1946年12月，晋察冀军区司令员聂荣臻向中央报告，请求保留原属于晋冀鲁豫军区的第一纵队在晋察冀军区。聂荣臻之所以提出这一要求，实际上是因为当时晋察冀军区的野战部队总共只有4个纵队，若再减少一个，晋察冀军区的战斗力将大大下降，战斗也难以继续进行。然而，中央面临两难的局面，一方面要考虑晋察冀军区的特殊情况，另一方面，晋冀鲁豫军区的任务也同样繁重。经过反复权衡，中央做出了折中的决定：一纵虽然还是留给了晋冀鲁豫军区，但原一纵的司令员杨得志则被保留下来，继续留在晋察冀军区。

半年后，晋察冀军区对野战军指挥结构进行了重组，杨得志被任命为晋察冀野战军司令员，罗瑞卿担任政委。1948年5月，中央决定将晋察冀军区和晋冀鲁豫军区合并，成立了新的华北军区，划分为华北第二、第三兵团，杨得志和杨成武分别成为兵团的司令员。与此同时，中央也决定根据战局发展，将各大解放区的部队抽调到东北，杨得志原本也计划带领一纵去东北，但由于国民党军队的进攻导致华北和东北的联系被切断，杨得志的部队最终留在了华北继续作战。

1945年11月，晋察冀军区的野战部队有9个纵队，但通过裁军后只剩下4个主力纵队，裁员工作做得非常彻底，部队也因此大幅削弱。尽管如此，晋察冀军区仍然具备一定的作战能力，拥有地方部队和大量民兵。然而，1946年对于晋察冀军区来说是极为艰难的一年。中央要求进行裁军，晋察冀军区的九个主力纵队被大幅缩减，剩下的5万余人兵力显得十分紧张。

这一年，晋察冀军区的战绩也并不理想。比如，7月的“大同集宁战役”、8月的“承德保卫战”、9月的“张家口保卫战”都以失败告终。尤其是张家口一战的失败，导致了晋察冀根据地被割裂，冀热辽军区基本上与晋察冀军区脱节。由于战局不利，中央决定改变战略，华北的军事任务逐步向东北方向转移。

在这一过程中，杨得志虽然是部队的指挥员，但他并未过多提及自己在晋察冀军区的经历。他曾在回忆录中提到，部队的士气低落，大家对战果不满意，很多战斗最终只能算是“顶牛”——始终未能形成有效的战术突破。比如，1946年10月，国民党军占领张家口后继续深入我根据地，企图割裂晋察冀与东北的联系，聂荣臻决定在易满地区展开反击。这场战斗虽然打破了敌人的进攻计划，但由于缺乏对敌全局的把握，部队并未能够有效包围敌人大部队，许多敌人成功撤退。

进入1947年，国民党军再次攻占易县，晋察冀军区原本已经在准备围歼敌人，但由于协调不力，部分部队擅自行动，未能与其他部队进行有效配合，最终错过了围歼敌人的机会。这暴露出晋察冀军区在打大兵团作战时，缺乏充分的协同配合。

与此同时，晋察冀军区的指挥体制存在问题。当时没有专门的野战军指挥机构，军区负责作战指挥，但同时也肩负着地方建设和后勤保障任务，这大大分散了军区的精力，影响了作战效率。

1947年3月，中共中央在陕西清涧召开会议，决定重新审视华北的战略布局，毛泽东、周恩来和任弼时继续留在陕北指挥全国作战，朱德和刘少奇组成工委东渡黄河到华北。在这次会议上，朱德提出要改变华北军区的作战方式，尤其是要集中兵力，打大规模的歼灭战，彻底打破敌人的防线。

朱德的军事指示明确了未来的作战方向，并改革了军区的组织结构，重新设立了专门的野战军指挥机构，专注于军事指挥，后勤由军区负责。而聂荣臻则推荐杨得志担任野战军司令员。杨得志的军事能力得到了高度认可，他开始专注于指挥战斗，避免了之前那些散漫的“顶牛”式战斗。

到了1947年6月，晋察冀野战军指挥机构重新建立，杨得志担任司令员，罗瑞卿任政委，杨成武任第二政委。杨得志的到来带来了作战上的新气象，他逐步落实毛主席的“你打你的，我打我的”战略战术，充分发挥了部队的作战能力。

同年9月，杨得志指挥晋察冀野战军在保定北部发动进攻，以一部兵力牵制敌军16军，主力集中打击94军。经过多次激烈交锋，杨得志采取了机动战术，以极快的速度调动部队成功包围敌人主力。特别是在清风店战役中，杨得志通过出奇制胜的战略，使敌军措手不及，最终大获全胜。随着战局的变化，晋察冀军区的军事局势开始逆转，原本的颓势逐渐消失，部队的战斗力恢复了。

清风店战役成为晋察冀军区的一次重要胜利，也标志着华北战场局势的好转。从此，晋察冀军区进入了一个全新的战斗阶段，战果越来越显著。