明朝时期，朱家皇帝们对海洋的关注并不多。朝廷不仅废除了澎湖巡检司这一重要的海防机构，而且还严格禁止民间百姓私自出海航行。而与此同时，欧洲各国正在掀起大航海时代的浪潮，殖民者们纷纷走出国门，进行海外扩张，争夺殖民地的资源。在这场海上竞争中，荷兰迅速崛起，被誉为“海上马车夫”。荷兰人敏锐地抓住了明朝对台湾的关注不足的机会，最终成为台湾的殖民者。

事实上，最早发现台湾的西方国家并不是荷兰，而是葡萄牙人。葡萄牙人在占领澳门之后，开始往返于日本和中国之间的贸易航线上，第一次发现了台湾这座风景如画的岛屿。葡萄牙人将台湾命名为“福尔摩沙”，意思是“美丽的岛屿”，这个名字也成为西方列强对台湾的常用称呼。而第一个登陆台湾进行详细勘测的，也并非荷兰人，而是西班牙人。西班牙人随后占据了台湾的北部，以基隆为据点，与荷兰人形成了南北两端的对峙局面。

荷兰最初的目标是占领澳门，但由于葡萄牙人先一步控制了这个战略要地，荷兰人只能将目光转向台湾。这一系列事件，标志着欧洲列强在亚洲海域的竞争日益激烈。

西班牙是最早意识到台湾战略地位的欧洲国家之一。1619年，西班牙道明会的神父马丁略（Bartolomé Martinez）曾指出，台湾在中国的战略位置足以与澳门媲美。西班牙人是最早进行台湾岛勘测的西方势力，但他们真正占领台湾却比荷兰人晚了几年。由于基隆地区的经营不善，经济无法自给自足，再加上西班牙本国的经济走弱，国力逐渐衰退，最终选择撤离台湾。

荷兰人则是在1622年澳门之战失败后，将目光转向澎湖。荷兰人与葡萄牙人在澳门展开了激烈的争夺，但葡萄牙凭借深厚的根基成功抵御了荷兰的攻势。因此，荷兰人改变了策略，首先占领了澎湖列岛，因为澎湖的位置离中国大陆更近，更有利于进行贸易。

在司令官雷尔生的带领下，荷兰人开始在澎湖的风柜尾修筑城堡，建立了据点。然而，虽然明朝对海洋的兴趣不大，却并不意味着没有能力反击。福建巡抚商周祚曾警告荷兰人，澎湖岛上居住着大量汉人，荷兰“红毛鬼”受到当地人的强烈敌视，因此要求荷兰人立即撤离。荷兰人置若罔闻，结果在下一任福建巡抚南居益的主持下，荷兰人遭到了更加严厉的警告。南居益设计诱使荷兰将领法兰斯尊前往厦门鼓浪屿签订协议，随后发动夜袭火船，重创荷兰舰队，击毙了数名荷兰士兵，法兰斯尊本人也被押往北京处死。

这段历史充分展示了明朝政府在捍卫疆域主权上的坚定决心，与晚清时期的软弱形成鲜明对比。不过，明朝在地方治理方面存在严重腐败，尤其是广东官员与葡萄牙人的勾结，使得澳门实际上成了一个租借地，而非由明朝直接统治的地方。

面对无法打败葡萄牙人，荷兰人模仿了葡萄牙的做法，聘请了精通海上贸易和官商关系的走私大亨李旦协助。李旦曾在日本居住多年，不仅是商人，还是海盗，精通中日间的官场与黑市交易。李旦提出，荷兰人可以撤出澎湖，但请求福建当局允许他们在台湾岛上进行贸易。福建官员权衡利弊，考虑到台湾偏远、通讯不畅，明朝中央对其关注较少，便在收受了厚重贿赂后，同意了这一请求。

此后，福建巡抚与荷兰人签订了《明荷议和》，正式允许荷兰人在台湾岛上发展势力并行使管辖权。此协议表明，明朝并未将台湾视为完全无主之地，而是视其为类似澳门的特殊区域，需要缴纳贡银，并通过官方渠道获得合法权益。于是，民间海商得以介入国家的重大事务，而地方官商勾结问题也愈加严重，最终导致台湾进入了长达38年的荷兰统治时期。

1624年，荷兰人正式登陆台湾，建立了第一座据点——热兰遮城。首任长官为马蒂·宋克（Martinus Sonck）。荷兰人面临的最大挑战之一，是如何管理台湾的原住民。台湾原住民群体多样且复杂，语言、文化各异，甚至彼此之间存在敌对关系。

台湾原住民的概念最早是由日本殖民时期提出的族群划分，而在新中国成立后，由于两岸隔离，台湾的少数民族统一被称为高山族。实际上，台湾原住民包括多个族群，如平埔族和高山族，彼此并没有统一的分类。

台湾原住民性格刚烈，习俗原始，且对外来者多有敌意，常常通过割头来示警。即使是后来的日本殖民者，也未能轻易征服他们。荷兰人对原住民采取了“怀柔”、“武吓”和“奴化”三种策略。 荷兰人首先与平埔族中较为友好的西拉雅族结盟，尤其是与新港社建立了贸易关系。荷兰人用15匹棉布换得了新港社的土地使用权，从而赢得了他们的初步信任。对新港社，荷兰人采取了怀柔政策，注重和平合作。 然而，平埔族中的麻豆社则强烈敌视荷兰人，并与日本海盗有着紧密联系。1629年7月底，麻豆社协助海盗三脚大爷伏击荷兰士兵，导致荷兰人损失惨重。荷兰人在第四任长官普特曼斯的指挥下，派遣了230名士兵对麻豆社进行报复，纵火攻击其据点，迫使麻豆社签订停火协议。

到1635年11月底，普特曼斯率领500名士兵联合新港社，再次进攻麻豆社，彻底摧毁了其主力基地，麻豆社最终被迫臣服，并签订了《麻豆协约》。这一事件震慑了周围的部落，许多村社纷纷归顺荷兰。

荷兰人还制定了政策，禁止部落之间进行私人争斗，要求他们统一参与对外战争。通过联合不同的部落，荷兰人成功打开了台湾中部的通道，并两次对台湾中部的大肚王国发动军事行动。大肚王国在16世纪中期形成，实力强大，但经过荷兰的连番打击，失去了13个部落，被迫与荷兰人订约，承认荷兰的统治。

除了军事和政治手段，荷兰人还大力推广“奴化”，即传教活动。1627年6月，德国牧师康第纽斯抵达台湾，致力于将《圣经》翻译成新港社的语言。三年后，祐纽斯牧师加入，并在新港社开办了第一所学校，男女学生均可入学，教授基础知识和基督教教义，同时推广罗马字母。他们还提议将新港社的年轻人送往荷兰留学，培养未来的传教士，从而巩固荷兰的文化影响。

西方殖民者通常以枪炮与圣经双管齐下，既通过暴力征服，又进行宗教洗脑，殖民过程中充满了野蛮与虚伪的交织。日本学者伊能嘉矩首次提出台湾原住民的分类，将受荷兰影响的族群划归平埔族，未受影响的则称为高山族。新中国没有进行这种细分，统一将其称为高山族，而台湾当局后来则对其进行了更细致的分类。

荷兰人在台湾建立了统治后，在与中国大陆的贸易中采取了两面策略：一方面协助明朝打击海盗，另一方面却与海盗暗中勾结，通过武力威胁