朱元璋杀了他的侄子朱文正，原因是多方面的：

1. 朱文正自身行为不端：

• 放纵部将违法乱纪：在洪都保卫战之后，朱元璋论功行赏时暂时没有立刻封赏朱文正，朱文正因此心怀不满，开始放纵自己及部将的行为。他纵容部将掠夺民众钱财、强抢他人之妻，甚至杀人全家，这些恶劣行径严重违反了朱元璋所强调的军纪和法律，极大地损害了朱元璋军队的形象和统治基础。
• 公然违抗朱元璋的禁令：朱元璋严禁民众去张士诚的统治区买盐，朱文正却公然违抗，特意批文派人前往买盐，这种行为是对朱元璋权威的直接挑战，让朱元璋感到自己的命令无法得到有效执行。
• 试图离间朱元璋与大将的关系：朱文正还曾诬陷徐达有叛意，试图在朱元璋的阵营中制造矛盾和混乱。徐达是朱元璋麾下的重要大将，对朱元璋忠心耿耿，朱文正的这种行为不仅是对徐达的污蔑，更是对朱元璋统治集团内部团结的破坏。

1. 朱文正有谋逆的嫌疑：朱文正的种种过分行为引起了朱元璋的警觉，后来有人告发朱文正有异心，这对于朱元璋来说是绝对不能容忍的。朱元璋出身贫寒，历经艰难才打下江山，对于权力的掌控和忠诚的要求极高，任何可能威胁到他统治的行为都会被视为严重的罪行。
2. 朱元璋维护统治的需要：朱元璋建立明朝后，需要树立自己的权威，加强对国家的统治。朱文正的行为已经严重影响到了朱元璋的统治秩序和权威，如果不对他进行严厉的惩罚，可能会引起其他将领和大臣的效仿，从而导致国家的混乱。因此，朱元璋不得不对朱文正采取极端的措施，以维护自己的统治。

总的来说，朱文正虽然为朱元璋立下大功，但他的行为触碰到了朱元璋的底线，加上当时的政治环境和朱元璋维护统治的需要，最终导致了他的悲惨结局。