秦琼最初是隋朝的将领，担任过护儿部的部属，后来跟随张须陀镇压反隋起义。张须陀战败后，秦琼归属瓦岗军，成为李密的部下，担任帐内的骠骑。然而，李密的瓦岗军也最终败给了王世充，秦琼随之被任命为龙骧大将军。到了武德二年（619年），秦琼投奔唐朝，归附李渊。李渊让他进入秦王府，之后他便一直效忠于李世民。秦琼参加了镇压窦建德和刘黑闼起义等战役，并因功封为翼国公。

到了武德九年（626年），秦琼参与了著名的玄武门兵变，协助李世民成功夺得帝位，随即被任命为左武卫大将军。直到贞观十二年（638年），秦琼因病去世，追赠徐州都督，并陪葬于昭陵（现位于陕西省礼泉县境内）。然而，尽管秦琼在战场上屡立战功，深得李世民的信任，为什么他在凌烟阁二十四功臣的排名中却排在了最后呢？

首先，秦琼并不是一开始就跟随李世民的，他是在半路投奔唐朝的。在古代，皇帝册封开国功臣时，非常重视他们从一开始便忠诚跟随自己的时间。一般来说，跟随得越早、立下战功越多的人，会获得更高的地位。例如西汉时期，萧何之所以在开国功臣中排名第一，便是因为他在刘邦起义初期就一直在刘邦身边，帮助他打下了江山。对于李世民来说，只有在晋阳起兵时就跟随他的人，才能算得上是元老，比如长孙无忌、房玄龄、杜如晦等人，他们在凌烟阁二十四功臣中的排名也因此靠前。而秦琼在归附唐朝之前，曾效力于隋朝、瓦岗军和王世充等势力，资历相对较浅，因此他的排名较低。

其次，秦琼晚年身体状况不佳，错过了继续立功的机会。在唐朝统一天下后，秦琼的健康状况逐渐恶化。每当生病时，他常常对人说：我一生戎马，参加过大小战斗二百余场，屡次负伤，流的血足足有几斛，怎么能不生病呢？在李世民平定天下的过程中，秦琼凭借出色的武艺和勇猛的表现，屡立战功。例如，在虎牢关之战中，秦琼和程咬金等人身先士卒，率领少数精锐击溃窦建德的大军，将其十万大军直接穿透。尽管他的勇武不亚于程咬金和尉迟敬德等名将，但在玄武门之变后，秦琼因病始终未能再上战场。

有学者认为，无论秦琼是装病以便急流勇退，还是确实因病无法再战，这都影响了他再次立功的机会。与此相对的是，李靖和徐懋功等将领，虽然不是李世民的亲信，但在秦琼生病后，他们通过新的战功获得了升职，排名因此超越了秦琼。 最后，关于玄武门之变，秦琼虽然也参与了，但并未在其中发挥突出作用。玄武门之变发生在公元626年7月2日，当时李世民在玄武门设伏兵，成功击杀了李建成，而李世民自己因坐骑受惊摔下马，差点被李元吉勒死，幸好尉迟恭及时赶到，将李世民救下。尉迟恭因此成为玄武门之变的最大功臣。虽然秦琼也参与了这一事件，但在具体战斗中并没有太多出彩的表现。 因此，尽管秦琼为唐朝的建立立下了赫赫战功，深得李世民的信任，但由于以上种种原因，最终导致他在凌烟阁二十四功臣中的排名排在最后。