1947年初，吴富善被任命为嫩江军区警一旅的旅长和政委。在成功清除辖区内的匪患之后，他被调往西满军区，肩负起组建独立三师的任务。随着西满和北满根据地的建立与巩固，战场形势也发生了重大变化。约一年前，部队在东北地区的作战十分艰难，缺乏群众支持，敌人重兵把守前线，后方更是不断遭到匪徒骚扰。因此，上级决定采取主动出击的策略，合力占领交通要道，积极发展农村根据地。

1946年，西满军区的主要任务是建立和巩固根据地，彻底清除匪患。经过近一年的艰苦努力，后方的土匪基本上被肃清，部队也逐步站稳了脚跟，并开始有计划地扩充野战军主力，准备向敌人发起反攻。然而，在当时的西满军区，除了东总直接指挥的部队之外，只有保一旅和保二旅这两支部队能够快速机动作战。因此，军区决定成立独立三师，增强整体军事力量。决定中提出，要利用原新四军第三师特务一团、二团以及吴富善所领导的林甸地区几支具备战斗力的新部队作为基础，发展新的机动作战力量。

刚到东北，吴富善便被任命为齐齐哈尔卫戍区的司令员，与嫩江军区司令员王明贵等人一起开展扩军和剿匪工作。在这一过程中，他们采取了三种不同的建军和扩军方式。 第一种方式是整编和改造。他们对解除和接收的日伪武装力量进行改造，使其融入我军体系。例如，他们接管了改造公安大队等武装力量，以及一些铁路护卫军等单位。虽然派遣了专门人员进行改编，但由于时间紧迫，加上局势不断变化，这个过程中仍然出现了成建制倒戈的现象。 第二种方式是通过招兵买马。然而，在初到东北时，吴富善对当地情况还不够熟悉。在建军过程中，由于过于注重兵员数量，忽视了部队质量，导致一些日伪时代的军、警、宪、特人员混入新军。结果，这些伪军在敌人发动猛烈攻击之前便投敌，给部队带来了不小的损失。

第三种方式则是采取主动而审慎的策略。他们发动群众，逐个审查，扩充一批并巩固另一批。尽管这一方式进展较慢，但所组建的部队素质较高，忠诚于革命事业的意识也非常强烈。经过比较，前两种方式显然不可取，尤其是在组建主力部队时，若出现前两种问题，势必会为部队带来潜在的安全隐患。因此，吴富善选择了既积极又谨慎的建军方式。 他以过去指挥的警一旅第二团为基础，再结合其他军分区的一个团，按照主力部队的编制将其重新组织为三个营，从而组建了一个独立团。通过将特一团、特二团以及新的独立团整合，独立三师终于成立，但依然面临着骨干力量不足的问题。虽然特一团和特二团的情况稍好，但独立团毕竟是新组建的部队，急需实战经验丰富的战斗骨干。 为了增强独立团的实力，吴富善决定将自己的警卫员和随行的马夫调到作战连队，同时从特一团、特二团中抽调一些骨干来补充。他深知这样的补充仍然远远不够，因此感到十分困扰。后来，他想到了在医院接受治疗的伤员，得知其中有几位朋友因战斗受伤住院，他立即前往医院探望。由于当时的医疗条件有限，这些伤员恢复得很慢，无法立即参与战斗。有些伤员病情好转后却不知道原部队的去向。于是，他积极动员这些康复者，经过一个多月的努力，从医院吸纳了超过百名伤员，其中许多人是基层干部，战斗意识强，经验丰富，成功为独立团输送了大量所需的骨干力量。