明太祖朱元璋是明朝的开国皇帝，明朝当时的都城为南京，而明十三陵在北京，朱元璋死后是不可能一路迁到北京去安葬的。

事实上，明十三陵埋葬的第一位皇帝是明成祖朱棣，也是朱棣将都城迁址北京的。

朱元璋葬在南京附近的明孝陵。

建文帝朱允炆

建文帝朱允炆是明朝的第二位皇帝，是朱元璋的孙子，朱棣的侄子。他在位期间开始削藩，导致藩王的反弹，燕王朱棣打着“靖难”的旗号夺得帝位，朱允炆下落不明，更别提葬在十三陵了。

所谓明朝有十六位皇帝，为何皇陵只葬了十三位的话题，其实只涉及到明朝迁都北京后的一位皇帝，他就是大明第七任皇帝——明代宗朱祁钰。这是一位充满悲剧色彩的皇帝，出身低微，盖因其母是明宣宗御驾亲征朱高煦之乱时临幸的一位汉王宫侍女，由于是叛臣附属获罪而不得入宫，宣宗帝只得将其安置在宫外并时时临幸才生出朱祁钰，有了这层挂碍，皇帝老子活着的时候，连应有的名份王位都没封一个，只到父亲临终前才将实情和盘托出，并嘱咐皇后等一应人等善待母子二人，至此才获得身份认同，明英宗上位后，封为郕王。

本来当皇帝的事儿与他八杆子都打不着，可偏偏新上任的皇帝朱祁镇是个不大消停的主，率领着自己的大军浩浩荡荡地御驾亲征瓦剌了，结果发生土木堡之变，敌人没打着，自己反倒弄了个灰头土脸让人给俘虏了。乍逢大乱，国家不能一日无主，年幼的太子只有两岁，如何撑得起大厦将倾的局面，所有人都乱了方寸，匆忙之间将监国朱祁钰推上了皇位。

这位朱祁钰虽在一片懵逼中得了大位，当皇帝可是一点都不含糊，任内知人善任，重用于谦这样的能臣干吏，很快使大明朝摇摇欲坠的朝局出现了中兴迹象，劲敌瓦剌也被打得不得不求和，还同意无条件释放俘虏的前任皇帝朱祁镇，这让现任皇帝朱祁钰大大的犯上了嘀咕，怎么着也不肯迎回前任了，干脆玩起了无赖，耗不起的瓦剌只好单方面放回了朱祁镇，一部似曾相识的宫廷狗血剧就此拉开了序幕。

朱祁镇放回后，名义上得到了太上皇的待遇，实际上却遭到了软禁，朱祁钰怕这位当过前任的哥哥不甘心，连居住地周边的树木都砍伐一空，就担心他与外界联络，从而威胁自己的皇位，可人算不如天算，朱祁钰怎么着也没算计到自己一场大病后，很戏剧性地又在一片懵逼中丢了大位，反过来遭到朱祁镇的圈禁，朱祁镇可一点也不手软，很快就不明不白的弄死了后任，并大开杀戒，几乎所有拥戴朱祁钰的臣属都遭到了牵连，我们所熟知的民族英雄于谦就陷入这样的狗血剧中，遭人暗算的，实属可惜。

朱祁钰死后，朱祁镇下诏斥朱祁钰为“不孝、不悌、不仁、不义，秽德彰闻，神人共愤”，废其帝号，赐谥号为“戾”，称“郕戾王”，并按亲王礼葬于北京西山，只到朱祁镇死后，其子朱见深继位，才恢复了这位叔叔的皇帝之名，谥号为“代”，史称明代宗，但没有搬迁陵墓，所以，朱祁钰是唯一没有葬在明皇陵十三陵的皇帝。因此，大明朝除朱元璋葬在南京，建文帝下落不明外，只有这个朱祁钰不在十三陵，