在山海关之战惨败后，李自成带领他的农民军于顺治元年（1644年）四月三十日，从阜成门悄然撤离北京。他决定分道而行，分成两路向西安退去。此时的李自成农民军虽然遭遇挫折，但力量依然可观，尤其是在太原，由陈永福带领的部队人数不下四万，延安和绥德地区则由李过与郝摇旗指挥的精锐，兵力甚至上升到六万之众。

李自成在西安务求稳定，因此他精心制定了后续的军事计划，意图向南攻取汉中，西征甘肃，直达兰州，力求巩固关中区域以作为抵抗清军的坚强后盾。顺治元年八九月间，李自成的农民军几次成功击退了清军的进攻，再加上险峻的黄河与潼关天险，设想拥有足够的力量抵御清军的进一步侵扰，扩大西安的根据地。

然而即便农民军战斗力仍显得雄厚，他们为何竟会在西安短暂停留后选择继续南撤呢？首先，自李岩遭到牛金星的诬陷而被杀、刘宗敏在通州之战中重伤后，农民军的两大骨干接连离去，使军队的士气大受打击。此外，李自成本身也身患重病，精力不济，导致内部出现文武不和、士气低落等问题，军队的战斗力因此大幅下降。

其次，面对愈加不利的局势，原本倒戈于李自成的唐通，在顺治元年九月选择了投降清朝并献出了宁武关，令李自成的农民军陷入被动。唐通不仅投降，还引导清军攻打李自成的故乡陕西米脂县，造成大量农民军家属的惨死，甚至挖掘了李自成的祖坟，这一背叛行为使得农民军内部人人心惶惶，恐慌不已。

再者，在顺治元年十月，清朝的阿济格已经被封为和硕英亲王、靖远大将军，开始他的一系列军事行动，他率领满洲八旗及汉军吴三桂、尚可喜，从大同出发，迅速挺进陕北，并直捣西安。同时，豫亲王多铎也集结满蒙八旗和汉军孔有德、耿仲明从陕西东面进攻，彼时两支清军交叉包围，使李自成农民军面临四面楚歌的境地，难以互相支援。

尽管在潼关，农民军与清军展开了殊死之战，然而付出的惨痛代价远比清军更为沉重，使得原本就脆弱的军心受到更大的打击。最终在顺治二年（1645年）之际，在潼关失守后，面对清军的连续追击，李自成虽然仍掌握着庞大的军队，却被迫放弃西安，经过蓝田与商州，选择从武关进入襄阳。

到了顺治二年四月，农民军在江西九江与清军进行最后一场决战，然而他们不幸再度败北。此后，李自成的军队节节败退，转向湖南方向。在顺治二年五月初，农民军逐渐退至湖北通山县的九宫山区。十几天后，再次受到逼迫时，李自成的身影便不再出现在队伍之中。他的死也成为历史上的一个悬案，至今引发无数猜测与讨论。