的“朱三太子案”，案情离奇、时间跨度很长，从康熙帝到乾隆帝发生过七十多起案子。而结果却是不了了之，堪称清朝著名悬案。

“朱三太子案”是一些人借助明朝皇室的身份，展开的一些反清复明的活动。而要了解整件事情的始末，还要从明朝末代皇帝开始讲起。

崇祯作为末代皇帝，每天兢兢业业、如履薄冰，最终还是看着明朝走向覆灭。3月18日晚，闯王李自成攻打紫禁城，崇祯担心皇室内院被李自成俘虏，有辱祖上威名，于是疯狂砍杀妃子和子嗣。

看着身边人的死去，崇祯也找回了理智，而此刻唯有三个亲儿子幸免。他们就是太子朱慈烺、永王朱慈焕、定王朱慈炯。后来一些打着他们的名号，实行反清复明举动。

33岁的崇祯帝自缢在歪脖树上后，宣告大明王朝的统治彻底结束。但三位皇子仍然被李自成抓获，被利用劝降那些明朝的旧臣。

在山海关地区盘踞的吴三桂，已是当时唯一握重兵的明朝旧臣。本来李自成想借三位皇子让他归降，结果吴三桂却转投清军。之后，李自成被吴三桂和清军打败，三个皇子下落不明。

有些人想要反清复明，首先要有一个名正言顺的旗号，而朱家三位皇子的失踪，让他们很容易找到了名号。如果是明朝皇室发起的反清活动，自然名正言顺，还具有很强号召力和说服力，这也是之后发生诸多“朱三太子案”的基础。

清军入关后，首先要做的就是铲除明朝皇室后裔以及移民创立的明朝的割据政权。

明朝后裔曾建立过隆武、绍武、永历、弘光等明政权与清朝对峙，面对这些反清政权，清朝也就放松了对三位皇子的搜捕。

李自成兵败第二年，民间出现一位自称是明太子的人，但满清和小南明政权都不想他出现，纷纷对其扑杀，这算是首次发生“朱三太子”案。满清政府并没有重视这件事，毕竟只是个人事件，不能掀起什么大浪，何况此人身份真假难辨。

虽然“朱三太子”案以个人事件为开头，但清政府却万万想不到当时的大意，成了他们上百年来受“朱三太子”侵扰的开端。特别是小南明政权被吴三桂清剿后，清政府的噩梦也就跟着开始了。清朝上百年来，出现了几十起大大小小的“朱三子案”。

康熙12年，杨启隆因为不满满清的统治，于是拉拢北京的游民和一些八旗子弟起势，准备反清复明。他对外宣传他是“朱三太子”本人，用此来扩充自己的势力，甚至建立年号、分封官员和王爷。只可惜在起义前被人举报，最后被清兵镇压。一些所谓的官员、王爷被诛杀，杨启隆自己跑路了。

康熙16年，蔡寅集结一些地痞和明朝旧部，以“朱三太子”之名反清复明。他还联系了台湾郑氏子孙，建立白头军。起义后攻城略地，占据有些县城，但怎么会是清军的对手，“白头军”被击溃，蔡寅被处决。

同年六月，河南又发生“朱三太子”案，但很快被清政府镇压。全国各地都冒出不少“朱三太子”，甚至还有和尚冒充朱三太子。

多次发生的“朱三太子案”，弄得清政府痛苦不堪。不打还担心他们做大，打有扑灭不尽。康熙帝终于下定决心，全国范伟内大肆搜捕前朝皇室，连一些被牵连的人也一并被斩杀。一些官员为政绩，又导演出一些“朱三太子”，导致上千人冤死。

这些年清朝处决了很多“朱三太子”，但有没有真人还不好说。其中有个人叫王士元，被说成是朱三太子。他是一位教书先生，也没有谋反的举动，但还是被抓入牢中。

据他描述，自己在11岁时被崇祯的宦官藏在民间，但宦官担心受牵连，就把他交给一个李姓流寇手中，之后又交给一个毛姓将军，最后遇到一个王姓的明朝官员，收其为养子，取名“王士元”。

康熙帝深受“朱三太子案”的搅扰，看着这位七十多岁的老者也不愿放过。于是下令诛杀王士元全族人，手段极其狠辣。但王士元真的是朱三太子吗？也未可知。

远赴逃亡的“朱三太子”，整整折磨了清朝三代皇帝，也成了清朝的奇闻异事。最后哪个是真的朱三太子，似乎已经不那么重要了。反清之人用他的名号起义，清政府深受其害，不放过任何一个“朱三太子”。