在清朝期间，总督和巡抚这两个官职都是省级行政的最高领导者。尽管二者的职责有一定重叠，然而，究竟他们的权力如何分工？谁才是真正的一省最高行政长官呢？

清朝采用九品十八阶的官制，在这一复杂的官职体系中，总督和巡抚的级别设定各有不同。总督的官阶起初为正二品，通常来说，还会被授予兵部尚书或都察院右都御史的荣衔，这样就有机会晋升至从一品。而少数总督如果被授予大学士的荣誉，则可以达到正一品的高位。相比之下，巡抚的官阶则是从二品，在绝大多数情况下，巡抚会被授予兵部侍郎和都察院右副都御史的职务，进而提升为正二品；如果还附加了提督的荣衔，则可以达到从一品的层次。单从官阶来看，总督无疑高于巡抚一级，但二者并不是上下属的关系，彼此都拥有独立的奏事权。

接下来，我们需要深入了解总督与巡抚的主要职责。总督的职能大致可以归纳为八大项，包括：向朝廷上报奏折和请求的权力、制定和完善相关制度的权力、监督和任免地方官员的权限、对官员的监督责任、节制绿营部队的权力、监理藩库的权力、参与司法裁判的职责，以及负责对外交涉的权力等。而巡抚的职责相对更为集中，主要有六个方面，包括：监督关税、厘金及盐政与漕运的管理，处理刑名案件，监临乡试，负责文官的选拔与考核，以及部分军务的管理。综合来看，总督与巡抚的职权在某些事务上是不少重叠的。

在清朝的省一级，除了总督和巡抚外，还有布政使和按察使等衙署职务。那么究竟哪个官署才是省内最高的行政机关呢？总督是负责管理一省或多个省的行政、经济以及军事事务，其职责尤以军事管理为重，且其管理范围并不局限于单一省份，因此，从这一点来看，总督并不能被视为一省最高行政长官。布政使与巡抚同样为从二品，负责管理一省的财政事务；而按察使则为正三品，主管刑名事务。因此，布政使和按察使无论如何都不能被认定为一省的最高官署。

在这一背景下，巡抚负责“于一省文职无所不统”，并且每个省都设有一名巡抚；而像直隶、四川和甘肃等地，虽然只设有总督而没有巡抚，但在这些情况下，总督必须兼任巡抚的职责，以符合清朝的规制。因此，可以明确指出，清朝的行政体系是以巡抚作为一省最高行政官署的主体，这意味着巡抚确实是一个省的最高行政长官。