如果帮助朱棣实现其伟业是姚广孝一生中最辉煌的时刻，那么在朱棣即位后，对朱允炆的旧臣展开残酷的清算，无疑是姚广孝最感无奈的时刻。在攻陷南京城之前，姚广孝曾向朱棣恳求，恳请他不要杀害方孝孺，朱棣当时满口答应，承诺不会手刃无辜。然而，事态的发展却出乎所有人的意料，方孝孺不仅遭到了杀戮，更惨的是，朱棣竟然对他全族进行灭绝，创下了历史少有的惨烈事件。即使姚广孝曾竭尽所能劝阻，朱棣依然置若罔闻，最终导致了他自己一手策划的靖难之役带来的恶果初现。

压垮姚广孝最后一根神经的，是他功成名就，盛装回乡之时。经过长年奋战，靖难之役后，姚广孝官至太子少师，地位显赫，算得上位极人臣。取得这样的荣光，谁都渴望归乡，接受故乡人民的欢庆。然而，当他在众多官员的马屁声中回到苏州时，迎接他的却是家中无尽的沉寂，曾经最疼爱的姐姐对此弟弟竟然拒之门外。拜访好友王宾，得到的回应却是“穷人不要和富人交往”、“和尚误事”的冷漠，曾经犯下的种种罪行，让姚广孝沦落至此，失去了所有昔日的亲朋好友。此时此刻，他虽然身披华丽的佳衣，却因未能回归故乡而深感孤独和绝望。

在此之后，重回朝堂的姚广孝心中愈发孤寂，屡次拒绝朱棣的封赏与恩赐。他早晨早早来到朝中办公，夜晚则在寺院里诵经念佛，独自一人寄居在寺庙中，选择与佛祖心灵相伴。永乐十六年（1418年）三月，年已八十四岁的姚广孝因重病不能上朝，明成祖驾临探望，与他亲切交谈，并赐予他金制的睡壶。然而，岁的姚广孝在同月十八日却于庆寿寺病逝。临终之际，姚广孝请求明成祖释放被禁锢已久的建文帝主录僧溥洽，明成祖对此答应。姚广孝满怀感激，郑重行礼以示感谢。

纵观姚广孝一生，他的经历可谓是传奇。他在少年和青年时期屡屡遭遇挫折，直到中年才迎来人生的辉煌，对朱棣而言，姚广孝是不可多得的栋梁之才；而在后世眼中，他又沦为乱臣贼子。在姚广孝生命的最后几年，他选择以青灯古佛为伴，一方面是因惧怕因功高震主而招致杀身之祸，另一方面则是对自己挑起战火、祸害百姓的悔恨与忏悔。在他临终之际请求朱棣放过溥洽，展现出他即使在弥留之际，依然在为自己所犯下的罪孽进行赎罪的决心。