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甲午战争之后，清朝中央政权的力量明显衰弱，朝廷不得不依赖以马安良为代表的回族将领，来维系西北地区的地方秩序。马安良等人逐渐成为清政府在西北回族统治中不可替代的关键支柱，担当起维护边疆稳定的重要角色。

1897年春，甘军被调往京城，承担起保护清政府中央机关的重任，致使甘肃、宁夏、青海一带的防务显得极为薄弱。陕甘总督陶模坚决反对将马安良调离地方，认为一旦马安良离开，河州的局势将会变得动荡不安。清廷最终采纳了陶模的建议，允许马安良留守河州。经历过河湟之乱的考验后，马安良已无可争议地成为甘宁青地区管理民族事务的首选领导人。

清廷认为甘军由于长年驻守西北，信息闭塞且思想相对保守，受到当时涌现的革命新思想影响甚微。同时，甘军作战勇猛，战斗力强劲。基于此，朝廷有意重用甘军，将其由地方武装改编为直属中央的武装力量，作为扶持摇摇欲坠大清帝国的重要支柱。于是，1897年，甘军被东调入京城，承担护卫重任。

光绪二十四年（1898年6月至9月21日），中国近代史上著名的清政府改良运动——戊戌变法爆发。变法遭到慈禧太后及保守派的强烈镇压后，为了加强京城及周边的防御，清廷任命军机大臣荣禄为统帅，将现有军队重组为武卫军，这支部队成为大清最后依赖的精锐武装。

1899年2月20日，清廷正式筹建武卫军，分别以聂士成部、董福祥部、宋庆部和袁世凯部组成四军，荣禄自募中军，而甘军的张俊被任命为武卫军全军的翼长。到六月时，武卫军正式成军，标志着清廷在京城武装力量的集中和强化。

甘军中，回族士兵占有相当比例。由于陶模奏请，马安良得以留守甘肃，继续负责地方安全。与此同时，其他回族将领如马福禄、马福祥和马海晏等则被调入京城，他们的部队与新募回族军队合编为“简练军”，并被任命为新军的将领，肩负起镇压叛乱和维护清廷稳定的重要任务。

1900年6月，八国联军再次侵入清政府核心统治区，这场被史称为庚子国变的战争爆发。此时，甘军与义和团战士们奋力抵抗外敌，回族将士尤为英勇顽强。战争异常惨烈，许多回族将士英勇牺牲，马福禄也在正阳门前壮烈阵亡，其弟马福祥继任其职务。

甘军回族部队在这场国难中的英勇表现赢得了广泛赞誉，极大提升了回军在全国的影响力。清廷对此高度重视，进一步倚重回族军事力量作为稳定政权的支柱。

在此危急关头，慈禧太后和光绪皇帝计划“西幸”避难，马海晏、马福祥等回族将领率部护驾，保障皇帝安全。清廷多次下令马安良率军北上勤王，力图确保皇帝的安全。8月28日，清廷发布上谕，催促马安良迅速率部前往护驾，哪怕缺少马匹和物资，也要先赶到后再设法筹备。9月1日再下紧急命令，要求马安良“快马加鞭，中途不得停歇”。

马安良率部行军千里，于黄河风陵渡渡口迎驾，亲自操纵渡船，顺利将慈禧太后和光绪皇帝安全护送过河，获得慈禧极大赞赏。慈禧与光绪最终平安抵达西安，沿途诸马将士对两位皇帝殷勤尽责，马海晏却因劳累过度病逝，职位由马麒继任。

为何庚子事变后清廷如此重视回军？主要有几方面原因：首先，甘军在庚子之乱中瓦解，董福祥被削职归乡，甘宁青一带防务出现巨大空缺，清廷迫切需要新的武装势力维稳。其次，朝廷有意分化甘军，削弱董福祥的影响力以巩固自身权威。最后，回族诸马在护驾西行中表现出的忠诚与能力，也令清廷对其格外信任。

庚子事变成为马安良、马福祥、马麒等回族将领的重要转折点，河州回军通过此次事件在全国范围内声名大振，强化了与清廷中央的联系，也赢得了最高统治者的深厚信赖。

马安良官职不断晋升，多次被任命为西北总兵，虽然因职位远在河州之外未曾赴任，但这并未削弱其在回族社会中的影响力。凭借庚子事变中的卓越表现，他成为当时回族社会的“第一人”，其家族势力也日益壮大。

1911年10月10日，湖北武昌爆发了中国近代史上意义深远的武昌起义，全国各地反应不一。陕西革命党人于10月22日积极响应，成为北方最早响应武昌起义的省份之一。

不久，陕西革命军占领省会西安，选举新军管带张凤翔为大统领，钱鼎和与万炳南为副统领，建立革命政府。对此，清廷命河南巡抚宝芬与署理陕西巡抚升允联合从东西两路进攻，试图扑灭革命。

升允派遣马安良前往陕西镇压叛乱。马安良增强了驻守河州的镇南马队为精锐军，新招募步骑兵共十六营，并委派亲信担任将领，基层兵员多为河州回族，将这支军队打造成一支威力强大的镇压力量。

升允对外称“陕西那几个学生娃娃闹事，无足轻重，我定将他们一马平定。”他将陆洪涛部、周务学部、张行志部及马安良部组成“援陕各军”，分南北两路同时出击。

马安良部攻占长武、邠州后，围攻乾州，与陕西革命军陷入僵持。途中，11月19日宁夏哥老会头目刘华堂发动起义支持革命，长庚营告急，马安良派遣西军将领马麒率马步六营前往镇压。由于革命军纪律涣散，闻敌军来袭大部分溃散，起义失败。

1912年2月12日，清帝发布逊位诏书，与袁世凯达成协议。但升允仍执迷不悟，认为西北边陲闭塞，诏书不宜公开，秘密督令马安良等加强进攻。

秦陇复汉军粮饷都督马玉贵与马安良、马麒同属回族，趁机将退位诏书送交马安良，并劝其转向革命。3月8日，双方达成停战协议。

马安良得知后质问升允，升允见大势已去，不得不将退位诏书示与马安良，攻秦之事遂告终结。

3月10日，袁世凯在北京就任中华民国临时大总统。3月15日，赵维熙、张林焱与马福祥等人联名致电袁世凯，代表甘肃承认共和。同日，袁世凯任命赵维熙为改制后甘肃第一任都督。

1912年3月，马安良攻陕归来，受到赵维熙亲自出城迎接。此后，马安良转而拥护革命，积极向袁世凯表忠心，同年4月被任命为甘肃精锐军统领及甘肃提督，成为甘肃回族的核心军事领袖，也成为甘肃政局中的重要人物。

庚子事变中的奋力勤王，使诸马家族与清廷统治者建立了密切联系，赢得了慈禧太后的青睐。清末，马安良借镇压陕西革命军之机扩充军力，组建精锐西军，实力大增。

随着马安良自陕西议和归来，其声势日隆，家族势力从河州扩大到整个甘肃。面对革命新局，他顺势转向共和，迎接新时代。

辛亥革命本应意味着旧军阀势力的终结，但许多旧军队主动或被动地完成转型，摇身一变为革命军。马安良亦成功实现这一转变，“认庙不认人”，不仅扩充军队，也扩大了影响力至全省。

此时，马安良已成为甘肃军事实权的掌控者，凭借军事实力，他在民国初年成为甘肃政坛的重要支柱，左右着甘肃政治走向，其家族也随之日益兴盛。

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