1864年6月1号，太平天国失败后，遵王赖文光和梁王张宗禹等将余部太平军和捻军合并为联军。赖文光被推为首领。以太平军军制重新整编，重组捻军。赖文光正式授予捻部各将太平天国新王号；新捻军采用灵活机动的战术，改步兵为骑兵，奔驰豫、鲁、苏之间，声势复振。逐渐变为一支约十万余人的骑兵部队。这就是后期捻军。

后期捻军其战斗力之强以及战术之精，竟使到湖北、皖南和山东追击它的僧格林沁的蒙古铁骑也连吃败仗并最后在1865年的“高楼寨之战”丧了命。之后在1867年的“尹隆河之战”中刘铭传的“铭”军（属李鸿章淮军中的精锐，战斗力强悍）又被捻军杀得大败，刘铭传和他的幕僚及亲兵，陷在捻军的重重包围之中无计可施。绝望的刘铭传以为无法逃生，索性脱下冠服，退入废窑，坐而待毙。后来鲍超的“霆”军（属曾国藩的湘军）及时赶到奋勇拼杀，击退捻军，刘铭传才捡了一条命。后期捻军的强大使追剿它的各路清军损兵折将、吃尽苦头。但最终在1868年捻军还是在清军的打击下全军覆没。

那高楼寨杀死僧格林沁，尹隆河大败淮军刘铭传的后期捻军为何失败了？

一、后期捻军与前期捻军一样缺乏对广大百姓有号召力的“口号与政治纲领”，因而就无法吸引当时天下广大被清朝压迫的劳苦大众加入自己的队伍，也就无法扩大自己的力量。

比如明末李自成在崇祯二年（1629年）起义，就是因为提出“均田免粮”等口号，获得了广大人民的欢迎，散布“迎闯王，不纳粮”的歌谣。部队发展到百万之众，成为农民战争中的主力军，并最终推翻了明王朝。

当然有人会说李自成能最终灭亡明朝，是因为满清八旗在关外的进攻牵制了明朝的兵力，这我不完全否认。但是我们看看当时反明的各支农民起义军包括满清，都没能最先灭亡明朝，为何最先灭了明朝的却是李自成。这绝不是偶然，这还是和李自成自身的强大力量有关，而这支强大力量的形成就是“均田免粮”的口号起了重要作用。

虽然捻军也提出了“救我残黎，除奸诛暴，以减公愤”这样的口号，但感觉与“均田免粮”这样给贫苦民众以实际利益的口号比，实在不具吸引力与号召力。

二、后期捻军采用忽东忽西、飘忽不定的大规模运动战的方式与清军周旋，这种战法虽然取得了一定的战果，但也限制了其发展，因为这样无法建立有效稳固的后方根据地来壮大自己。

这一点后期捻军与唐朝末年的黄巢农民起义军根类似。黄巢农民起义军，就是采用流动作战的方式，避实攻虚，走遍今天山东、河南、安徽、浙江、江西、福建、广东、广西、湖南、湖北、陕西等省广大地区。最终在公元881年黄巢起义军攻陷了唐朝都城长安，此时跟随黄巢进入长安的起义军有60万，算上随军眷属，其数量达到了百万，其军力不可谓不强大，但最后却在唐朝各大藩镇力量与沙陀骑兵的联合进攻下失败了。

究其原因就是黄巢建立的“大齐”政权控制的区域只有长安城及周边部分地区，其他地区仍处于李唐王朝与各地藩镇的控制下。而这种状况正是由于黄巢农民起义军采用长期流动作战，不注重建立稳定的后方根据地后果，没有稳固的根据地当然就缺乏经济上的保障和群众基础，故而很难持久下去，使起义军最后失败。

三、在1864年前由于洪秀全建立的太平天国的强大，清朝把主要精力都用在对付太平天国，自然就无更多力量去对付捻军。但1864年太平天国运动被镇压后，清政府之前主要用来对付太平军的曾国藩的湘军（虽然镇压太平天国后曾国藩裁撤了湘军，但没有裁完）、李鸿章的淮军、左宗棠的楚军，转而一起对付捻军。这三支军队和太平军厮杀多年，经受了刀光剑影、血雨腥风的磨练，积累了丰富的作战经验，加上装备了西方先进的洋枪洋炮等军事装备，自然不是之前对付捻军的其他清军所能及的。后期捻军碰上湘淮楚这样的强悍军队，即便能短期取得部分战役的胜利，但长期看还是凶多吉少。