汉灵帝光和三年（公元180年），汉灵帝发布了一道旨在选拔人才的诏书，决定从《尚书》《诗经》《春秋左氏传》《春秋谷梁传》四部经典中选拔四位精通此学问的人才，进入朝廷担任议郎。汉灵帝认为，只要能从这几部经典中选出有才之人担任朝廷职务，就能改变当时东汉王朝的颓势。正是由于这道诏书的发布，为曹操提供了东山再起的机会。于是，曹操来到了东汉的首都洛阳，顺利进入朝廷担任议郎。据《后汉书·百官志》记载，议郎的职责是掌顾问应对，即主要负责向朝廷提供咨询和意见。

虽然议郎的职位并不高，仅为一个年俸六百石的小官，但议郎却有言论自由的权利，提出意见即使错误也不受惩罚。这对于年轻气盛的曹操来说，简直是个理想的岗位。有一次，曹操举报了一个重大的贪污案件，虽然这一案件引起了汉灵帝的重视，但最终处理结果却让曹操彻底失望。东汉末年的官场腐败，尤以四川的官员为甚，当时流传着一句讽刺四川官员贪污腐败的儿歌：虏来尚可，尹来杀我，意思是即便外族侵略，尚可忍受，但四川的尹大人实在是令百姓无法忍受。

为了应对这件事，汉灵帝立即下令：凡是儿歌中提到的官员，肯定不是什么好官，列出名单，全部罢免，并且将他们关入大牢！为此，汉灵帝特意选择了两位高官负责调查此事，一位是太尉，另一位是司空。然而，令曹操失望的是，这两位高官本身就是腐败的官员，他们通过收受贿赂放过了有钱的官员，而将那些没有钱财背景的官员列入名单，借此捞取私利。曹操得知后，与陈耽联合向汉灵帝揭发了太尉和司空的腐败行为。

尽管汉灵帝非常重视这一举报，但最终对太尉和司空的惩罚仅限于口头批评，未做实质性处理。这使得曹操和陈耽得罪了这两位大官。于是，太尉和司空展开了报复，首先将陈耽作为目标，最终陈耽被诬陷入狱，不久后在狱中死去。而曹操只是一个小官，太尉和司空并未对他进行报复，因此他侥幸逃过一劫。但此事让曹操彻底对汉灵帝失去了信心，开始萌生辞官离开的念头。

然而，没等曹操离开朝廷，公元184年，历史上著名的黄巾起义爆发了。汉灵帝急忙派遣皇甫嵩和朱儁等人带领大军镇压起义，曹操作为议郎也被临时任命为骑都尉。黄巾起义平息后，朝廷开始为镇压起义的将士颁发赏赐，曹操被任命为济南国的国相。那时，曹操年仅三十岁。

当上济南国国相后，曹操做的第一件事就是拆除济南境内的六百多座祠堂庙宇。然而，这个命令并没有得到执行，许多祠堂庙宇依然存在。据说前几任国相曾也下令拆除这些祠堂庙宇，但祠堂却越建越多，背后的利益关系网也相当复杂。曹操意识到，要想拆掉这些庙宇，必须先整顿济南的官场，清除背后的腐败势力。他决定大规模更换地方官员，下达命令罢免济南80%的地方官员，并重新任命新的官员。很快，这一改革带来了显著的成效，祠堂庙宇终于被拆除，而腐败的宦官集团也逐渐浮出水面。

当曹操意识到，整个腐败问题与济南的宦官集团有关时，他担心他们不会善罢甘休，便主动提出辞职并返回家乡。曹操本打算隐居于谯县，谢绝一切社交。然而，曹操的父亲曹嵩和好友袁绍不愿让他彻底隐退，最终促使他重新进入了朝廷。不到两年，曹操重新回到洛阳，成为了典军校尉。这一次，他背后有强大的支持力量，包括以大将军何进为首的外戚集团、以司隶校尉袁绍为首的士族集团和以太尉曹嵩为首的曹氏家族，有了这些人的支持，曹操终于不再孤立无援。

然而，命运却给了曹操一次惨痛的打击。公元189年，汉灵帝去世，年仅16岁的刘辩继位，史称汉少帝。由于汉少帝年幼，皇帝的母亲何太后代为听政，何进逐渐成为朝廷的实际掌权者。袁绍决定借助何进的力量铲除宦官集团，何进也开始支持袁绍的计划。

但在执行计划的过程中，何进与袁绍意见不合，何进甚至跑到后宫去咨询何太后。何太后担心失去宦官的帮助，因此反对杀掉所有的宦官。最终，袁绍建议何进利用兵力威胁太后同意铲除宦官。曹操听后不禁笑了出来，认为袁绍的办法太过激进，完全可以通过铲除宦官首领来解决问题，而无需调动军队。

然而，何进并没有听从曹操的意见，反而按照袁绍的建议下令调动各路军队进驻洛阳。宦官集团得知这一消息后，决定先下手为强，发动政变杀害何进。何进死后，袁绍改变计划，带领残余部队与宦官集团展开激战，结果两大政治派系爆发了激烈的冲突。最终，董卓借机率领部队进入洛阳，废除了刚刚继位的汉少帝，自己掌握了东汉实权。

董卓上台后开始倒行逆施，曹操决定不再向他臣服。在《三国演义》里，曾有曹操刺杀董卓的故事。曹操拿着七星宝刀假装拜访董卓，想趁机刺杀他。但董卓恰好醒来，曹操机智地把七星宝刀献给了董卓。随即，曹操逃出了洛阳，而董卓则开始全国搜捕他。

根据史实，曹操确实逃亡了，但《三国演义》中对事件的描写具有文学色彩。在真正的历史中，曹操与吕伯奢的关系复杂且充满谜团。有一段故事称，曹操在吕伯奢家里住下时，误听到邻居的磨刀声，以为他们要加害自己，便出手杀害了吕伯奢一家。历史上的记载却各不相同，有的说是出于自卫，有的则说曹操因多疑而主动杀人。

不管是哪种版本，吕伯奢和曹操的父亲曹嵩是结拜兄弟，曹操本不应与吕伯奢的家人发生冲突。而历史的记载也留下了不少疑问，特别是在《三国志》及其他史籍中，这段事件被有意忽略或描述得模糊不清。