明末的礼部侍郎、东林党领袖之一的钱谦益，在国史馆整理历史资料的三十年间，心中最深的痛苦就是明初的建文朝。这一时期的历史几乎没有实录，伪造的历史版本层出不穷，这给史学研究带来了极大的困扰。对于历史学者来说，一段历史的缺失会让他们深感痛心，甚至痛哭流涕。特别是建文朝的历史，尤其是建文帝的下落，成为了明朝最难解的谜团，已经过去六百多年，依然没有真相。公元1402年，六月初三，燕王朱棣以清君侧为名，带领大军闯入了皇宫。

然而，当时的宫殿已经变成了一片火海。《明太宗实录》记载，朱允炆面对朱棣庞大的军队，深知自己无法抵挡，内心痛苦至极，悲声道：我何面目相见耶？随后，他选择了自焚，点燃了宫殿。但这一事件的真实性依然存疑。靖难之役结束后，相关历史记录被篡改甚至删除，而这些篡改正是由明成祖朱棣主导的。朱元璋生前曾为了避免朱允炆因性格软弱而无法控制诸多叔叔，明确下令禁止各地藩王回京奔丧。然而，朱棣不顾父命，野心勃勃地亲自南下赴京。

之后，兵部尚书齐泰根据太祖的遗诏将朱棣遣返回去。尽管朱元璋为大明建立了相对稳定的政权班底，朱棣的野心却愈发明显。在谋士齐泰、黄子澄等人提出削藩建议后，朱棣按捺不住，最终以清君侧为名起兵，占领了京城。朱棣进入皇宫的那天，宫中发生了大火，朱允炆也在大火中失踪。从此，建文朝四年的历史被彻底抹去。原本朱元璋在洪武三十一年去世之后应该进入建文朝，但建文四年却被改成了洪武三十五年（公元1402年），与朱棣的永乐元年（公元1403年）接轨。

朱允炆的帝位被夺，成为了明朝的第二任皇帝，而朱允炆自己只被称为建文君。诛十族事件，大家都听说过，指的就是对方孝孺的处决。这一事件的发生，是因为方孝孺坚持认为朱允炆是正统皇帝。实际上，建文朝有四百多位朝臣，但愿意向朱棣称臣的只有二十多位。由于这一时期的历史被严密篡改，朱棣去世后，关于建文帝的记载开始出现不同版本。

即使在《明史》中，关于建文帝的结局也只能含糊其辞：（建文）四年六月乙丑，燕兵犯金川门……都城陷。宫中火起，帝不知所终。燕王遣中使出帝后尸于火中，越八日壬申，葬之。原本说朱允炆死于火灾，但这里却改成了朱允炆下落不明，找到的却是皇后的尸体。清朝时期对此直言不讳，表示：（朱）棣遣中使出后尸于火，诡言帝尸。由于尸体的身份不明确，陵墓也就无从谈起，甚至连崇祯帝朱由检也说：建文无陵，从何处祭？那么，建文帝究竟去了哪里？

关于朱允炆死于火灾的说法，普遍认为这可能是朱棣篡改历史的结果。目前，关于朱允炆的下落有两种主流观点，一是他逃往海外，二是他出家为僧。关于海外逃亡的说法，部分证据来自郑和下西洋的事迹。《明史·郑和传》中提到：疑惠帝（建文帝）亡海外，欲踪迹之，且欲耀兵异域，示中国富强。这意味着，郑和下西洋的目的除了展示国威外，还有一个重要任务，就是追寻建文帝的下落，防止他在海外集结力量再度回国。此外，《明史·胡濙传》也提到：遣濙……访仙人张邋遢（张三丰），遍行天下州郡乡邑，隐察建文帝安在。郑和负责海路，而胡濙则负责陆路，目的都是为了找到建文帝。

公元1423年，胡濙回到朝廷后与朱棣深夜交谈，同年郑和停止了出海，很可能是因为朱允炆的下落已确认，并且确保他不再构成威胁。而关于朱允炆出家的说法，长期在中国西南流传。据说，万历帝曾向首辅张居正询问朱允炆是否出逃，张居正答复说：此事并没有确切记载，从先朝臣子口中得知，建文君化妆成僧人出逃，从此游云四方。

在朱棣在位时，曾抓到一位名叫溥洽的老和尚，据说他是帮助朱允炆剃发出家的人。朱棣找不到朱允炆，只能将溥洽关押，直到帝师姚广孝临终时遗言希望释放溥洽，老和尚才被放出。朱允炆的后代是明英宗朱祁镇，回忆起自己被囚禁的岁月，最终在万历帝时期释放了溥洽，同时年号也从洪武三十五年改回了三十一年。

方孝孺等一批在靖难之役中牺牲的忠臣也恢复了名誉。但直到明朝灭亡，朱允炆的帝位始终未得到恢复。直到南明时期，弘光帝在群臣的建议下，才补齐了建文朝的相关历史。两三百年的时间让许多真相变得难以查明，无论最后哪种版本成为定论，朱允炆是否真的死于火灾，以及他最终的下落，仍然是明朝最大的一大谜团。