1959年，总后勤部的领导班子进行了调整，邱会作被任命为总后勤部长。随着职务的提升，他在军中的地位逐渐上升，但也随之出现了新的矛盾：究竟谁来主导工作。

当时，邱会作的军衔是中将，而李聚奎则是上将。按照通常的规矩，军衔高的人往往在工作中更具主导权，这不仅体现军功，也体现资历。在军队中，真正拥有最终决策权的往往是党委书记。邱会作刚到总后勤任职时，党委书记的人选并没有明确下来。由于李聚奎资历更深、军衔更高，一段时间内便由他主持党委工作，这在当时看来也算顺理成章。

然而，情况出现了变化。军委成立了一个“军委办公会议”，成员包括罗瑞卿、杨成武、谭政、萧华、萧向荣和邱会作。他们分别负责总参、总政、总后勤以及军委办公厅的事务，主要处理军委的日常工作，相当于军队的核心决策层。邱会作因此直接接触到许多核心信息和工作安排，而在党委书记未定的情况下，由李聚奎主持会议，就显得有些尴尬和不协调。

渐渐地，内部形成了两种声音：一方认为李聚奎应当担任党委书记，另一方则支持邱会作。但这个职位并不是通过投票选出的，而是由上级决定，所以支持率并不能左右结果。最终，在一次军委扩大会议上，明确由邱会作负责党委工作。这就导致了一个特殊的局面——军衔较低的邱会作，成了军衔更高的李聚奎的领导。

此后，两人在工作中难免出现矛盾。比如，有一次因地方困难，总后勤准备支援一些物资给地方，但邱会作得知后立刻下令追回，坚称这些是战备物资，不容挪用。这样的决断让李聚奎难以认同，双方因此产生分歧。

1966年，李聚奎被调离总后勤，转任高等军事学院院长。表面上看是一场正常的人事安排，但背后多少与两人的矛盾有关。据邱会作后来回忆，李聚奎常常跑到总政治部去“告状”，内容并不严重，却总给人添堵。为了避免内部摩擦，也可能是为了让邱会作更顺利开展工作，上级最终将李聚奎调离。

李聚奎走后，新的搭档是一位中将。这时，邱会作在总后勤部的影响力已经十分稳固，他在部门中的主导地位也彻底确立下来。