洪武三十年三月一日，南京贡院街上人山人海，举目无边。这一天，三年一度的会试即将揭晓，来自全国各地的举人们聚集在辕门外，焦急等待榜单的公布。下午，当官员们将名单贴出时，一时间引起了举人们的极大关注。突然间，有人高声疾呼：“榜上竟全是南方人，主考官必然是南方出身，恐怕是为了保护同乡！”这一言论立即激起了众人的不满，愤怒的情绪迅速蔓延。愈发激愤的举人们纷纷朝着榜单投掷垃圾，榜单瞬间被弄得面目全非。紧接着，他们走向主官会考的礼部门口，要求公正处理此事。

礼部官员紧急调来了锦衣卫，然而却毫无作用。南京城内的舆论风潮不可收拾，群情激愤。局势紧急，朝廷的声望岌岌可危。事态的发展引起了朱元璋的关注，他一直看重人才，洪武三年时恢复了科举考试，以选拔人才为国家服务。朱元璋命令礼部官员重新审查考卷，实际上是希望在名单中录取一定数量的北方举人，以平抑南北矛盾。主考官刘三吾，年届85，一直以正直著称。他解释说，在批改考卷时，是按照文章的质量评定的，并不知道录取的具体身份，分不清南北出身。原来，由于北方在元朝统治下，文化教育受到了很大影响，再加上元末明初时期的战乱，北方举人的文章质量远远不及南方。朱元璋也明白这一现实，但他只是想稍稍安抚一下北方人心，劝告刘三吾放宽一些标准。然而，由于刘三吾生性正直，坚决不肯妥协。

朱元璋无奈之下，撤换了刘三吾的职务，派翰林院张信主持复核全部试卷。经过仔细复核，张信也得出了与刘三吾相似的结论，即南方最后一名入选的举人的文章也比北方举人更为出色。这实际上是在证实刘三吾的评卷结果，并未发现任何舞弊。然而，这一审查过程中，有人上报称刘三吾与张信串通一气，刻意呈献差劲的卷子给皇帝。朱元璋大怒，加上审卷结果超出意料，感觉自己面子无光，遂下令将张信和刘三吾缉拿入狱，进行拷问。

在明太祖的授意下，张信等人被处以凌迟处死，刘三吾因年老被发配充军。与此同时，一部分上榜的举人也相继被杀或流放，两百多人被冤杀，成为明朝历史上的一大冤案。朱元璋在六月重新阅卷，录取61名举人，均为北方人，被称为北榜。至此，明朝科举制度开始了南北分卷的先例。

南方由于在元朝统治末期至辽、宋、金对峙时期一直处于战乱中心，百姓生活艰苦，文化教育机会极为有限。相比之下，南方的社会环境相对平稳，为文化教育的发展提供了有利条件。根据《明清进士题名碑录索引》的统计，在明朝各科状元中，南方人占总数的84.3%。在洪武期间，入选的举人中，南方人占总数的71%。明永乐年间，南方进士的比例更是高达83%。这次南北榜案的发生，初衷是为了实现南北平衡，朱元璋政治目的在于获取北方人的支持，稳定北方民心。然而，最终被处死的两百多人却成为一场冤案。

到了明仁宗时期，朝廷规定科举录取比例，南方60人，北方40人。在宣德、正统年间，试卷分为南、北、中，以100人为例，南方录取55人，北方录取35人，中间录取10人，尽量照顾北方地区。这些做法虽然引起了争议，但自此以后，明朝科举制度正式分为南北分卷，分开录取的方法成为固定的制度，一直延续至明朝灭亡。

这段历史揭示了科举考试背后的政治因素和南北矛盾，使得朱元璋在平衡南北关系的过程中不得不采取一系列措施。然而，这场南北榜案最终演变成了一场冤屈之地，为明朝的历史留下了深刻的教训。