东晋时期，战火稍稍平息，然而道教势力再次卷土重来，特别是在这次混乱中，刘裕终于登上了历史舞台，开始了他的传奇逆袭之路。

当时，五斗米道的教主孙泰凭借其道术得到了晋孝武帝和会稽王父子的宠爱，一路升职，最终成为了辅国将军，并担任新安（今安徽歙县）太守。随着王恭与桓玄等人起义，孙泰意识到东晋的政权即将崩溃，便趁机图谋权力，企图借乱世之机为自己谋得一席之地。

五斗米道，又被称为天师道，其创立者张道陵是东汉时期四川的道士，他的后代张鲁曾投靠曹操，使得天师道在整个南北地区广泛传播。北方的成汉政权便是由巴氐流民和巴蜀的天师道信徒共同建立的。东晋高层也有不少人信奉五斗米道，晋孝武帝、会稽王父子、殷仲堪、桓玄等人，甚至王谢高门、吴姓大族中也有大量的天师道信徒。道教在士族中更多表现为一种养生术，民间则以巫术和道术相结合。

孙泰所在的琅琊孙氏家族世代信奉五斗米道，这使得他在这一传统中得到了支持。孙泰的祖先孙秀，曾在西晋时期以道术成为司马伦的谋士，帮助发动了八王之乱，最终导致西晋灭亡。如今，孙泰借着孙秀的名声，再次发动变乱，联合兵力并聚集巨资，号召三吴地区的民众支持他。江南的民众普遍崇拜巫术和道术，因此孙泰能迅速聚集一大批信徒，利用民间信仰来达到自己的目的。

然而，孙泰的阴谋很快被会稽的地方官察觉，并向司马道子报告。司马道子决定采取行动，在关键时刻下令捕杀孙泰及其家族。孙泰和他的六个儿子被诱骗到京城后全部被斩杀，只有孙泰的侄子孙恩和一些忠实信徒逃入海岛，誓言复仇。可以说，西晋的灭亡与孙秀有着密切关系，而东晋的命运也与孙恩的起义紧密相连。孙秀走的是士族道教路线，而孙恩则代表了民间道教的力量。

然而，司马道子并未过多关注孙恩的威胁，认为他的力量微不足道。虽然孙恩聚集了一百多名信徒，但司马道子认为这不足以对朝廷构成威胁。此时，东晋的地方藩镇问题依然未得到解决，朝廷的安全形势紧张，司马道子将更多精力放在了应对地方势力上。 年轻的宰相司马元显提出了一项政策，旨在通过征召三吴地区的免奴为客者，加强中央的武装力量。这些乐属人群本是由庄园主提供的劳动力，按政策可作为兵役。然而，这一策略引发了严重的地方反抗。士族们不满朝廷剥夺他们的劳力，而免奴为客的政策也引起了很多不满，造成了地方社会的强烈抵制。 这时，孙恩看到了机会。在舟山群岛上潜伏了一年多的他，带着少数忠实信徒开始行动。孙恩的家族属于低级士族，他们和三吴的庄园主有一定的阶级关系和利益共享，且琅琊孙氏信奉天师道，拥有广泛的群众基础。孙恩充分利用这一点，成功吸引了大量支持者。在399年10月，他带领着信徒登陆，并迅速攻占上虞县（今浙江绍兴上虞区），杀死了县令，随后进攻会稽郡，目标直指东晋的根基所在。孙恩的行动迅速引发了局势的动荡，东晋的统治岌岌可危。