1963年，身为军事科学院副院长的王新亭被调任为副总长，这一决定让许多人颇感意外，毕竟他是一位有着政工背景的将领。在中国军队的高层，通常更看重的是军事指挥和战斗经验。然而，深入了解王新亭的经历后，会发现他绝非等闲之辈。他在军政两方面都表现优异，因此他的调任并非偶然，而是经过深思熟虑的结果。

王新亭是红四方面军培养出来的一位政工将领，曾担任军政治部主任这一重要职务。在抗日战争时期，他被调任至386旅担任政委，指挥官陈赓以其出色的军事才能而闻名。王新亭在这段七年多的时间里，不仅在政工领域积累了丰富的经验，还得到了宝贵的军事训练，逐步具备了独立指挥作战的能力。

抗战结束后，太岳军区的主力部队进行了重组，改编为第四纵队，并与太岳军区分离。陈赓被任命为纵队司令员，开始进行机动作战，而王新亭则出任太岳军区的司令员，协助陈赓展开战斗。1947年，陈赓的部队越过黄河进入豫西，太岳军区重新组建野战军纵队，成立了第八纵队，王新亭被任命为司令员，随后参与与徐向前共同进行的多次攻坚战。在临汾、晋中、太原的战斗中，他展现了出色的指挥能力和战斗才华。

1949年，徐向前领导的第一兵团重组为第十八兵团，王新亭则担任了兵团副司令员兼副政委，他随部队从西北一路打到了西南地区。新中国成立后，他被调任到济南军区，担任代司令员和政委的职务。当时的司令员杨得志正在军事学院学习，因此王新亭独自承担起了军区的军政工作，责任重大。

1957年，王新亭被选派至高等军事学院学习，意外地被叶帅选中，参与军事科学院的领导班子建设。军事科学院级别相当于大军区，叶帅担任院长兼政委，因此无论王新亭的职务或军衔如何，他都只能在副职中担任。随后，著名将领粟裕与王树声相继担任第一和第二副院长，积极推动军事科学院的发展。其他副院长如宋时轮、杨至成和彭绍辉也相继加入，军队内聚集了众多顶尖人才，使得军事学院的领导团队格外强大。尽管王新亭在职务上表面上有所“降级”，但在这样不起眼的安排下，他内心并无怨言。调任总参之前，王新亭的主要职责是管理党委的日常事务和政治部。

1963年，王新亭被提拔至总参担任副总长，这一决策的背后，其实别有用心，主要是为了在各个集团军和大军区之间形成一种“山头”的利益平衡。当时，军队内部存在多个“山头”，如果只依赖某一个山头的势力，就可能导致权力的失衡。因此，在重大的干部任命上，中央尽量考虑到这一点，以维持大军区级别的平衡。

在这一背景下，在副总长的职务上，陈赓和李克农先后去世，导致总参的领导班子亟需加强。上级决定将长期担任大军区副职的李天佑调任为副总长，他作为四野的卓越将领，其战功赫赫，再加上在大军区的丰富经验，使得他担任副总长的选择变得理所应当。尽管副总长在名义上是一个副职，但通常情况下，这样的职位会与大军区的正职级别相对应。

在王新亭担任总参副总长期间，主要负责的工作包括日常的总参业务和协调各部之间的合作。王新亭在总参工作至1972年，随后返回军事科学院。此时的军事科学院领导班子也经历了调整，叶帅的任期结束后，宋时轮担任院长，粟裕成为第一政委，王树声则担任第二政委，王新亭继续在该院担任政委职务，直到1975年选择退居二线，为后备力量的培养和接班人选的分配贡献自己的智慧与经验。