天京事变后，太平天国的统一指挥体系遭到毁灭性的打击，杨秀清被杀，东王府的成员也几乎被阉割殆尽。然而，恰恰是这一混乱局面带来了新的转机。李秀成和陈玉成等一线将领，通过协商制定作战计划，最大限度发挥了主观能动性和灵活性，这一方式比原来集权于杨秀清一人手中的指挥更高效。他们的军事才干和士气使得太平军的战斗力得到快速恢复。

不仅如此，更重要的是，太平天国很多前期的政策赢得了广大民众的支持。石达开等领导实施的基层政策，在安徽、江西等地取得了显著成效。这些政策在一定程度上收获了民心，使得太平天国即使在经历了内部的剧变之后，仍能够在基层保持稳定和运转。这些同情和支持，让太平天国的军队得到了必要的兵员补充，壮大了力量。

为了抵抗清军，太平天国也逐渐改变了策略，与其他反清起义军，如捻军，形成了更为紧密的合作关系。这种合作大大增强了反清斗争的力量，捻军在各地的起义削弱了清军的战斗力，使得太平天国在一定时期内能够在军事上保持较高的威胁。大清的军事力量被分散，无法形成对太平天国绝对的压制。

然而这样的一切局面在后来发生了转变。清军在被太平天国击败后，重新审视了自己的战略。大清意识到以“经制兵”不能够完全依靠，于是加强了对湘军的利用，并把重任交给了曾国藩。随着清廷的政策调整，军事力量的集中，清军逐步重新获得了优势。同时，太平天国内部因为利益分配的问题，再次出现分裂，指挥系统的效率再次下降。

随着天京事变的影响逐渐扩大，太平天国统治区内出现了新的问题。后期太平天国的治理能力日益不足，管理机构的内部矛盾和腐败问题严重，加剧了统治的困难。这种情况严重削弱了太平天国民众对其的信任和支持，使得太平天国的统治基础不断动摇。

另外，清军在战争后期略有收敛，并且采取了一些安抚民众的措施。例如降低农业赋税，缓和与人民之间的矛盾。这些变化使得清廷在一定程度上获得了民众的理解和支持，而太平天国反而面临着民众反对的局面。这对刚刚经历天京事变的太平天国来说，无疑是雪上加霜。

总而言之，天京事变的确对太平天国造成了极大的伤害，但在多方面因素的作用下，太平天国在一个短暂的时期内得以重振。但由于太平天国统治的缺陷，其无法长期维持这种恢复的局面，最终随着清军战略调整和内部治理的不足，太平天国终被清廷所灭。