崇祯登基后，魏忠贤失去了靠山天启皇帝的庇护，他的心里隐隐觉得不安，但是让他始料未及的是崇祯皇帝下手比他预计得要早了一点，崇祯皇帝在处理魏忠贤一事上显得很有手段，也隐隐有明君之风。

崇祯先从魏忠贤集团的外围入手，就像挖掉一颗大树之前先挖掉它下面的泥土，崇祯皇帝登基一个月之后就将魏忠贤的对食、天启皇帝的乳母客氏赶出宫去，“九月时，命奉圣夫人客氏出外宅”，这样魏忠贤在宫内就失去了一个得力助手。

接下来倒霉的是魏的爪牙陆万龄、崔呈秀等人。在魏忠贤如日中天时谄媚魏的监生陆万龄，遭人弹劾后被崇祯皇帝下旨打入大狱；而魏忠贤在军方的代表，兵部尚书兼左都御史崔呈秀则被崇祯皇帝下诏查办，崔呈秀畏罪自杀而死。

在魏忠贤的爪牙慢慢被拔掉之后，崇祯皇帝准备开始对魏忠贤下手了。天启八年（1627年）十月二十五日，此时距离崇祯皇帝登基才刚刚两个月，吏部主事钱元悫上疏弹劾魏忠贤，在钱的奏疏中，钱将魏忠贤与历史上的权奸们——王莽、梁冀、赵高、桓温等人相提并论，指出魏的狼子野心，但是此时崇祯并没有轻举妄动只说知道了，但是无疑已经起到了敲山震虎的作用，魏和魏的党羽都已经开始恐慌了。

第二天，十月二十六日，嘉兴县贡生钱嘉征参魏忠贤十条大罪，并帝、蔑后、弄兵、无君、克剥、无圣、滥爵、滥冒武功、建生祠、通关节。这十条大罪每一条都切中魏忠贤的要害，尤其前几条每一条都可以要了魏忠贤的命。魏忠贤得知后向崇祯皇帝哭诉，崇祯命人一一宣读，听完之后魏忠贤觉得大势已去，从无人敢参他，到两天之内连续两道奏疏弹劾，要说没有准备都没有人相信。

十一月，魏忠贤再也支撑不下去了，于是上疏辞去司礼监和东厂太监的职务，而崇祯则顺势接受并批准其退休，而之后魏忠贤又上疏辞去爵位，并将田宅等财物上交，但是树倒猢狲散，失势的魏忠贤马上受到了更多的弹劾。

随着魏的罪责不断被揭发，崇祯皇帝越来越震怒，罪责将其发配到凤阳皇陵让其为朱元璋的祖宗看守皇陵，但是被发配的魏忠贤却仍然十分嚣张，他装了四十箱珍宝，还带领这豢养的几百个家丁，一路护送前往凤阳，根本不像一个被发配的犯人，而向是一个搬家的富豪。

得知消息之后的崇祯皇帝愈发的震怒，于是下旨将其捉拿回京。兵部接到旨意后，立即派人前去追赶已经出京的魏忠贤，最终在河北省阜城县追上魏忠贤。而在之前魏忠贤已经得到密报，知道崇祯皇帝已经派人前来捉拿他，知道自己无处可逃的魏忠贤只得选择上吊自杀，一代权阉就这样结束了自己的生命。

崇祯皇帝虽然是亡国之君，性格上有着优柔寡断和急躁的缺陷，但是在继位之初处理魏忠贤的事情中却表现出了一个明君的智慧，眼看大明中兴有望，但是在之后的十几年中，崇祯皇帝的缺陷不断的暴露，最终导致大明王朝积重难返，走向了灭亡。