伯颜来到蒙古本部后，在鄂尔浑河和造反盟军打了一仗，名将出手，不同凡响，昔尔吉大败，被伯颜赶到了也尔的石河上游，这是窝阔台家族的封地。脱黑帖木儿则一路逃到了达唐努乌村的黠戛斯人境内，后又被驱赶，东奔西逃。忽必烈的另一支军队则横渡塔米尔河，去进攻和收复皇城和林地区。脱黑帖木儿后又一度进犯斡难河和土拉河河源，但很快都被打了回去。

此番受挫之后，这个临时拼凑的造反盟军开始出现内讧，相互倾轧，他们的祖先在铁木真统一蒙古之前最常见的分裂剧情又在他们之间上演。先是脱黑帖木儿对昔尔吉感到不满，想废除他让撒尔班成为大汗，但阿里不哥的儿子药不忽儿不同意，脱黑帖木儿被其它贵族抛弃，军队也放弃了他，昔尔吉趁机处死了他。撒尔班也投降了昔尔击，却被送到钦察汗国当人质，但他后来想办法逃了出来，召集人马攻打昔尔吉，取得胜利，抓到了昔尔吉和药不忽尔，并绑着他们去朝见忽必烈。

忽必烈宽恕了撒尔班，并把昔尔吉流放到遥远的高丽大青岛上。1282年，仅仅6年时间，这个拙劣的造反联盟便土崩瓦解。

但是，海都在这次大战中没受什么影响，他依旧在蒙古草原的西部和突厥斯坦占据着，他是叶密克，伊犁河流域，喀什噶尔的主人和察合台诸王的宗主，正如忽必烈是远东地区当仁不让的可汗一样，他是中亚真正的可汗，他仍继续高举着成吉思汗窝阔台家族的正统性大旗，不承认忽必烈对蒙古所有土地的统治，继续对抗忽必烈。

1287年，海都再次组建起了新的反对联盟，去和忽必烈作对，参与联盟的包括蒙古帝国系的各支的首领，他们大都是成吉思汗弟弟们的后代，宗王包括乃颜，势都儿和哈丹。乃颜可能是铁木真的幼弟铁木哥斡赤斤的后裔，他的领地是满洲地区。势都儿是铁木真的大弟哈撒尔的孙子，哈丹是铁木真二弟哈赤温的后裔，他们都在东蒙古和满洲地区有封地，如果这三人的军队在满洲集结，并与来自中亚和西蒙的海都军队会师，将对忽必烈造成致命的威胁。

此时的忽必烈已经72岁的高龄了，再也不是那个驰骋草原意气风发的精壮草原汉子，现中国已全部统一，他也难得享受了几年没有战火的日子，但为了帝国的未来，子孙的命运，忽必烈决定还是亲征，他首先命令伯颜代为驻守皇城和林，阻止海都东进。他自己则带兵赶往满洲，帝国的舰队从长江下游的港口出发，运载着大批战争所需的物资，经海路在辽河口登陆。这是一次非常关键的大战，这次大战将决定蒙古帝国及元朝的国运。

在辽河附近，忽必烈遇到了乃颜最古老的蒙古战法，即用车辆回环守马，战况很激烈，十分艰难，但最后还是忽必烈获胜了，1288年，乃颜成为俘虏，鉴于他是成吉思汗的侄孙，为维护黄金家族的尊严，忽必烈赐予他不流血体面的死去—在毡毯下被活活闷死。而忽必烈之孙，也就是元朝的第二任皇帝，铁穆耳完泽笃，粉碎了哈丹的进攻，镇压了满洲及毗邻的蒙古地区的叛乱，完全终结了这一次海都发起的联盟叛乱行为。