《抱朴子》晋葛洪(283-364)撰。葛洪字稚川，丹阳句容(今江苏句容)人。书成于东晋南渡之后。内篇二十卷，外篇五十卷。葛洪自称内篇言神仙、方药、鬼怪变化、养生延年、禳邪祛祸之事，属道家；外篇言人间得失、世事臧否，属儒家。葛洪家世居江南，历西晋又南渡，思想敏锐开阔。

他在外篇的议论中，包含不少关于孙吴、西晋及东晋社会、文化、思想方面第一手史料。内篇则是最早的道教典籍。内篇部分有王明《抱朴子內篇校释》。《真诰》梁陶弘景(456-536)撰。陶弘景字通明，丹阳秣陵(今江苏南京)人。本书分为运象、甄命授、协昌期、稽神枢、阐幽微、握真辅、翼真检七篇，共二十卷。书中部分袭自佛教《四十二章经》，篇题模仿纬书而主要内容是号称仙人启示的经文，由弘景等录写整理加注而成，亦即当时道经形成的方式。

作为最早道经及遣教原始史料，价值甚高，同时书中也包含不少一般史料。如稽神枢第四庐江潜山中有学道者条注，“大胡乱者是刘刘聪时也，石勒为小胡”。握真辅第二八月三日夕条注，“谓如今徇萧卖物人也。”翼真检第一“唯书历日贸粮，以续气命”。

又如运象篇第四¨芝草不必得，汝亦不能来。汝来当可得，芝草与汝食。”注云，“此两得及来并戏作吴音”，保存了音韵学史上有意义的资料《冥通记》梁陶弘景撰。四卷，记弘景弟子周子良逐日接受仙人启示的经过及其对话内容，提供了有关道家修行场所及方式的史料。书中包含一些社会风俗资料，如卷—“永嘉老姥髻”下注云，“此髻法宽根垂至额也”修道者睡时不裸身露髻，及周氏信仰“俗神”帛家道等。

《出三藏记集》梁僧祐(45-518)撰，是我国现存最早的汉译佛经目录。共十五卷，第一卷叙述译经起源，第二至五卷记录历代出(翻译)经目录，第六至十二卷收集诸经序文及后记一百二十篇。最后三卷为译经人的列传，自后汉至南齐，凡外国二十二人，中国十人，是最早的僧人传记。

《高僧传》梁慧皎(497-554)撰。十四卷，分为十门：译经三卷，义解五卷，神异二卷，习禅、明律共一卷，亡身、诵经共一卷，兴福、经师、唱导共一卷，叙目一卷。收录后汉至梁初中外僧人二百五十七人，附件者二百余人。本书集三国两晋南朝僧人传记之大成，但北方僧人材料奇缺。

唐道宣(59δ-667)撰《续高僧传》三十卷，分类及体制与慧皎书大致相同。正传所收四百八十五人中，有三国两晋南北朝僧人三百四十二人，而北朝占二百五十一人，可以补慧皎僧传之不足。只是其中隋朝僧人远比魏齐周朝为多。《比丘尼传》梁宝唱撰，四卷。序称“起晋升平(357-361)，讫梁天监(502-519)，凡六十五人”。卷一晋十三人，卷二宋二十三人，卷三齐十五人，卷四梁十四人。

《弘明集》梁僧祐编。十四卷，辑录后汉牟融《理惑论》以后东晋南朝各代有关佛教的文献，包括佛道两家互相辩驳议论，沙门应否向王者致敬的讨论，沙汰僧人诏敕等。除教义、思想上的讨论辩难为宗教史、思想史资料外，亦有一般可补史缺的材料。如宗炳答何衡阳书称“管幼安风夜泛海，同闾皆没”。何尚之答宋文帝赞扬佛教事说文帝自称“吾少不读经，比复无暇，三世因果，未辨致怀。而复不敢立异者，正以前达及卿辈时秀率皆敬信故也习凿齿与释道安书言晋明帝“手画如未之容”。

唐道宣辑《广弘明集》二十卷，分为归正、辨惑、佛德、法乂、僧行、慈济、戒功、启福、悔罪、统归十篇，所收文章范围较僧祐书为广，亦包含佛教以外的三国两晋南北朝史资料。如梁阮孝绪《七录序》，为研究三国两晋南朝史学及目录学之重要材料曹植《辩道论》说眀曹操对方术之士¨诚恐斯人之徒接奷诡以欺众，行妖慝以惑人，故聚而禁之”。萧子显《讲摩诃般若经序》言运吏辄散运米与贫民，应入大辟等