自近代开港以来，随着西方文明的大规模涌入，朝鲜社会的思想观念经历了深刻的变革。甲午战争后，中国在朝鲜半岛的影响力逐渐消退，曾经以中国文化为主导的历史价值体系逐步让位于西方的价值观。这一系列变化，也推动了朝鲜文化观念的重大转型。

在这种历史背景下，箕子的地位经历了急剧的转变。中国文化的衰落，以及西方思想的崛起，使得箕子这一人物所象征的正统性和优越性，对于朝鲜半岛抵抗外来侵略的现实需求反而没有任何实质性帮助。相反，这一历史观念逐渐成为了韩民族独立意识觉醒的障碍，甚至被视为民族自强的绊脚石。因此，随着民族独立意识的觉醒，箕子的崇拜逐渐衰退，最终走向了被抛弃的结局。

进入20世纪初，随着朝鲜半岛沦为日本的殖民地，民族独立意识愈加高涨。韩民族对箕子的崇拜逐步消退，反而将檀君视为民族的祖先和文化的起源，箕子在历史记忆中的地位不断被淡化与抹除。在这一过程中，日本殖民者在朝鲜半岛鼓吹其殖民史观，宣扬朝鲜自太古以来就受外族统治，缺乏独立自主的能力，试图彻底抹去韩民族的精神内核。

为支持这一观点，日本的军国主义历史学者提出了“日鲜同祖论”、“日鲜同种论”和“日鲜同域论”等主张，意图把朝鲜与日本的关系美化为“同祖同种”的亲密血缘关系。除此之外，他们还努力切割朝鲜与中国长期以来的文化联系，尤其是在古代历史的歪曲上，进行了一系列有意的篡改。日本学者最早提出否定箕子朝鲜的论调，带有强烈的殖民目的。今西龙在其1922年出版的《箕子朝鲜传说考》一书中提出，箕子朝鲜的记载不过是中国史籍中的传说，并非历史事实，箕子这个人物甚至没有到过朝鲜。

他进一步认为，所有关于箕子的遗迹与宗谱等都只是后人伪造的产物，无法作为历史证据。这一观点试图通过否定中国史籍的记载，从根本上否认箕子在朝鲜的存在。今西龙还分析了箕子崇拜在朝鲜半岛历史中的产生，认为这与朝鲜王朝“事大主义”的意识形态有关，箕子崇拜不过是为统治者提供正统性的工具。因此，箕子及其所建立的君子之国，变成了日本为了推行殖民政策、消除中华文化在朝鲜的影响力的思想工具。

这一思想很快获得了韩国学界的认可，并逐渐深入普通民众的心中。这种转变有其深刻的背景：一方面，中华文明的衰落使得许多学者开始质疑其对朝鲜的影响；另一方面，朝鲜民族急需找到一种新的文化认同来激发抵抗殖民的力量；此外，日本殖民者的“殖民史观”也在不知不觉中推动了这种认识的传播。

在当时的社会背景下，朝鲜半岛的学者和民族主义者对中国文化的反思与批判逐渐加剧，认为中国文化的“汉风儒教”是导致朝鲜民族衰败的根源。申采浩便认为，中国文化的影响使得朝鲜人民长期将自己视为附庸国，丧失了独立的意识与民族的尊严。他更严厉地指出，所谓“礼义之邦”的中国，实际上剥夺了韩国人的民族精神，导致国家沦为奴隶之地。

朴殷植则更为直言：“所谓礼义之邦的美名，实则无法纪念祖先的功德，所谓小中华不过是甘心成为他国奴隶的标志。”随着这种思潮的蔓延，否定中国的文化影响、否定中国的历史地位逐渐成为一种民族独立的表现。而在日本的支持下，这种思潮更是得到了迅速的传播与加强。

在这种历史环境下，箕子逐渐成为外来者的象征，其与日本殖民史观的关联，使得他在民族独立的运动中，成为了一个“沉重的负担”。过去中国历史中描绘的小中华辉煌，如今被视为耻辱，箕子也因此成为了这种历史记忆的代表。因此，否定箕子的历史角色，反而成为了展现民族独立与爱国情怀的表现。

在日本殖民统治下，韩民族急需找到一个能够凝聚民族精神的象征。檀君，作为朝鲜半岛的民族始祖，逐渐获得了更高的认同与尊崇，成为民族独立与自强的象征。这一过程，帮助建立了朝鲜民族的认同感与国家认同，而箕子的地位逐步被压制与淘汰。

在朝鲜半岛光复后的时代，民族意识空前高涨，尤其体现在对历史的认知与回顾上。极端民族主义的学者们认为，箕子朝鲜是中国封建史学家虚构的产物，早期为朝鲜王朝的“事大主义”所利用，近代又被日本帝国主义加以利用，目的在于抹杀韩民族的独立意识与自主精神。

在《朝鲜建国始祖檀君》一书中，对“箕子东来说”提出了强烈的否定，认为这是中国封建历史学家捏造的历史叙述，试图通过“箕子东来说”来为日本侵略朝鲜提供历史依据。1959年，在金日成的授意下，朝鲜拆除了平壤的箕子陵。自1102年高丽朝廷修建箕子陵以来，这一纪念性建筑在历代朝廷的祭扫中占有重要地位，但随着其毁坏，曾经盛行的箕子崇拜也彻底瓦解。

今天，否定箕子朝鲜的观点已经成为主流，朝鲜半岛的官方出版物几乎都没有提及箕子朝鲜，无论是历史书籍、教科书还是旅游宣传资料，都几乎没有涉及箕子的相关记载。即便在驻华韩国文化院的官方网站上，关于古朝鲜的历史介绍中，也只提到了檀君朝鲜，箕子的历史几乎被完全抹去。

如今，檀君作为民族的开国始祖的地位牢不可破，而箕子早已消失在历史的尘埃之中。