亲外甥李文忠被处死，也是朱元璋改制的开始，监查制度无前例
洪武帝显然在14世80年代越来越从他的高级追随着中间发现不顺心的纪律问题，经过了10年时间他蛮橫地消灭了他们。他的外甥李文忠(1339—1384年)在1370年被封以公爵，年俸高得不同寻常，为3000担禄米，1383年被任命为国子监祭酒。他的这一项特殊任命是要恢复学校中的纪律，因为皇帝得岀结论，认为纪律已经极端松弛了。李文忠是皇帝至亲中唯一有点学识的人，曾在1358年至1362年从浙江金华学者胡翰(1307—1381年)和范祖干学习过。但是从很早时候起，他对他舅父的忠诚就有些不肯定。可是，皇帝还是把他安放在极重要的位置上。
1383年，当他被要求兼任国子监祭酒时，他已经做了大都督。但是到了这一年年终之时，他开始越来越对皇帝持批评态度，并纠集了一些认为他有可能成为皇帝而追随他的人。当刑部尚书洛阳人开济被捕入狱，而其侍郎和主事在1384年1月被处死时，这可能给李文忠发出了一个警告。开济在1381年中式明经科后就登上了仕途。他是个极有才干的行政官员。根据史籍所载，他擅长搞钱粮和刑名事务，也善于搞大项目公共工程。但是在1383年秋开济被弹劾，说他恶意而残忍地利用刑法制度加害他的敌人。他曾经很得皇帝的信任；1382年，正是开济给在南京举行的特科考试制定了程式。
但是在1384年，一位御史指责他窜改臣下上报的奏章以诱使皇帝做岀错误判断。这些指控马上导致他的垮台。李文忠也在1384年因为失宠而倒台，并在可疑的情况下死去。据正史中李文忠的传记的作者所说，他曾因皇帝在处理重要政治事务时过于依赖宦官方面，以及因在处死官员和处理其他事项方面批评过皇帝。或许正是这种批评引起了他的事变，虽然他的批评比起从前其他学者们所提出的批评似乎要和缓一些。史料还提出，皇帝可能命令处死李文忠的许多随从者，因为显然他已在他的京师府第中网罗了一大批党羽。
李文忠的指责可能是有事实根据的，因为洪武帝本人最后认定宦官已经取得过大的权势。1384年7月，他下令禁止宦官干政。可是，作为协助皇帝处理政府文牍的官员，他们是不可或缺的，并且其地位也越来越重要尽管皇帝声称要尊重正统做法和力求处事平允，但还是有人批评他方法粗暴。1384年，江西泰和学者萧岐(1325-1396年)呈上了一份长篇奏疏谈为政的10个要点，在奏疏中他指出皇帝用刑过重。他要求终止这种专断和不正规的刑罚，并且敦促应按照法典来量刑。
1385年，另一位江西新淦的学者练子宁(1402年死)也提出了同样是指责性的和直率的批评。“练子宁在1385年通过了会试，然后进入殿试。他在殿试文章中说，帝国的人才资源是有限的，因此皇帝不应该以琐琐细故便置大批人于死地。他明显地暗示，这在事实上就是皇帝在此时的所作所为。两人都没有因为公开批评皇帝的粗暴统治而受到处罚在这些谏议之后不久，皇帝严惩了户部侍郎郭桓。他于1385年5月被处死，因为他被指控贪污了700万担谷子。数以百计的人受到连累，并被处死这些人包括许多高级官员，例如礼部和刑部尚书以及兵部和工部侍郎。
1385年11月，皇帝透露郭桓贪污的数字要多得多。皇帝的《大诰》宣称，郭桓实际上贪污了2400万担谷米；原先之所以只宣布700万担，是因为怕人们不相信这个实际数字。皇帝指出，腐化的仓库吏员使得这一贪污案件成为可能，他们均已被置之重典。到了后来，在1387年发布的《大诰三编》中皇帝也承认，他曾经使用过下列大刑，诸如断指、刖足、髡首和黥面等。同时他还承认，“无数之人”已被杀死。