自公元1206年中国北方蒙古贵族首领成吉思汗(铁木真)建立蒙古国后,蒙军与金军、夏军、宋军以及中亚、欧洲诸军的战争性质,发生了划时代的大变化,其战争规模之大,距离之远,时间之长,用间之烈超过以往任何一个历史时期。“深沉有大略,用兵如神”的成吉思汗征金前,充分利用往来蒙、金的使节、商人、官吏以及金国叛逃者,广泛搜集金国的政治、军事、经济和地理等情报。

特别是招降金国使者耶律阿海和派遣间谍札八儿出使金国行间,获得了大量金国绝密情报。他在攻宋时,又得力于投降蒙军的宋军将领,从而“察军(宋军)情伪,专务乘乱”,被后世称为“不愧为善于用间之佼佼者”。为了征西,成吉思汗派出大批间谍以商人身份出没于中亚。公元1216年,成吉思汗所派的间谍随花刺子模国商队前往讹打刺国时,被全部捕杀,成吉思汗随即远征中亚。如果没有充分的中亚诸地情报,要进行如此大规模的远征行动几无可能。

1237年,元太宗窝阔台命速不台会合拔都,率十万大军进攻欧洲。速不台和拔都派出大量商人间谍搜集到了有关欧洲一些国家宫廷及部落的内部情况,各地城市的防御;各派宗教的争斗;国与国之间的矛盾;进军道路及放牧草地等情报,对其军事行动具有重大价值。蒙军到达里海北岸时,奇卜察真人与匈牙利人组成联军抵抗,速不台派出间谍潜入匈军进行离间,奇卜察真人竟反被匈牙利人所驱杀。速不台攻陷俄罗斯基辅城后,在进军喀尔巴阡山北麓加里西亚平原时,曾将间谍搜集的情报进行整理研判,并制成一幅“敌情判断要图”。

1271年元世祖忽必烈建立了元朝。间谍与反间谍战又进入了一个新的时期,其主要表现在军事斗争、政治斗争和外交斗争三个领域之中。元军在袭捕南宋名相文天祥、策反南宋将领洪都统、诱击红巾军等军事事件中,都是由间谍提供了准确而可靠的情报后才获得成功。忽必烈曾十分慎重地说过:“宋善用间。”所以对反间谍活动也极为重视。元军先后破获多起宋军间谍案,最多时一次竟捕获上百名之多。对宋军用离间手段企图除掉有关元军猛将的间谍活动,忽必烈也一一予以明察反击,没有上当。

在政治斗争中,元代的权臣在“伺帝起居”、“间谍两宫”的高层间谍活动中十分活跃。为了侦控汉人,元廷实行了社制,对社会基层进行严密的监视。由于元代统治区域广阔,中外交流得到空前发展。大量亚洲、欧洲的商人和传教士也纷纷涌入中国,其中不乏从事间谍活动者。元廷曾先后破获了日本、安南等国从事的几起间谍大案。同时为了征战高丽、日本、安南、占城、缅甸、爪哇及中亚、欧洲诸地,也对这些地区进行了许多情报搜集活动。这些新现象标志着中国间谍活动进入了从未有过的一个新阶段:即中外外交间谍与反间谍战时期。