倭寇最初是指十四至十六世纪那些从日本（当时称为倭国）出发，由海上侵扰劫掠中国和朝鲜沿海地区的海上盗寇，被统称为“倭寇”，其中又分为“真倭”和“假倭”两种，真倭就是日本人，假倭就是中国人等非日本人。

倭寇曾经给东南沿海地区造成了非常大的伤害，但随着嘉靖年间，胡宗宪、戚继光、俞大猷等一系列抗倭名将的丰功伟绩，倭寇被大量杀伤，连号称“徽王”的大倭寇王直都被明廷处死，到嘉靖末期，东南沿海的倭寇基本被荡平。

说起来，倭患问题很大程度上与明朝的海禁政策有关，明朝廷也认识到了这一点，于是在1567年左右开始放松海禁政策，这便是“隆庆开海”，在开海之后，情况果然更为好转，虽然倭寇并没有马上消失，还有零星活动，但势头却越来越弱。

而日本的战国时代乱局此时?基本进入尾声，在日本强势大名的打压下，倭寇逐渐被击溃或被收编，例如织田信长击溃濑户内海的海贼势力，丰田秀吉收编九鬼嘉隆的水军等。再加上其中的许多代表人物都被明朝诏安，此时的倭患已经不再是大问题。

之后日本的丰臣、德川政权相继控制了日本，开始严禁当地武士出海为寇，如丰臣秀吉颁布的《海贼停止令》（1588年）。后来统一日本的江户幕府更是开始执行严密的闭关锁国政策（长达二百六十年），禁止日本船出海贸易和日本人与海外往来，偷渡者要处以死刑。对驶抵日本的外国船只实行严密的监视，贸易活动也由幕府进行严格的管制，导致倭寇最重要的基地和重要战力来源丧失，倭寇逐渐消失在历史当中。

而与此同时，随着清军入关，“国姓爷”郑成功退居台湾，经略东南，在此过程中，他不光把矛头对准荷兰等西方人，也不断清剿当地海寇，给了倭寇一计重拳。

清朝虽然没有倭寇之患，但也有台湾这个不得不除的大敌，对此清朝同样也执行了海禁政策，并将沿海之民尽数迁入内陆，只开了少量对外口岸，严格的执行闭关锁国，此时倭寇前来抢劫送死的几率远大于收益，在此情况之下，倭寇便不复存在了。