中国自从进入封建时代起，皇权就一直处于持续的加强中，无论是内阁制或者军机处都是这一大的历史趋势下的产物。

从隋朝起完成大一统的局面后，逐渐开始推行“三省六部制”，其核心就是为了通过强化丞相制度来辅佐皇权。而到了两宋时期，丞相制度被更加的完善和发展。

底层草莽出身的朱元璋被人视为权力的野兽，在他建立大明王朝后，认为原先的丞相制度已经危及到了皇权。因此，朱元璋手起刀落的解决了丞相胡惟庸，还顺带废除了延续数百年的丞相制度，将权力下放到了六部。

但是，面对每天堆积如山的政务，朱元璋越来越难以为继。但自己刚刚废除了丞相制度，无论如何不能自食其言。到了朱棣即位以后，他终于下定决心做出改变。

1402年，朱棣在召见黄淮时询之以国事，探讨如何能在名义上不恢复丞相制，但在实际上有人分担政务。黄淮根据靖难之役后的大明政局，基本向朱皇帝阐述了内阁制的雏形，获得了朱棣的首肯。

之后，黄淮成了明朝内阁的第一任首辅大臣，协助皇帝进行军政事务的决策。以此为标志，内阁制正式确立，并一直被后世沿用，直到了清雍正初期。

雍正上台后，他早已领教了“九子夺嫡”的残酷性，认识到加强集权的必要性和重要性。因而，他从内心深处非常抵触之前的议政王会议，甚至于对内阁他都没有好感。

在雍正七年时，面对西北地区的民族和疆域问题，雍正帝连续用兵平叛。因为日常的军情和事务非常紧迫，而内阁的兵部和户部在相互署理时，缺乏有效的配合，显得非常慌乱，效率低下。而且，还发生过泄露军情和机密的现象。

雍正决心做出及时改革和调整，决定在养心殿外的宗龙门，专门设立一个在特殊时期负责军事的临时机构。强调，军机处在设立之初只是一个临时性机构。

这个临时的军事机构，其参与人员没有明确的官衔和品级要求，而且也都是在原本职位的基础上兼职。

在战争结束后，雍正发现这个临时的机构办事效率特别高，有必要继续存在下去。雍正十年时，雍正将其改为了常设机构，还赐名“军机处”，成为全国的军事和政治核心。

乾隆时期，又进一步改组和重设了军机处，发挥着越来越重要的作用，成为清朝政治权力的核心机构。

直到清末的1911年，军机处才被宣统皇帝正式撤销，结束了一百七十多年的历史。

内阁和军机处相比，前者更像一级行政机构，后者更像一个秘书班子。

为了加强中央集权，为了实现一言九鼎，对于封建帝王而言，自然是选择军机处而抛弃内阁，这就是二者最大的区别。